ヒトゲノムのコーディング領域推定とGC含量モザイク構造の解析

人类基因组编码区估计及GC含量嵌合结构分析

• 批准号: 05254101
• 负责人: 池村 淑道
• 金额: $ 1.28万
• 依托单位: National Institute of Genetics
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1993
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1993 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-05254101/
• 关键词: ヒトゲノム; タンパク質コーディング領域; GC含量モザイク構造; コドンデータベース; 判別分析; DNAデータベース; コーディング配列

コンピュータによる遺伝子機能領域の推定のためには、実験的にコーディング領域として同定されている遺伝子塩基配列のコドン使用頻度の特徴を明らかし、その知見を基礎に、コーディング領域を推定する手法を確立する必要がある。GenBankの全体を解析し、総計92,000遺伝子のコドン使用を算出し、データベース化した。さらに各生物種ごとに集計を行い、各生物種の特徴パターンとして約300生物種についてもデータベース化した。従来から構築を続けてきたこれらコドンデータベースは、微生物や無脊椎動物のコーディング領域の推定法の基礎データとして利用されてるいだけでなく、有用遺伝子の化学合成の際のコドン選択、ならびに遺伝子クローニング用のプローブやPCRプライマー作成の際の指針となっており、ゲノム計画で得られる大量塩基配列を実用に役立てる上で、橋渡しをする有用データベースとしての実績をはたすと考えられる。ヒトゲノムはGC含量についてMbレベルでのモザイク構造よりなり、これに起因して遺伝子コドン使用パターンに顕著な多様性が存在する。ヒトゲノムに適したコーディング領域の推定法が開発するために、GC含量モザイクメインごとのコドン使用の特徴抽出を行った。上記のコドンデータベースを構築する中間過程で、コーディング領域のみからなる塩基配列データセットを作成するが、これを利用することで、能率的で精度の良いヒト遺伝子コーディング領域の検索が行なえることも明らかとなった。我々の研究で明らかしたヒトMHC(HLA)領域のGC含量モザイク境界の塩基配列解析において、その境界近傍にNotch様遺伝子(Notch3と命名)並びにHomeo box遺伝子(PBX2mhcと命名)等の新遺伝子を見いだした。

コ ン ピ ュ ー タ に よ る posthumous son 伝 presumption function domain の の た め に は, be the 験 に コ ー デ ィ ン グ field と し て with fixed さ れ て い る heritage 伝 son salt base with column の コ ド ン useful の, 徴 を Ming ら か し, そ の knowledge based に を, コ ー デ ィ ン グ field を presumption す る gimmick を establish す る necessary が あ る. GenBank の all を parsing し, 92000 survived 伝 総 の コ ド ン use を calculate し, デ ー タ ベ ー ス change し た. Kind of different organisms さ ら に ご と に set line を い, various biological species の, 徴 パ タ ー ン と し て about 300 biological species に つ い て も デ ー タ ベ ー ス change し た. 従 to か ら build を 続 け て き た こ れ ら コ ド ン デ ー タ ベ ー ス は, microbial や invertebrates の コ ー デ ィ ン グ field の presumption method based デ の ー タ と し て using さ れ て る い だ け で な く, useful but 伝 の chemical synthesis の interstate の コ ド ン sentaku, な ら び に posthumous son 伝 ク ロ ー ニ ン グ with の プ ロ ー ブ や PCR プ ラ イ マ ー made の Interstate の pointer と な っ て お り, ゲ ノ ム project で must ら れ る much salt base with を be made with に service て る で, crossing し を す る useful デ ー タ ベ ー ス と し て の be performance を は た す と exam え ら れ る. ヒ ト ゲ ノ ム は GC content に つ い て Mb レ ベ ル で の モ ザ イ ク tectonic よ り な り, こ れ に cause し て posthumous son 伝 コ ド ン use パ タ ー ン に 顕 な others more sexual が being す る. ヒ ト ゲ ノ ム に optimum し た コ ー デ ィ ン グ field の estimate が open 発 す る た め に, GC content モ ザ イ ク メ イ ン ご と の コ ド ン use の special line 徴 drew を っ た. Written の コ ド ン デ ー タ ベ ー ス を build す る で, intermediate process コ ー デ ィ ン グ field の み か ら な る salt base with column デ ー タ セ ッ ト を made す る が, こ れ を using す る こ と で, good electrical で precision の い ヒ ト posthumous son 伝 コ ー デ ィ ン グ field の 検 cable line が な え る こ と も Ming ら か と な っ た. I 々 の research で Ming ら か し た ヒ ト MHC (HLA) field の GC content モ ザ イ ク realm の salt base with column analysis に お い て, そ の realm nearly alongside に Notch others heritage 伝 child (Notch3 と) and び に Homeo box heritage 伝 child (PBX2mhc と) の new heritage 伝 を son see い だ し た.

项目成果

Ikemura,T.: "Plant Molecular Biology LABFAX" Blackwell Scientific Publications,UK, 12 (1993)

Ikemura,T.：“植物分子生物学 LAFAX”Blackwell Scientific Publications，英国，12 (1993)

Matsumoto,K.: "The distribution of tenascin-X is distinct and often reciprocal to that of tenascin-C." J.Cell Biol.125. (in press)

Matsumoto,K.：“生腱蛋白-X 的分布是独特的，并且通常与生腱蛋白-C 的分布相反。”

Wada,K.: "Proceedings of Genome Informatics Workshop IV" Universal Academy Press,Inc.Tokyo,JAPAN, 5 (1993)

Wada,K.：“基因组信息学研讨会 IV 论文集”Universal Academy Press,Inc.Tokyo,JAPAN, 5 (1993)

Ando,A.: "Cloning of a new kinesin-related gene located at the centromeric end of the human MHC region." Immunogenetics. 39. 194-200 (1994)

Ando,A.：“克隆位于人类 MHC 区域着丝粒末端的新驱动蛋白相关基因。”