全ゲノム情報に基づいた病原微生物と常在菌の多様性と病原遺伝子に関する情報学的研究

基于全基因组信息的病原微生物及常驻菌多样性及病原基因信息学研究

基本信息

  • 批准号:
    17019018
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 0.83万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
  • 财政年份:
    2005
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2005 至 无数据
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

難培養性の常在ならびに病原微生物類の多様性と系統推定のための、既知の全ゲノム配列を対象にしたSOMの作成。広範囲の病原微生物類ならびに常在微生物を対象として考えているので原核生物にとどまらず、カビや原虫等の下等真核生物に加えて高等動植物、オルガネラやウイルスやプラスミド等の大量な既知配列を対象にした大規模SOMの作成を行なった。現時点で10kb以上の断片配列が存在する約1500種の原核生物に加えて、約1100種類のウイルス、配列解析の進んでいる約50種類の真核生物、約650種類のミトコンドリア、約50種類の葉緑体の塩基配列の全体を、地球シミュレータを用いて一括して解析した。真核生物と原核生物については96%の高精度で分離されている。オルガネラとウイルス相互や、これらと核ゲノムとの分離も80%レベルと高い。1500の既知原核生物に関して、25の系統群への分離の度合いを調べると、85%レベルで正しい系統群を反映した領域に分離(自己組織化)していた。このSOM上へ、難培養性の混合ゲノム試料由来の断片配列をマップすることで、どの生物系統に属する配列類がどのような量比で混在していたのかを推定できる。従来の系統推定法とは異なって、オルソロガスな配列セットやそれらとの配列アラインメントが不必要である。従来からの研究の進んでいない生物種に由来する、新規性の高い遺伝子配列類にも適用が可能である。Venterらが報告している、Sargasso海由来の約100万本の断片配列をマップしたところ、86%が原核生物、8%が真核生物、1%がミトコンドリア,1.5%が葉緑体,3.5%がウィルスの領域へ帰属した。原核生物に帰属した配列のうち75%は新規性の高いゲノム由来の配列と推定され、残りの配列ついては、96の属へ帰属できている(DNA Res.,2006)。
The diversity of difficult to culture and pathogenic microorganisms is often estimated and the complete set of known targets is constructed. A large number of known targets such as higher plants and animals, such as prokaryotes, protozoa, etc., are produced on a large scale. At present, there are about 1500 species of prokaryotes, about 1100 species of them, about 50 species of eukaryotes, about 650 species of them, about 50 species of chloroplasts, and about 50 species of them. Eukaryotic and prokaryotic organisms are separated with 96% accuracy. The difference between the two is 80% and 80% respectively. 1500 known prokaryotes, 25 system clusters, 85% of which are reflected in domain segregation (self-organization) The mixture of SOM and culture resistance is estimated by the proportion of fragments from the sample. The system estimation method is not necessary. Recent advances in research on the origin of biological species, the applicability of new genetic sequences, etc. Venter reported about 1 million fragments from Sargasso, 86% prokaryotes, 8% eukaryotes, 1% chloroplasts, and 3.5% domain fragments. 75% of all species in prokaryotes are new to DNA, and 96% of all species are new to DNA. 2006)。

项目成果

期刊论文数量(6)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Novel phylogenetic studies of genomic sequence fragments derived from uncultured microbe mixtures in environmental and clinical samples
  • DOI:
    10.1093/dnares/dsi015
  • 发表时间:
    2005-10-31
  • 期刊:
  • 影响因子:
    4.1
  • 作者:
    Abe, Takashi;Sugawara, Hideaki;Ikemura, Toshimichi
  • 通讯作者:
    Ikemura, Toshimichi
A large-scale Self-Organizing Map (SOM) unveils sequence characteristics of a wide range of eukaryote genomes.
大规模自组织图谱 (SOM) 揭示了多种真核生物基因组的序列特征。
  • DOI:
  • 发表时间:
    2006
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Abe;T.;Sugawara;H.;Kinouchi;M.;Kanaya;S.;Ikemura;T.
  • 通讯作者:
    T.
A large-scale Self-Organizing Map (SOM) constructed with the Earth Simulator unveils sequence characteristics of a wide range of eukaryotic genomes.
使用地球模拟器构建的大规模自组织图(SOM)揭示了各种真核生物基因组的序列特征。
Direct cloning of genes encoding novel xylanases from humangut
直接克隆编码人类肠道新型木聚糖酶的基因
  • DOI:
  • 发表时间:
    2005
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Hayashi;H.;Abe;T.;Sakamoto;M.;Ohara;H.;Ikemura;T.;Sakka;K.;Benno;Y.
  • 通讯作者:
    Y.
Torus Self-Organizing Map for Bioinformatics
生物信息学环面自组织图
{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ patent.updateTime }}

池村 淑道其他文献

持続可能型社会への貢献遺伝子データベースの構築
建立有助于可持续发展社会的基因数据库
  • DOI:
  • 发表时间:
    2007
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    棚橋 佳世;上原 啓史;阿部 貴志;池村 淑道
  • 通讯作者:
    池村 淑道
オリゴヌクレオチド頻度のSOM解析による真核生物ゲノム配列に潜む生物種による個性の解明
使用寡核苷酸频率的 SOM 分析阐明隐藏在真核基因组序列中的物种的个体性
  • DOI:
  • 发表时间:
    2007
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    濱野 祐太;池村 淑道;金谷 重彦
  • 通讯作者:
    金谷 重彦
データベースに蓄積の著しい機能未知のタンパク質類の機能推定のための自己組織化マップ法の開発
开发自组织图谱方法,用于估计数据库中积累的未知功能的蛋白质的功能
  • DOI:
  • 发表时间:
    2007
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    阿部 貴志;金谷 重彦;池村 淑道
  • 通讯作者:
    池村 淑道
自己組織化マップ法・その発展-生物学から社会学まで
自组织映射方法及其发展——从生物学到社会学
  • DOI:
  • 发表时间:
    2007
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    阿部 貴志;池村 淑道;木ノ内 誠;中村 由紀子;前野 聖;金谷 重彦
  • 通讯作者:
    金谷 重彦
超大型スーパーコンピュータで可能になるゲノム情報に基づく生物の俯瞰的把握と環境ゲノム資源活用のための情報学的手法確立
基于超大型超级计算机提供的基因组信息,建立全面了解生物体和利用环境基因组资源的信息学方法
  • DOI:
  • 发表时间:
    2007
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    阿部 貴志;金谷 重彦;池村 淑道
  • 通讯作者:
    池村 淑道

池村 淑道的其他文献

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

{{ truncateString('池村 淑道', 18)}}的其他基金

全ゲノム情報に基づいた病原微生物と常在菌の多様性と病原遺伝子に関する情報学的研究
基于全基因组信息的病原微生物及常驻菌多样性及病原基因信息学研究
  • 批准号:
    18018015
  • 财政年份:
    2006
  • 资助金额:
    $ 0.83万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
ゲノムに潜むシグナル・モチーフ部品の網羅的探索のための自己組織化地図
自组织图谱用于全面搜索隐藏在基因组中的信号基序部分
  • 批准号:
    16014225
  • 财政年份:
    2004
  • 资助金额:
    $ 0.83万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
ゲノムに潜むシグナル・モチーフ部品の網羅的探索のための自己組織化地図
自组织图谱用于全面搜索隐藏在基因组中的信号基序部分
  • 批准号:
    15014231
  • 财政年份:
    2003
  • 资助金额:
    $ 0.83万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
高等動物ゲノム配列と染色体構造の統合をめざす複製タイミングの高精度地図作成
高精度复制时间图谱旨在整合更高的动物基因组序列和染色体结构
  • 批准号:
    14011249
  • 财政年份:
    2002
  • 资助金额:
    $ 0.83万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
高等動物ゲノム配列と染色体構造の統合をめざす複製タイミングの高精度地図作成
高精度复制时间图谱旨在整合更高的动物基因组序列和染色体结构
  • 批准号:
    13202062
  • 财政年份:
    2001
  • 资助金额:
    $ 0.83万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
染色体バンド境界がハイリスク・ハイリターン領域である可能性の検証
验证染色体带边界是高风险/高回报区域的可能性
  • 批准号:
    13874101
  • 财政年份:
    2001
  • 资助金额:
    $ 0.83万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Exploratory Research
ヒトゲノム広領域のGC含量分布とS期内複製時期の測定
测量人类基因组广泛区域的 GC 含量分布和 S 期复制时间
  • 批准号:
    12024226
  • 财政年份:
    2000
  • 资助金额:
    $ 0.83万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
高等動物ゲノム配列と染色体構造の統合をめざす複製タイミングの高精度地図作成
高精度复制时间图谱旨在整合更高的动物基因组序列和染色体结构
  • 批准号:
    12202049
  • 财政年份:
    2000
  • 资助金额:
    $ 0.83万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
染色体バンド境界の分子レベルでの特定とその機能探索
分子水平上染色体带边界的识别及其功能探索
  • 批准号:
    11874110
  • 财政年份:
    1999
  • 资助金额:
    $ 0.83万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Exploratory Research
セントロメア機能における特殊DNA高次構造とCENP-Cの役割
特殊DNA构象和CENP-C在着丝粒功能中的作用
  • 批准号:
    11143212
  • 财政年份:
    1999
  • 资助金额:
    $ 0.83万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)

相似国自然基金

脊髓SOM阳性神经元的功能亚类在慢性痒“越挠越痒”中的作用机制
  • 批准号:
    82360238
  • 批准年份:
    2023
  • 资助金额:
    31.5 万元
  • 项目类别:
    地区科学基金项目
丘脑网状核PV和SOM神经元及其特定神经通路在全身麻醉意识消失过程中的作用研究
  • 批准号:
    82060262
  • 批准年份:
    2020
  • 资助金额:
    34 万元
  • 项目类别:
    地区科学基金项目
杉木人工林SOM形成与转化的生物学控制机制
  • 批准号:
    31830015
  • 批准年份:
    2018
  • 资助金额:
    281.0 万元
  • 项目类别:
    重点项目
周围神经减压改善PDPN氧化应激,重塑DYN+/SOM+神经元平衡、缓解机械性异常疼痛机制的研究
  • 批准号:
    81771320
  • 批准年份:
    2017
  • 资助金额:
    54.0 万元
  • 项目类别:
    面上项目
持续扰动下农田SOM固持及微生物学机制
  • 批准号:
    31670506
  • 批准年份:
    2016
  • 资助金额:
    62.0 万元
  • 项目类别:
    面上项目
CO2浓度升高和氮沉降对树木光合碳向SOM关键组分转化的影响
  • 批准号:
    31570466
  • 批准年份:
    2015
  • 资助金额:
    63.0 万元
  • 项目类别:
    面上项目
渤海湾北部丘陵地苹果园SOM分解与转化过程中的微生物作用机制
  • 批准号:
    31171917
  • 批准年份:
    2011
  • 资助金额:
    46.0 万元
  • 项目类别:
    面上项目
基于SOM神经网络模型的网络入侵检测方法研究
  • 批准号:
    61070237
  • 批准年份:
    2010
  • 资助金额:
    34.0 万元
  • 项目类别:
    面上项目
基于SOM神经网络算法番鸭就巢基因表达的分子机理研究
  • 批准号:
    31001005
  • 批准年份:
    2010
  • 资助金额:
    20.0 万元
  • 项目类别:
    青年科学基金项目

相似海外基金

Collaborative Research: Climate effects on Mn oxidation states in soils and Mn/SOM interactions
合作研究:气候对土壤中锰氧化态的影响以及锰/SOM 相互作用
  • 批准号:
    2411362
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 0.83万
  • 项目类别:
    Standard Grant
階層化ふるい分けSOMによる画像認識システムに関する研究
基于分层筛分SOM的图像识别系统研究
  • 批准号:
    20K11999
  • 财政年份:
    2020
  • 资助金额:
    $ 0.83万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Collaborative Research: Climate effects on Mn oxidation states in soils and Mn/SOM interactions
合作研究:气候对土壤中锰氧化态的影响以及锰/SOM 相互作用
  • 批准号:
    2027284
  • 财政年份:
    2020
  • 资助金额:
    $ 0.83万
  • 项目类别:
    Standard Grant
Collaborative Research: Climate effects on Mn oxidation states in soils and Mn/SOM interactions
合作研究:气候对土壤中锰氧化态的影响以及锰/SOM 相互作用
  • 批准号:
    2027290
  • 财政年份:
    2020
  • 资助金额:
    $ 0.83万
  • 项目类别:
    Standard Grant
Tensor SOM Network: Comprehensive analysis method for large-scale complex data
Tensor SOM Network:大规模复杂数据综合分析方法
  • 批准号:
    18K11472
  • 财政年份:
    2018
  • 资助金额:
    $ 0.83万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
NSFDEB-NERC:Mycorrhizal drivers of SOM formation and decomposition
NSFDEB-NERC:SOM 形成和分解的菌根驱动因素
  • 批准号:
    NE/P011098/1
  • 财政年份:
    2017
  • 资助金额:
    $ 0.83万
  • 项目类别:
    Research Grant
Development of clustering algorithm for team member's relationship using TD-SOM
使用TD-SOM开发团队成员关系聚类算法
  • 批准号:
    15K21570
  • 财政年份:
    2015
  • 资助金额:
    $ 0.83万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
Advancing simulation-optimization modeling (SOM) techniques for the development of robust air and water pollution load reduction-allocation (PLRA) programs
推进模拟优化建模 (SOM) 技术,以开发稳健的空气和水污染负荷减少分配 (PLRA) 计划
  • 批准号:
    251325-2011
  • 财政年份:
    2015
  • 资助金额:
    $ 0.83万
  • 项目类别:
    Discovery Grants Program - Individual
Advancing simulation-optimization modeling (SOM) techniques for the development of robust air and water pollution load reduction-allocation (PLRA) programs
推进模拟优化建模 (SOM) 技术,以开发稳健的空气和水污染负荷减少分配 (PLRA) 计划
  • 批准号:
    251325-2011
  • 财政年份:
    2014
  • 资助金额:
    $ 0.83万
  • 项目类别:
    Discovery Grants Program - Individual
Advancing simulation-optimization modeling (SOM) techniques for the development of robust air and water pollution load reduction-allocation (PLRA) programs
推进模拟优化建模 (SOM) 技术,以开发稳健的空气和水污染负荷减少分配 (PLRA) 计划
  • 批准号:
    251325-2011
  • 财政年份:
    2013
  • 资助金额:
    $ 0.83万
  • 项目类别:
    Discovery Grants Program - Individual
{{ showInfoDetail.title }}

作者:{{ showInfoDetail.author }}

知道了