解析困難な蛋白質の高精度立体構造決定法の開発
开发难以分析的蛋白质的高精度三维结构测定方法
基本信息
- 批准号:22510237
- 负责人:
- 金额:$ 2.33万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
- 财政年份:2010
- 资助国家:日本
- 起止时间:2010 至 2012
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
本研究は,構造プロテオミクス研究をさらに前進させるための新しい技術基盤の創生を目指し,解析が非常に困難な生体高分子試料(実験条件下で不安定,溶解度が低い等)に対して,構造・機能解析を行う手段として,実験科学と情報・計算科学を融合した新しい総合的なアプローチを模索するものであるH22年度は,本研究の2つの研究手テーマのうち「迅速で高感度な異種核多次元NMR測定法」として,非線形サンプリング法を利用し,従来法の10%以下の測定時間で同程度の感度・分解能と,正確なクロスピークの相対強度を持つスペクトルを得る方法の検討を行った.その結果,半日~1日程度の測定時間で従来法に比して充分な感度と分解能の4D NMR測定が可能であること,またNOESYスペクトルのようにある程度の強度の正確性が要求される測定にも適用可能であることが示された.また,従来のMaxEntを用いたデータ処理法の改良版であるquantitative MaxEnt (QMEM), multidimensional deconvolution (MDD)を用いた精度の高い多次元NMRスペクトルの再構成ソフトウェアの検討も行ったまた,「限られた構造情報からの効率的な立体構造解析法」として,NOESYスペクトルのみから完全に自動で立体構造解析を行うシステムの構築に成功した.このように客観的で再現性の高い解析法は,様々なより難しい試料において非常に有用であると考えられる
は, this study construct プ ロ テ オ ミ ク ス research を さ ら に forward さ せ る た め の new し い technology base plate の creation を refers し, parsing が born very difficult に な body polymer sample (be 験 で unrest, under the condition of low solubility が い) に し seaborne て, structure, function analytical line を う means と し て, be 験 と intelligence science, computing science を fusion し た new し い 総 Of な ア プ ロ ー チ を die line す る も の で あ る annual は H22, this study の 2 つ の study hand テ ー マ の う ち "で quickly Gao Gan degrees な heterogeneous nuclear multidimensional NMR measurement" と し て, nonlinear サ ン プ リ ン グ を using し, 従 の below 10% の method to determine the time で の sensitivity in the same extent can decompose と, correct な ク ロ ス ピ ー ク の polices Strength を hold つ ス ペ ク ト ル を method る の 検 line for を っ た. そ の results, half day ~ 1 degree の で test time に 従 to method than し て と decomposition can fully な sensitivity の 4 d NMR measurement が may で あ る こ と, ま た NOESY ス ペ ク ト ル の よ う に あ る degree の intensity の correctness が requirements さ れ る determination に も may apply で あ る こ と が shown さ れ た. ま た, 従 to の MaxEnt を with い た デ ー タ 処 logos の modified で あ る policy MaxEnt (QMEM), multidimensional deconvolution (MDD) を い た high precision の い multidimensional NMR ス ペ ク ト ル の reconstitution ソ フ ト ウ ェ ア の 検 line for も っ た ま た, "limit ら れ た structure intelligence か ら の sharper rate な three-dimensional structure analytic method" と し て, NOESY ス ペ ク ト ル の み か ら に completely automatic で three-dimensional structure parsing line を う シ ス テ ム built の に success し た. こ の よ う に The で reproducibility <s:1> high <s:1> analytical method えられる of 観, the 々なよ 々なよ difficult <s:1> test material にお て て is very に useful for であると examination えられる
项目成果
期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Cellular structural biology
- DOI:10.1016/j.sbi.2010.07.006
- 发表时间:2010-10-01
- 期刊:
- 影响因子:6.8
- 作者:Ito, Yutaka;Selenko, Philipp
- 通讯作者:Selenko, Philipp
Structure and dynamics of proteins at work inside cells
细胞内工作蛋白质的结构和动力学
- DOI:
- 发表时间:2010
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:伊藤隆
- 通讯作者:伊藤隆
Exclusively NOESY-based automated NMR assignment and structure determination of proteins
- DOI:10.1007/s10858-011-9502-8
- 发表时间:2011-06-01
- 期刊:
- 影响因子:2.7
- 作者:Ikeya, Teppei;Jee, Jun-Goo;Guentert, Peter
- 通讯作者:Guentert, Peter
NMR protein structure determination in living E. coli cells using nonlinear sampling
- DOI:10.1038/nprot.2010.69
- 发表时间:2010-01-01
- 期刊:
- 影响因子:14.8
- 作者:Ikeya, Teppei;Sasaki, Atsuko;Ito, Yutaka
- 通讯作者:Ito, Yutaka
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伊藤 隆其他文献
Hot-mesh CVD 法を用いた原料ガスパルス供給によるGaN成長
利用热网CVD法脉冲供给原料气体进行GaN生长
- DOI:
- 发表时间:
2008 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
小前泰彰;深田祐介;黒木雄一郎;末光眞希;伊藤 隆;成田克;遠藤哲郎;中澤日出樹;高田雅介;安井寛治;赤羽正志 - 通讯作者:
赤羽正志
電気化学エネルギー変換デバイス材料のその場ラマン分光
电化学能量转换器件材料的原位拉曼光谱
- DOI:
- 发表时间:
2008 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
H. Miyasaka;T. Izawa;N. Takahashi;M. Yamashita;and K. R. Dunbar;伊藤 隆 - 通讯作者:
伊藤 隆
Application of nonlinear sampling and maximum entropy reconstruction to"difficult"protein samples
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- DOI:
- 发表时间:
2008 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
小田浩之;佐藤哲也;太田元規;藤 博幸;斉藤肇;藤 博幸;伊藤 隆 - 通讯作者:
伊藤 隆
X-ray crystallographic study and NMR analyses of protonation state of chromophore of cyanobacterial photoreceptor protein
蓝藻感光蛋白发色团质子化状态的X射线晶体学研究和核磁共振分析
- DOI:
- 发表时间:
2022 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
飯塚 佑介;永江 峰幸;青山 洋史;伊集院 良祐;伊藤 隆;広瀬 侑;三島 正規 - 通讯作者:
三島 正規
エーテル溶媒を用いたアモルファスGe酸化物におけるナトリウムイオン二次電池特性の向上
使用醚溶剂改善非晶氧化锗钠离子二次电池特性
- DOI:
- 发表时间:
2017 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
梶田 徹也;伊藤 隆 - 通讯作者:
伊藤 隆
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- 批准号:
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$ 2.33万 - 项目类别:
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- 批准号:
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$ 2.33万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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嗜碱嗜盐古菌的系统发育研究
- 批准号:
04F04852 - 财政年份:2004
- 资助金额:
$ 2.33万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
ミトコンドリア膜を介した鉄の恒常性維持に関与するABC輸送体の構造生物学
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- 批准号:
16048230 - 财政年份:2004
- 资助金额:
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- 批准号:
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- 资助金额:
$ 2.33万 - 项目类别:
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機能プロテオミクスによる早老症で生じる核機能不全の分子基盤の解明
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- 资助金额:
$ 2.33万 - 项目类别:
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