A comprehensive identification of human imprinted genes, limited to transcription factor genes

全面鉴定人类印记基因，仅限于转录因子基因

• 批准号: 19710162
• 负责人: YAMADA Yoichi
• 金额: $ 2.21万
• 依托单位: Kanazawa University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2007
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2007 至 2008
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19710162/
• 关键词: ゲノム機能; エピジェネティクス; メチル化; HM-PCR; インプリント遺伝子

哺乳類のDNA塩基にメチル基が付加される化学的塩基修飾(メチル化)は、個々の遺伝子の発生段階・各組織特異的な機能発現制御、ゲノム刷り込み現象、雌におけるX染色体不活化、そしてゲノムに侵入したウイルスの不活性化による生体防御など、哺乳類の生命維持に不可欠である。このため、約3万個からなるヒト各遺伝子の転写制御領域(プロモータ領域)のメチル化状態を各組織別に調べることは、ヒトゲノム配列決定後の一大研究となっている。このような背景を基に、これまで研究代表者は、独自に考案したHM-PCR法により、ヒト転写因子遺伝子約2,000個のプロモータのメチル化状態を5つの正常組織において調べる「ヒトメチル化ボディマップ」の作成に取り組んできた。現在までに、ヒト末梢血細胞由来ゲノムにおいて、約1,000個のヒト転写因子遺伝子プロモータのメチル化状態を同定済みである。このうちインプリント遺伝子近隣に頻繁に見られ、かつアレル特異的なメチル化を受けている領域(DMR)の候補である混合型メチル化を受けているプロモータは129個存在した。そこで本研究では、既に同定済みの混合型メチル化を受けている129個のヒト転写因子遺伝子プロモータから、新規のDMRおよびそれらの周辺に存在すると予想される新規ヒトインプリント遺伝子を同定することを目的とした。混合型メチル化を受けているプロモータのうち約40個について、そのメチル化状態をBisulfite sequencing法により確認した。結果としてこのうち約50%のプロモータが実際に混合型メチル化を受けている可能性が示唆された。

Mammalian DNA base modification (DNA base modification), gene development stage, tissue-specific functional development control, female X chromosome inactivation, female X chromosome inactivation, invasion of DNA base modification, mammalian life support. About 30,000 of them were selected for the study of how to control the domain of each gene and how to adjust the state of each organization. The background of this study was based on the HM-PCR method, which was used by the representative of the study. About 2,000 gene fragments were identified by the HM-PCR method. Five samples of normal tissues were selected for the preparation of the gene fragments. At present, there are about 1,000 genes in the peripheral blood cells, which are in the same state as those in the peripheral blood cells. There are 129 candidates in the DMR (Mixed Type), which are frequently seen in the neighborhood, and in the DMR (Special Type). In this study, there are 129 different types of gene expression in the same region, and the new type of gene expression in the same region exists. The mixed type is identified by Bisulfite sequencing method with about 40 entries. The results show that about 50% of the time the mixture is mixed, the probability of the mixture being mixed is high.

项目成果

An identification method of data-specific GO terms from a microarray data set

一种从微阵列数据集中识别数据特定GO术语的方法

• 发表时间: 2009
• 期刊: IEICE TRANSACTIONS on Information and Systems Vol.E92-D No.5
• 作者: Yoichi Yamada;Ken-ichi Hirotani;Kenji Satou;Ken-ichiro Muramoto
• 通讯作者: Ken-ichiro Muramoto

Prediction of Genomic Methylation Status on CpG Islands Using DNA Sequence Features

利用 DNA 序列特征预测 CpG 岛的基因组甲基化状态

• 发表时间: 2008
• 期刊: WSEAS Transactions on Biology and Biomedicine Vol.5
• 作者: Yoichi Yamada;Kenji Satou
• 通讯作者: Kenji Satou