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Integrated transcriptome analysis of cancer cells in response to hypoxic shock using next generation sequencer

使用下一代测序仪对癌细胞响应缺氧休克的综合转录组分析

基本信息

批准号：
22681027
负责人：
SUZUKI Yutaka
金额：
$ 16.31万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (A)
财政年份：
2010
资助国家：
日本
起止时间：
2010 至 2012
项目状态：
已结题

项目摘要

I conducted integrated transcriptome analysis of a colon cancer cell line, DLD-1, in response to hypoxic shock using next generation sequencer. I generated 100 million TSS tags and associated a wide variety of epigenomic and transcriptomic information. Namely, this dataset include ChIP Seq data of HIF1, which is a pivotal transcription factor in response to hypoxic shock, representative active and repressive histone markers and RNApolymerase II. This data was further associated with RNA Seq data of nucleus, cytoplasm and polysome fractions. Integrative analysis of the data revealed that chromatin forms open structure in prior to actual hypoxic shock. We also demonstrate that gene expression regulations are exerted at various levels of transcriptome layers, such as epigenomic regulations, transcriptional initiation, elongations and finally degradations. This is the first report shed light on comprehensive views on the transcriptome regulations in cancer cells in hypoxic conditions, thus, should give useful clues for the future analysis how cancers survive in hypoxic environments in vivo.

我使用下一代测序仪对结肠癌细胞系DLD-1进行了整合转录组分析，以应对缺氧性休克。我生成了1亿个TSS标签，并关联了各种表观基因组和转录组信息。也就是说，这个数据集包括HIF1的芯片序列数据，HIF1是一个响应低氧休克的关键转录因子，具有代表性的活性和抑制性组蛋白标记物和RNA聚合酶II。该数据进一步与细胞核、细胞质和多聚体部分的RNA序列数据相关联。数据的综合分析显示，在实际缺氧性休克之前，染色质形成了开放的结构。我们还证明，基因表达调控在不同水平的转录组层面上实施，如表观基因组调控、转录起始、延伸和最终降解。这是首次对低氧条件下癌细胞转录组调控的综合观点进行阐述，从而为未来分析肿瘤如何在体内低氧环境中存活提供有用的线索。

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Evolution of Gene Expression in Human and Chimpanzee Brains

人类和黑猩猩大脑中基因表达的进化

DOI：
发表时间：
2008
期刊：
Encyclopedia of Life Sciences (ELS)(John Wiley & Sons, Ltd)(Chichester)
影响因子：
0
作者：
Naoki Osada;Sumio Sugano;Yutaka Suzuki
通讯作者：
Yutaka Suzuki

次世代シークエンサーを用いたRNA,クロマチン解析

使用下一代测序仪进行 RNA 和染色质分析

DOI：
发表时间：
2011
期刊：
医学のあゆみ
影响因子：
0
作者：
T. Shinada;M. Hori;Y. Ono;K. Taira;A. Komatsubara;T. Tanii;T. Endoh;I. Ohdomari;鈴木穣
通讯作者：
鈴木穣

イルミナGAを用いたトランスクリプトーム解析

使用 Illumina GA 进行转录组分析

DOI：
发表时间：
2010
期刊：
影响因子：
0
作者：
寺崎正;山田浩志;徐超男;Takahiro Shinada;鈴木穣
通讯作者：
鈴木穣

Monitoring endoplasmic reticulum stress responsive mRNAs by RNA sequencing

通过 RNA 测序监测内质网应激反应 mRNA

DOI：
10.1016/j.gene.2012.03.048
发表时间：
2012
期刊：
Gene
影响因子：
3.5
作者：
Okuda T;Wakaguri H;Suzuki Y;Sugano S
通讯作者：
Sugano S

Transcriptome analysis.

DOI：
10.1007/10_2011_102
发表时间：
2012
期刊：
Advances in biochemical engineering/biotechnology
影响因子：
0
作者：
F. Stahl;B. Hitzmann;Kai-Oliver Mutz;D. Landgrebe;M. Lübbecke;C. Kasper;J. Walter;T. Scheper
通讯作者：
F. Stahl;B. Hitzmann;Kai-Oliver Mutz;D. Landgrebe;M. Lübbecke;C. Kasper;J. Walter;T. Scheper