乳癌におけるエピゲノム異常を指標とした抗癌剤感受性予測システムの構築

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本研究では、乳癌におけるDNAメチル化の網羅的解析により、抗癌剤感受性と関連する遺伝子を同定し、既存の予後や抗癌剤感受性予測因子との統合解析により、精度の高い抗癌剤感受性予測システムの構築を目指している。平成23年度は、netrinファミリーに属する遺伝子で血管新生の抑制に関与するNTN4の異常メチル化が乳癌臨床例において高率に認められ、血清中のメチル化検出により乳癌の早期発見や再発予測に利用出来る可能性を示した。現在、メチル化により不活化されている新規乳癌関連遺伝子の網羅的解析を始めている。本年度は、昨年に引き続き、メチル化により不活化されている新規乳癌関連遺伝子の網羅的解析を行い、メチル化により不活化される新規遺伝子同定のため、Methylated CpG island amplificationmicroarray(MCAM)法を用いて、乳癌において異常メチル化している遺伝子を同定する。同定した遺伝子の中で、正常組織でメチル化を認めず、癌特異的にメチル化を示す遺伝子断片の絞込みを行う。得られた遺伝子の周辺のゲノム配列を、Genbankやプロモーター予測データベースで検索し、標的遺伝子によりコードされるタンパク質の中で、細胞周期やアポトーシス、DNA修復に関与すると考えられる遺伝子について、乳癌細胞株と臨床例を用いて、Bisulfite-PCR法によるメチル化解析、リアルタイムPCR法による発現解析を行う。異常メチル化している遺伝子を抗癌剤感受性予測へ用いるため、MCAM法で同定された遺伝子群について、乳癌約100症例のメチル化プロファイルを作成し、タキソールや5FU、ハーセプチンなどの抗癌剤感受性と関連する遺伝子群をクラスタリング解析により同定する。抗癌剤感受性と関与することが示唆された遺伝子に関しては、腫瘍の臨床病理学的因子との関連や予後因子となるかについて検討する。得られた結果に関しては、検証セット症例において、抗癌剤感受性予測に最適なDNAメチル化レベルの設定を行う予定である。