フィンガー間相互作用を用いたバイオセンサーの開発

开发利用手指交互的生物传感器

• 批准号: 21657034
• 负责人: 有賀 純
• 金额: $ 2.05万
• 依托单位: The Institute of Physical and Chemical Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2009 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21657034/
• 关键词: タンパク質間相互作用; タンパク質機能ドメイン; zinc finger; 分子進化; 分子系統解析; 疎水性相互作用

Zicタンパク質の立体構造解析で明らかになった2つのZnフィンガーが一体化した構造について、同様の構造が一般的に見られるのかを検討した。これまでに構造決定されたタンパク質の中ではGliやZap1が同様な構造を示し、これらの立体構造を重ね合わせてみると、トリプトファンが2つのZnフィンガーをつなぐような位置を占めていた。アミノ酸の配列ではC-W-C-H-Hが2回繰り返されているので、「タンデムCWCH2」と名付け、同様の配列をもつ遺伝子をデータベース上で検索した。その結果、587のタンデムCWCH2を含む配列を同定することができた。次にこれらをアミノ酸配列の類似性や文献に記載されている機能情報などをもとに分類・整理したところ、11の遺伝子群にまとめられた。次に、タンデムCWCH2を含む遺伝子の分布を生物を進化の系統樹に重ねてみると、タンデムCWCH2は襟鞭毛虫を含めた動物と真菌を中心に分布していることがわかった。アミノ酸配列の類似性を統計学的に解析したところ、タンデムCWCH2の原型は動物と真菌の共通祖先にまで遡れるという結果が得られました。一方で一般的なC2H2 Znフィンガーは真核生物に広く分布していることが知られている。また配列をもとに構造解析を行った結果、タンデムCWCH2の特徴は、トリプトファンが保存される以外に3つあることが、明らかになった:a)特定の位置のアミノ酸は高頻度で特定のアミノ酸に占められる。b)二つのCWCH2をつなぐアミノ酸配列が一般的なZnフィンガーに比べて長い。c)一般的なZnフィンガーには見られない挿入配列が認められる場合がある。ただし、b,c)のアミノ酸配列は保存性は低い。これらの特微は2つのZnフィンガーが結合して一体化するために進化の過程で獲得してきた変化ではないかと考えられた。これらの知見をもとに、より詳細なフィンガー間相互作用の相互作用の解析を蛍光共鳴エネルギー転移(FRET)やモデル動物を用いて進め、フィンガー間相互作用をもとにしたプローブの開発を進めた。

Zic タ ン パ ク qualitative の three-dimensional structure parsing で Ming ら か に な っ た 2 つ の zinc フ ィ ン ガ ー が integration し た tectonic に つ い て, with others in の tectonic が general に see ら れ る の か を beg し 検 た. こ れ ま で に structure decision さ れ た タ ン パ ク quality の で は Gli や Zap1 が with others な tectonic を し, こ れ ら の three-dimensional structure を heavy ね close わ せ て み る と, ト リ プ ト フ ァ ン が 2 つ の zinc フ ィ ン ガ ー を つ な ぐ よ う を な position of め て い た. ア ミ ノ acid の match column で は C - W - C - H - H が 2 back Qiao り return さ れ て い る の で, "タ ン デ ム CWCH2" と pay け, with others in の match column を も つ heritage 伝 son を デ ー タ ベ ー ス on で 検 cable し た. そ の results, 587 の タ ン デ ム CWCH2 を containing む match column を with fixed す る こ と が で き た. Time に こ れ ら を ア ミ ノ acid with column の similarity に や literature records さ れ て い る function intelligence な ど を も と に classification, sorting し た と こ ろ, 11 の heritage 伝 subgroup に ま と め ら れ た. に, タ ン デ ム CWCH2 を contain traces of む 伝 son の distribution を biological evolution を の system tree に heavy ね て み る と, タ ン デ ム CWCH2 は inner giardia を containing め た animal と fungi を distribution center に し て い る こ と が わ か っ た. ア ミ ノ acid with column の similarity を statistical analytical し に た と こ ろ, タ ン デ ム CWCH2 の prototype は animal と fungi の common ancestor に ま で back れ る と い う results ら が れ ま し た. One party で general な C2H2 zinc フ ィ ン ガ ー は eukaryotes に hiroo く distribution し て い る こ と が know ら れ て い る. ま た match column を も と に structure line を っ た results, タ ン デ ム CWCH2 の, 徴 は, ト リ プ ト フ ァ ン が save さ れ る outside に 3 つ あ る こ と が, Ming ら か に な っ た : a) specific の position の ア ミ ノ acid は high frequency で specific の ア ミ ノ acid に of め ら れ る. B) two つ の CWCH2 を つ な ぐ ア ミ ノ acid with column が general な zinc フ ィ ン ガ ー に than べ て い long. c) The general なZnフィ ガ ガ ガ に に がある can be found in られな められる insert into the configuration が recognize the められる situation がある. Youdaoplaceholder0 ただ, b,c) <s:1> ア ア ノ ノ acid composition has a <s:1> low preservation <e:1> ただ. こ れ ら の micro は 2 つ の zinc フ ィ ン ガ ー が combining し て integration す る た め に evolution process で の し て き た variations change で は な い か と exam え ら れ た. こ れ ら の knowledge を も と に, よ り detailed な フ ィ ン ガ ー の interaction between の parsing を 蛍 resonance light エ ネ ル ギ ー planning move (FRET) や モ デ を ル animals with い て in め, フ ィ ン ガ ー interaction between を も と に し た プ ロ ー ブ の open 発 を into め た.

项目成果

Xenopus Zic3 has an inhibitory role for beta-catenin dependent Transcription activation

Xenopus Zic3 对 β-catenin 依赖性转录激活具有抑制作用

• 发表时间: 2009
• 作者: K.Hasegawa;S.Nakata;S.Tanaka;川口泰雄;藤見峰彦
• 通讯作者: 藤見峰彦

トゥレット症候群とSLITRK1

图雷特综合征和 SLITRK1

• 发表时间: 2009
• 期刊: 分子精神医学 9
• 作者: 古賀大尚;北岡卓也;齋藤継之;磯貝明;有賀純
• 通讯作者: 有賀純

Disorganized innervation and neuronal loss in the inner ear of Slitrk6-deficient mice.

• DOI: 10.1371/journal.pone.0007786
• 发表时间: 2009-11-11
• 期刊: PloS one
• 影响因子: 3.7
• 作者: Katayama K;Zine A;Ota M;Matsumoto Y;Inoue T;Fritzsch B;Aruga J
• 通讯作者: Aruga J

Slitrk6欠損マウスに見られた内耳の感覚神経発生異常

在 Slitrk6 缺陷小鼠中观察到异常的内耳感觉神经发生

• 发表时间: 2009
• 作者: 三浦健一郎;稲場直子;河野憲二;有賀純
• 通讯作者: 有賀純

シナプス接着分子Lrfh2/SALM1は興奮性シナプスの機能制御および行動発現に重要である

突触粘附分子 Lrfh2/SALM1 对于兴奋性突触的功能控制和行为表达很重要

• 发表时间: 2009
• 作者: 石川博一;森田鉄兵;本間道夫;饗場弘二;Minoru Hatayama;有賀純;Kumiko Sakai-Kato;Kei-ichi Katayama;有賀純;畑山実;藤見峰彦;小川実幸;有賀純;松本圭史;守村直子
• 通讯作者: 守村直子