权益分类	功能权益	普通用户	{{item.name}}会员
{{category.name}}	{{benefitItem.name}}

ゲノムに潜むシグナル・モチーフ部品の網羅的探索のための自己組織化地図

自组织图谱用于全面搜索隐藏在基因组中的信号基序部分

基本信息

批准号：
16014225
负责人：
池村淑道
金额：
$ 2.3万
依托单位：
The Graduate University for Advanced Studies
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2004
资助国家：
日本
起止时间：
2004 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

ゲノム配列が解読された真核生物種を対象に、4〜8連塩基頻度のSOMマップを作成した。高次元ベクトルの大量情報を対象にするので、地球シミュレータを用いた大規模計算を行った。8連塩基については回文型配列にのみ着目した。各生物種で特徴的な出現頻度を持つオリゴヌクレオチドを網羅的に探索することを可能にした。マウスの完全長cDNAをSOM解析したところ、protein-codingとnoncoding cDNA(ncRNA)で分離する傾向にあった。前者については5'と3'UTR、CDSの3領域に分割し、ncRNAを含めた4カテゴリーについてSOMを行ったところ、カテゴリーによる分離が起きており、SOMが各機能領域の配列上の特徴を識別すること判明し、各機能領域を特徴付けるシグナル配列類を抽出できた。SOM解析で得られた特徴的な連文字配列の生物学的な意味を知るためには、各連文字配列について、実験的な研究を報告した文献類を組織的に参照することが重要になる。この文献検索の過程で蓄積する検索情報を「GenomeWordDictionary」と呼ぶ新規なデータベースとして構築した。4連続塩基は完成し、5連続塩基を編纂中である。Venterらはバーミューダ沖の海中微生物群の混合ゲノムDNAを回収し、80万本の断片配列を決定し約120万の遺伝子の候補を推定した。SOMは新規性の高い配列類の系統分類に最適な方法である。10kb以上の配列がデータベースに収録されている約1500種の既知原核生物種の総計1Gbの配列を5kbに断片化し、4連続塩基頻度のSOMを行い25の系統群への分類を解析したところ、約85%の配列が正しい系統を反映して分離していた。Venterらの環境由来の大量な断片配列を、そのSOM上へマップすることで、約12,000の新規配列を92の属へ帰属できた。

Youdaoplaceholder0 coordinate が to solve 読された eukaryotic species を pairs に, 4 to 8 consecutive base frequencies <s:1> SOM ップをップを to form a た. High dimensional ベクトルの information を like に seaborne するので, earth シミュレータを with いた large-scale computing を line った. The 8-linked base に, にて, て, て palindromic configuration に, み, み, た. Each biological で徴 of frequency なを hold つオリゴヌクレオチドを snare に explore することを may にした. Youdaoplaceholder5 ウス <s:1> completely long cDNAをSOM analysis たとたとろろ, protein-codingとnoncoding cDNA(ncRNA)で isolation する tendency にあった. The former については 5 'と 3' UTR, CDS の 3 fields にし, ncRNA を containing めた 4 カテゴリーについて SOM を line ったところ, カテゴリーによる separation が up きており, SOM が each functional area の column deserve の, 徴を recognition すること.at し, various functional areas を徴 pay けるシグナル go class Youdaoplaceholder0 extract でたたた. SOM parsing で have られたな even words match column of 徴の biology な mean を know るためには, all text columns について, be 験をな research report した literature class を organization に references することが important になる. この literature 検 cable の is accumulation of process でする検 cable intelligence を "GenomeWordDictionary と shout" ぶ new rules なデータベースとして build した. The 4-linked 続 base is completed, and the 5-linked 続 base is を in the process of compilation である. Venter らはバーミューダ rushed の sea microbes の mixed ゲノム DNA を back 収し, 800000 の fragment with column を decision about 1.2 million のし heritage 伝の son alternate を presumption した. SOM New regulation <s:1> high minimum configuration class <s:1> system classification に optimal な method である. More than 10 KB の match column がデータベースに収 recorded されている about 1500 の know both prokaryotes の総 meter 1 gb の match column を 5 KB に fragment し, 4 even 続 salt base frequency の SOM をの system group of 25 いへの classification を parsing したところ, about 85% is の match column がしをい system reflect して separation していた. Venter らの environment origin のな match column を fragment, その on SOM へマップすることで, about 12000 の new rules with column をの 92 genera へ帰 genus できた.