Study on the relationship between amino acid substitutions and natural selection taking into account the three dimensional structure of proteins

考虑蛋白质三维结构的氨基酸取代与自然选择的关系研究

• 批准号: 20570008
• 负责人: SUZUKI Yoshiyuki
• 金额: $ 1.58万
• 依托单位: National Institute of Genetics
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2008
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2008 至 2010
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20570008/
• 关键词: 進化; 蛋白質; 立体構造; アミノ酸置換; 自然選択

A phylogenetic window analysis method was developed for detecting chronological changes in natural selection. CpG hypermutability was also taken into account for detecting natural selection. It was clarified that converting the alignment of amino acid sequences into that of codon sequences causes biased inference of natural selection. Influenza virus appeared to escape from host immune responses continuously in the tropical region. A method for detecting reassortment from a large number of genomic sequences was also developed.

发展了一种系统发育窗分析方法，用于检测自然选择的年代性变化。为了检测自然选择，CpG的超变性也被考虑在内。有人澄清，将氨基酸序列的比对转换为密码子序列的比对会导致自然选择的偏颇推断。在热带地区，流感病毒似乎不断逃离宿主的免疫反应。还发展了一种从大量基因组序列中检测重排的方法。

项目成果

Information Integration Project and H-Invitational 2 Consortium : The H-invitational database (H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts.

信息集成项目和 H-Invitational 2 联盟：H-invitational 数据库 (H-InvDB)，人类基因和转录本的综合注释资源。

• 发表时间: 2008
• 期刊: Nucleic Acids Research 36
• 作者: KaiQin Xu;Lian-hui Qi;Yoshitaka Ebie;Yuhei Inamori;Ryuichi Sudo;柴尾晴信;Genome
• 通讯作者: Genome

CpG高突然変異率を考慮したアミノ酸配列レベルに働く自然選択圧検出法の開発

考虑到高 CpG 突变率，开发在氨基酸序列水平上工作的自然选择压力检测方法

• 发表时间: 2010
• 作者: 深谷肇一;野田隆史;仲岡雅裕;山本智子;堀正和;奥田武弘;熊谷直喜;島袋寛盛;鈴木善幸;Kato N.;野田隆史;鈴木善幸;Kotani K.;辻野昌広・野田隆史・山本智子・仲岡雅裕・堀正和;鈴木善幸
• 通讯作者: 鈴木善幸

ゲノム進化学の新展開

基因组进化的新进展

• 发表时间: 2010
• 作者: Inoue;T;鈴木善幸
• 通讯作者: 鈴木善幸

ウイルスと遺伝学について

关于病毒和遗传学

• 发表时间: 2010
• 作者: Serizawa;H.;Amemiya;T.;Itoh;K.;鈴木善幸
• 通讯作者: 鈴木善幸

Natural selection operating on the influenza virus genome.

自然选择作用于流感病毒基因组。

• 发表时间: 2010
• 作者: Serizawa;H.;Amemiya;T.;Itoh;K.;鈴木善幸;Serizawa H.;鈴木善幸
• 通讯作者: 鈴木善幸