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Folding RNA with Modified Oligonucleotides

用修饰寡核苷酸折叠 RNA

基本信息

批准号：
6770132
负责人：
DOUGLAS H. TURNER
金额：
$ 4.12万
依托单位：
UNIVERSITY OF ROCHESTER
依托单位国家：
美国
项目类别：
财政年份：
1999
资助国家：
美国
起止时间：
1999-03-01 至 2006-08-31
项目状态：
已结题

来源：
https://reporter.nih.gov/project-details/6770132
关键词：
RNA antisense nucleic acid chemical binding chemical synthesis conformation cooperative study intermolecular interaction model design /development nuclear magnetic resonance spectroscopy nucleic acid sequence nucleic acid structure oligonucleotides physical model structural biology thermodynamics

项目摘要

This research will be done in Poland to provide materials to support NIH Grant GM22939. The ultimate goal of the parent grant is to characterize the forces directing RNA folding, and to use this knowledge to reliably predict RNA structure from sequence. One goal of the FIRCA grant is to develop a series of oligonucleotides that bind tightly and specifically enough to RNA to allow interrogation of RNA secondary structure by assaying binding of an RNA to an array of all possible 7-mers. It is possible that even shorter oligonucleotides may be sufficient. The results of this array assay will provide constraints for computer algorithms that predict structure from sequence. A second goal of the FIRCA grant is to develop model systems for studying the interactions that determine the stabilities of multibranch loops.

这项研究将在波兰进行，为支持 NIH Grant GM22939 提供材料。父母资助的最终目标是表征指导 RNA 折叠的力，并利用这些知识从序列中可靠地预测 RNA 结构。 FIRCA 资助的一个目标是开发一系列与 RNA 紧密且特异性结合的寡核苷酸，以便通过分析 RNA 与所有可能的 7 聚体阵列的结合来询问 RNA 二级结构。有可能甚至更短的寡核苷酸就足够了。该阵列测定的结果将为根据序列预测结构的计算机算法提供约束。 FIRCA 资助的第二个目标是开发模型系统，用于研究决定多分支环稳定性的相互作用。

项目成果

期刊论文数量（19）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Elements of thermodynamics in RNA evolution.

RNA 进化中的热力学要素。

DOI：
发表时间：
2001
期刊：
Acta biochimica Polonica.
影响因子：
0
作者：
Kierzek,E;Biala,E;Kierzek,R
通讯作者：
Kierzek,R

A conformationally restricted guanosine analog reveals the catalytic relevance of three structures of an RNA enzyme.

DOI：
10.1016/j.chembiol.2006.11.004
发表时间：
2007
期刊：
Chemistry & biology
影响因子：
0
作者：
R. Yajima;David J. Proctor;R. Kierzek;E. Kierzek;P. Bevilacqua
通讯作者：
R. Yajima;David J. Proctor;R. Kierzek;E. Kierzek;P. Bevilacqua

Nearest neighbor parameters for Watson-Crick complementary heteroduplexes formed between 2'-O-methyl RNA and RNA oligonucleotides.

DOI：
10.1093/nar/gkl232
发表时间：
2006
期刊：
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
影响因子：
14.9
作者：
Kierzek, Elzbieta;Mathews, David H.;Ciesielska, Anna;Turner, Douglas H.;Kierzek, Ryszard
通讯作者：
Kierzek, Ryszard

A chemical synthesis of LNA-2,6-diaminopurine riboside, and the influence of 2'-O-methyl-2,6-diaminopurine and LNA-2,6-diaminopurine ribosides on the thermodynamic properties of 2'-O-methyl RNA/RNA heteroduplexes.