Exome sequencing of drug-metabolizing enzyme and transporter (DMET) genes and immune related genes in cynomolgus macaque.

食蟹猴药物代谢酶和转运蛋白（DMET）基因和免疫相关基因的外显子组测序。

• 批准号: 23500503
• 负责人: SUZUKI Shingo
• 金额: $ 3.49万
• 依托单位: Tokai University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2011 至 2013
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23500503/
• 关键词: カニクイザル; 次世代シークエンサー; 薬剤代謝遺伝子; 免疫関連遺伝子

The cynomolgus macaque has emerged as an important experimental animal model. Here we tried to develop the detection method for encompassing SNPs of the protein-coding region (exomes) of cynomolgus macaque by next-generation sequencer. The DNA fragments encoding exomes were extracted by SeqCapEZ, and the nucleotides sequences were determined by IonPGM. (1) DMET genes:SNP information was extracted by mapping the sequences into rhesus macaque genome sequence (RheMac2). From this procedure, 767 and 553 non-synonymous substitution were detected in 15 Vietnam and 15 Philippine animals, respectively. Of them, 187 non-synonymous SNPs were detected in both populations. (2) Immune related genes:SNP information was extracted by mapping the sequences into RheMac2 and human genome sequence. As a result of analysis, we identified four candidate SNPs which divided into penotype A and B. These findings will provide for construction of SNP database and the typing system in cynomolgus macaques.

食蟹猴已成为一种重要的实验动物模型。本研究试图建立一种利用新一代测序仪检测食蟹猴蛋白质编码区（exomes）SNPs的方法。通过SeqCapEZ提取编码外显子组的DNA片段，并通过IonPGM测定核苷酸序列。(1)DMET基因：通过将序列映射到恒河猴基因组序列（RheMac2）中来提取SNP信息。从这个过程中，767和553非同义替换分别在15个越南和15个菲律宾的动物中检测到。其中，187个非同义SNPs在两个群体中被检测到。(2)免疫相关基因：通过将序列映射到RheMac2和人类基因组序列中提取SNP信息。根据分析结果，我们确定了四个候选SNPs，分为表型A和表型B。这些结果将为食蟹猴SNP数据库的构建和分型系统的建立提供依据。

项目成果

エクソームシークエンス法によるカニクイザル感染症・免疫関連遺伝子の多型解析

利用外显子组测序分析食蟹猴感染/免疫相关基因的多态性

• 发表时间: 2013
• 作者: 鈴木進悟;桝屋安里;尾崎有紀;猪子英俊;椎名隆
• 通讯作者: 椎名隆

次世代シークエンサーを用いたカニクイザルにおける薬物代謝関連遺伝子内SNP検出

使用新一代测序仪检测食蟹猴药物代谢相关基因中的 S​​NP

• 发表时间: 2011
• 作者: 鈴木進悟;小田部耕二;坂本憲吾;倉田昌明;野村護;山中久;中川博司;太田正穂;猪子英俊;椎名隆
• 通讯作者: 椎名隆

次世代シークエンサーを用いたカニクイザルにおける薬物代謝関連遺伝子内 SNP 検出

利用二代测序技术检测食蟹猴药物代谢相关基因中的 S​​NP

• 发表时间: 2011
• 作者: 鈴木進悟;小田部耕二;坂本憲吾;倉田昌明;野村護;山中久;中川博司;太田正穂;猪子英俊;椎名隆
• 通讯作者: 椎名隆

Study of MHC class II region polymorphism in the Filipino cynomolgus macaque population

• DOI: 10.1007/s00251-014-0764-7
• 发表时间: 2014-04-01
• 期刊: IMMUNOGENETICS
• 影响因子: 3.2
• 作者: Blancher, A.;Aarnink, A.;Shiina, T.
• 通讯作者: Shiina, T.