Global repeat discovery of rye A and B chromosomes using a high-throughput 454 sequence survey

使用高通量 454 序列调查全球重复发现黑麦 A 和 B 染色体

• 批准号: 161180062
• 负责人: Privatdozent Dr. Andreas Houben
• 金额: --
• 依托单位: Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung (IPK)
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: Research Grants
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 2009-12-31 至 2013-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/161180062?language=en
• 关键词: Global; repeat; discovery; rye; chromosomes

We aim to reconstruct the first representative dataset of rye highly-repetitive sequences in silico on a whole-genome scale. We will use a high-throughput 454 sequence survey for comparative analysis of the repeat composition with other grass species, for an improved analysis of large genomes. The sequence analysis of flow-sorted rye B chromosomes (Bs) will allow insights in the evolution of Bs. The chromosomal distribution of repeat families will be determined experimentally to establish chromosome specific makers. This analysis will provide new evidence for the generation of rapid genome changes in higher eukaryotes, with particular relevance to selfish chromosomes.

我们的目标是在全基因组规模上重建黑麦高度重复序列的第一个代表性数据集。我们将使用高通量的454序列调查的重复组成与其他草种的比较分析，大基因组的改进分析。黑麦B染色体（Bs）的序列分析将有助于深入了解Bs的进化。重复家族的染色体分布将通过实验确定，以建立染色体特异性标记。这一分析将为高等真核生物中快速基因组变化的产生提供新的证据，特别是与自私染色体有关。