Integrated transcriptome analysis of cancer cells in response to hypoxic shock using next generation sequencer

使用下一代测序仪对癌细胞响应缺氧休克的综合转录组分析

基本信息

  • 批准号:
    22681027
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 16.31万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Young Scientists (A)
  • 财政年份:
    2010
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2010 至 2012
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

I conducted integrated transcriptome analysis of a colon cancer cell line, DLD-1, in response to hypoxic shock using next generation sequencer. I generated 100 million TSS tags and associated a wide variety of epigenomic and transcriptomic information. Namely, this dataset include ChIP Seq data of HIF1, which is a pivotal transcription factor in response to hypoxic shock, representative active and repressive histone markers and RNApolymerase II. This data was further associated with RNA Seq data of nucleus, cytoplasm and polysome fractions. Integrative analysis of the data revealed that chromatin forms open structure in prior to actual hypoxic shock. We also demonstrate that gene expression regulations are exerted at various levels of transcriptome layers, such as epigenomic regulations, transcriptional initiation, elongations and finally degradations. This is the first report shed light on comprehensive views on the transcriptome regulations in cancer cells in hypoxic conditions, thus, should give useful clues for the future analysis how cancers survive in hypoxic environments in vivo.
我使用下一代测序仪对结肠癌细胞系DLD-1在低氧休克反应中进行了整合转录组分析。我生成了1亿个TSS标签,并关联了各种表观基因组和转录组信息。也就是说,该数据集包括HIF 1的ChIP Seq数据,HIF 1是响应缺氧休克的关键转录因子,代表性的活性和抑制性组蛋白标记物和RNA聚合酶II。该数据进一步与细胞核、细胞质和多核糖体组分的RNA Seq数据相关。综合分析显示,在缺氧休克前,染色质形成开放结构。我们还证明了基因表达调控在转录组层的各个水平上发挥作用,如表观基因组调控,转录起始,延伸和最终降解。这是第一份报告阐明了缺氧条件下癌细胞转录组调控的全面观点,因此,应为未来分析癌症如何在体内缺氧环境中生存提供有用的线索。

项目成果

期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Evolution of Gene Expression in Human and Chimpanzee Brains
人类和黑猩猩大脑中基因表达的进化
次世代シークエンサーを用いたRNA,クロマチン解析
使用下一代测序仪进行 RNA 和染色质分析
  • DOI:
  • 发表时间:
    2011
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    T. Shinada;M. Hori;Y. Ono;K. Taira;A. Komatsubara;T. Tanii;T. Endoh;I. Ohdomari;鈴木穣
  • 通讯作者:
    鈴木穣
イルミナGAを用いたトランスクリプトーム解析
使用 Illumina GA 进行转录组分析
  • DOI:
  • 发表时间:
    2010
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    寺崎 正;山田浩志;徐 超男;Takahiro Shinada;鈴木穣
  • 通讯作者:
    鈴木穣
Monitoring endoplasmic reticulum stress responsive mRNAs by RNA sequencing
通过 RNA 测序监测内质网应激反应 mRNA
  • DOI:
    10.1016/j.gene.2012.03.048
  • 发表时间:
    2012
  • 期刊:
  • 影响因子:
    3.5
  • 作者:
    Okuda T;Wakaguri H;Suzuki Y;Sugano S
  • 通讯作者:
    Sugano S
Transcriptome analysis.
  • DOI:
    10.1007/10_2011_102
  • 发表时间:
    2012
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    F. Stahl;B. Hitzmann;Kai-Oliver Mutz;D. Landgrebe;M. Lübbecke;C. Kasper;J. Walter;T. Scheper
  • 通讯作者:
    F. Stahl;B. Hitzmann;Kai-Oliver Mutz;D. Landgrebe;M. Lübbecke;C. Kasper;J. Walter;T. Scheper
{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ patent.updateTime }}

SUZUKI Yutaka其他文献

SUZUKI Yutaka的其他文献

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

{{ truncateString('SUZUKI Yutaka', 18)}}的其他基金

Formulation of food design protocol for dysphagia by quantitative analysis of biological information
通过生物信息定量分析制定吞咽困难食品设计方案
  • 批准号:
    17H02133
  • 财政年份:
    2017
  • 资助金额:
    $ 16.31万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
Development and evaluation of auscultating type diagnostic support system - about Eustachian tube insufflation Method -
听诊式诊断支持系统的开发与评价-关于咽鼓管吹气法-
  • 批准号:
    25750185
  • 财政年份:
    2013
  • 资助金额:
    $ 16.31万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
Centralization, Decentralization and Contingency Dependent Governance in the European Union: A Game Theoretical Analysis
欧盟的集权、分权和应急相关治理:博弈论分析
  • 批准号:
    23530383
  • 财政年份:
    2011
  • 资助金额:
    $ 16.31万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Elemental study of vowel discernment system based on the primary auditory cortex
基于初级听觉皮层的元音识别系统的基础研究
  • 批准号:
    22700212
  • 财政年份:
    2010
  • 资助金额:
    $ 16.31万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
Corporate Governance and Contract Theory
公司治理与契约理论
  • 批准号:
    20530162
  • 财政年份:
    2008
  • 资助金额:
    $ 16.31万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Immunohistochemical similarities between pancreatic mucinous cystic tumor and ovarian mucinous cystic tumor
胰腺粘液囊性肿瘤与卵巢粘液囊性肿瘤免疫组织化学相似性
  • 批准号:
    18790974
  • 财政年份:
    2006
  • 资助金额:
    $ 16.31万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
Characterization of Evolutional Turn-over of species-specific alternative promoters
物种特异性替代启动子进化周转的表征
  • 批准号:
    18681029
  • 财政年份:
    2006
  • 资助金额:
    $ 16.31万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Young Scientists (A)
The Comprehensive Research on Japanese Rendaku
日本连达的综合研究
  • 批准号:
    18520363
  • 财政年份:
    2006
  • 资助金额:
    $ 16.31万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
A Contract Theoretical Analysis of Governance
治理的契约理论分析
  • 批准号:
    17530192
  • 财政年份:
    2005
  • 资助金额:
    $ 16.31万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Study of Government Auditing Structure
政府审计结构研究
  • 批准号:
    15330090
  • 财政年份:
    2003
  • 资助金额:
    $ 16.31万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

相似海外基金

がん間質における低酸素応答とがん免疫応答の相互作用の解析と肺がん治療への応用
癌基质中缺氧反应与癌症免疫反应的相互作用分析及其在肺癌治疗中的应用
  • 批准号:
    24K10596
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 16.31万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
細胞内低酸素応答の違いに基づいた低酸素環境を利用した運動トレーニング方法の検証
基于细胞内低氧反应差异的低氧环境运动训练方法验证
  • 批准号:
    24K02836
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 16.31万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
低酸素応答機構におけるエピジェネティクスをターゲットとした血管新生創薬研究
针对缺氧反应机制的表观遗传学血管生成药物发现研究
  • 批准号:
    24K19419
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 16.31万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
低酸素応答制御による加齢黄斑変性における線維瘢痕形成への治療介入法の確立
通过控制缺氧反应建立年龄相关性黄斑变性纤维疤痕形成的治疗干预方法
  • 批准号:
    24K12770
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 16.31万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
低酸素応答で制御される表皮分化機構と羊水由来の分化促進因子の解明
阐明缺氧反应和羊水来源的分化促进因子控制的表皮分化机制
  • 批准号:
    23K26829
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 16.31万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
KRAS阻害剤による低酸素応答のリプログラミングに関する解析
KRAS 抑制剂对缺氧反应的重编程分析
  • 批准号:
    23K14576
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 16.31万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
低酸素応答因子活性化薬は血管柄付きリンパ節移植術の成功率を向上させるか?
缺氧反应因子激活剂能否提高血管化淋巴结移植的成功率?
  • 批准号:
    23K15946
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 16.31万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
エピジェネティックな発現制御による新規低酸素応答機構の解明
通过表观遗传表达控制阐明新型缺氧反应机制
  • 批准号:
    22J12720
  • 财政年份:
    2022
  • 资助金额:
    $ 16.31万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
BHLHE40およびPHD3による膵β細胞低酸素応答メカニズムの解明
BHLHE40和PHD3阐明胰腺β细胞缺氧反应机制
  • 批准号:
    22K16399
  • 财政年份:
    2022
  • 资助金额:
    $ 16.31万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
膵癌における低酸素応答性エレメントのターゲット遺伝子群の同定
胰腺癌缺氧反应元件靶基因的鉴定
  • 批准号:
    22K08797
  • 财政年份:
    2022
  • 资助金额:
    $ 16.31万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
{{ showInfoDetail.title }}

作者:{{ showInfoDetail.author }}

知道了