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フィンガー間相互作用を用いたバイオセンサーの開発

开发利用手指交互的生物传感器

基本信息

批准号：
21657034
负责人：
有賀純
金额：
$ 2.05万
依托单位：
The Institute of Physical and Chemical Research
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
财政年份：
2009
资助国家：
日本
起止时间：
2009 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

Zicタンパク質の立体構造解析で明らかになった2つのZnフィンガーが一体化した構造について、同様の構造が一般的に見られるのかを検討した。これまでに構造決定されたタンパク質の中ではGliやZap1が同様な構造を示し、これらの立体構造を重ね合わせてみると、トリプトファンが2つのZnフィンガーをつなぐような位置を占めていた。アミノ酸の配列ではC-W-C-H-Hが2回繰り返されているので、「タンデムCWCH2」と名付け、同様の配列をもつ遺伝子をデータベース上で検索した。その結果、587のタンデムCWCH2を含む配列を同定することができた。次にこれらをアミノ酸配列の類似性や文献に記載されている機能情報などをもとに分類・整理したところ、11の遺伝子群にまとめられた。次に、タンデムCWCH2を含む遺伝子の分布を生物を進化の系統樹に重ねてみると、タンデムCWCH2は襟鞭毛虫を含めた動物と真菌を中心に分布していることがわかった。アミノ酸配列の類似性を統計学的に解析したところ、タンデムCWCH2の原型は動物と真菌の共通祖先にまで遡れるという結果が得られました。一方で一般的なC2H2 Znフィンガーは真核生物に広く分布していることが知られている。また配列をもとに構造解析を行った結果、タンデムCWCH2の特徴は、トリプトファンが保存される以外に3つあることが、明らかになった:a)特定の位置のアミノ酸は高頻度で特定のアミノ酸に占められる。b)二つのCWCH2をつなぐアミノ酸配列が一般的なZnフィンガーに比べて長い。c)一般的なZnフィンガーには見られない挿入配列が認められる場合がある。ただし、b,c)のアミノ酸配列は保存性は低い。これらの特微は2つのZnフィンガーが結合して一体化するために進化の過程で獲得してきた変化ではないかと考えられた。これらの知見をもとに、より詳細なフィンガー間相互作用の相互作用の解析を蛍光共鳴エネルギー転移(FRET)やモデル動物を用いて進め、フィンガー間相互作用をもとにしたプローブの開発を進めた。

Analysis of the three-dimensional structure of Zic's material The integrated structure is the same as the structure, and the structure is the same as the general structure.これまでにStructural determinationされたタンパク性の中ではGliやZap1が同様なstructuralをshowし、これらのthree-dimensional structure Made of を重ね合わせてみると, トリプトファンが2つのZnフィンガーをつなぐような position を开めていた.アミ acid の arrangement では C-W-C-H-H が 2 chapters 缲り回されているので、「タンデムCWCH2》と名救、同様の配线をもつ伝子をデータベース上で検SOした. The results of その, 587のタンデムCWCH2をcontaining sequence を同定することができた. Functional information on the similarity of the acid composition of the にこれらをアミノ acid is documented in the literatureなどをもとにClassification and organization of したところ, 11の伝subgroup にまとめられた. The distribution and evolution of biological systems and the phylogenetic tree of the CWCH2 CWCH2 are heavy.ンデムCWCH2 is a flagellate that contains an animal and a fungus. A statistical analysis of the similarity of aminic acid combinations, タンデムCWCH2 The prototype is the common ancestor of animals and fungi. One side of the general NaC2H2 Znフィンガーはeukaryotesに広くdistributionしていることが知られている. Other than the results of the structure analysis of the またarray をもとに structure analysis を行った, タンデムCWCH2の特徴は, トリプトファンがsave されるに3つあることが、明らかになった: a) Specific location のアミノ acid は High frequency でSpecific のアミノ acid に accounted for められる. b) The two つのCWCH2 をつなぐアミノ acid sequence is generally longer than the なZnフィンガーに. c) General なZnフィンガーには见られない insert arrangement がcognize められる occasion がある.ただし, b, c) のアミノ acid complexes have low storage properties.これらの特微は2つのZnフィンガーがcombinationしてintegrationするたThe process of めにevolution でgets してきた変化ではないかと考えられた.これらの知见をもとに、よりDetailsなフィンガーInteractionのInteractionのANALYSISを蛍Light Resonanceエネルギー転shift (FRET) やモデルAnimals use いて入め, フィンガーinteraction をもとにしたプローブの开発を进めた.