Characterization of Evolutional Turn-over of species-specific alternative promoters

物种特异性替代启动子进化周转的表征

• 批准号: 18681029
• 负责人: SUZUKI Yutaka
• 金额: $ 18.72万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (A)
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 2008
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18681029/
• 关键词: プロモーター; 分子進化; 発現制御; 完全長cDNA; 転写開始点; 種特異性; 転写活性可能; 実験的検証; 転写活性化能

motif expression decomposition (MED)モデルを用いて、プロモーター活性の予測可能性を検討したところ、相関係数で0.8程度の精度で予測を行うことが可能であった。10-foldのクロスバリデーションを行ったところ、本予測系は、データセットに対して、十分な再現性と許容範囲をもったものであることを確認することができた。また、プロモーター配列中にランダムな突然変異の導入系の開発を行い、約5%程度の突然変異を簡便に導入することが可能となった。実際にEF1A1を用いて、最大10%の点突然変異の導入により、同プロモーターの活性が0.03倍から6.5倍まで改変できることを確認しており、用途に応じたプロモーターを創成することがある程度可能になったと考えている。

Motif expression decomposition (MED) is used to determine the possibility, the accuracy, the accuracy, the possibility, the accuracy, the accuracy. 10-fold is not required. This is the test system. This is the test system. The system is sensitive. The tolerance range is 10%. Please confirm that you are not. In the distribution line, you will suddenly enter the system to start a business, and about 5% of the total number of people will suddenly enter the queue. In the international market, 10% of the EF1A1 is used, the maximum 10% of the time, the maximum 10%, and so on.

项目成果

Intrinsic promoter activities of primary DNA sequences in the human genome

人类基因组中初级 DNA 序列的内在启动子活性

• 发表时间: 2007
• 期刊: DNA Research 14(2)
• 作者: Sakakibara;Y. (Takagi;T.)
• 通讯作者: T.)

Transcriptome Analysis using Solexa 2007/09/21

使用 Solexa 进行转录组分析 2007/09/21

• 发表时间: 2007
• 作者: Sakakibara Y;Irie T;Suzuki Y;Yamashita R;Wakaguri H;Kanai A;Chiba J;Takagi T;Mizushima-Sugano J;Hashimoto S;Nakai K;Sugano S;Suzuki Y;Suzuki Y
• 通讯作者: Suzuki Y