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解析困難な蛋白質の高精度立体構造決定法の開発

开发难以分析的蛋白质的高精度三维结构测定方法

基本信息

批准号：
22510237
负责人：
伊藤隆
金额：
$ 2.33万
依托单位：
Tokyo Metropolitan University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2010
资助国家：
日本
起止时间：
2010 至 2012
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究は,構造プロテオミクス研究をさらに前進させるための新しい技術基盤の創生を目指し,解析が非常に困難な生体高分子試料(実験条件下で不安定,溶解度が低い等)に対して,構造・機能解析を行う手段として,実験科学と情報・計算科学を融合した新しい総合的なアプローチを模索するものであるH22年度は,本研究の2つの研究手テーマのうち「迅速で高感度な異種核多次元NMR測定法」として,非線形サンプリング法を利用し,従来法の10%以下の測定時間で同程度の感度・分解能と,正確なクロスピークの相対強度を持つスペクトルを得る方法の検討を行った.その結果,半日～1日程度の測定時間で従来法に比して充分な感度と分解能の4D NMR測定が可能であること,またNOESYスペクトルのようにある程度の強度の正確性が要求される測定にも適用可能であることが示された.また,従来のMaxEntを用いたデータ処理法の改良版であるquantitative MaxEnt (QMEM), multidimensional deconvolution (MDD)を用いた精度の高い多次元NMRスペクトルの再構成ソフトウェアの検討も行ったまた,「限られた構造情報からの効率的な立体構造解析法」として,NOESYスペクトルのみから完全に自動で立体構造解析を行うシステムの構築に成功した.このように客観的で再現性の高い解析法は,様々なより難しい試料において非常に有用であると考えられる

は, this study construct プロテオミクス research をさらに forward させるための new しい technology base plate の creation を refers し, parsing が born very difficult にな body polymer sample (be 験で unrest, under the condition of low solubility がい) にし seaborne て, structure, function analytical line をう means として, be 験と intelligence science, computing science を fusion した new しい総 Of なアプローチを die line するものである annual は H22, this study の 2 つの study hand テーマのうち "で quickly Gao Gan degrees な heterogeneous nuclear multidimensional NMR measurement" として, nonlinear サンプリングを using し, 従の below 10% の method to determine the time での sensitivity in the same extent can decompose と, correct なクロスピークの polices Strength を hold つスペクトルを method るの検 line for をった. その results, half day ~ 1 degree ので test time に従 to method than してと decomposition can fully な sensitivity の 4 d NMR measurement が may であること, また NOESY スペクトルのようにある degree の intensity の correctness が requirements される determination にも may apply であることが shown された. また, 従 to の MaxEnt を with いたデータ処 logos の modified である policy MaxEnt (QMEM), multidimensional deconvolution (MDD) をいた high precision のい multidimensional NMR スペクトルの reconstitution ソフトウェアの検 line for もったまた, "limit られた structure intelligence からの sharper rate な three-dimensional structure analytic method" として, NOESY スペクトルのみからに completely automatic で three-dimensional structure parsing line をうシステム built のに success した. このように The で reproducibility <s:1> high <s:1> analytical method えられる of 観, the 々なよ々なよ difficult <s:1> test material におてて is very に useful for であると examination えられる