权益分类	功能权益	普通用户	{{item.name}}会员
{{category.name}}	{{benefitItem.name}}

ゲノムに潜むシグナル・モチーフ部品の網羅的探索のための自己組織化地図

自组织图谱用于全面搜索隐藏在基因组中的信号基序部分

基本信息

批准号：
15014231
负责人：
池村淑道
金额：
$ 2.24万
依托单位：
National Institute of Genetics
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2003
资助国家：
日本
起止时间：
2003 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

1)ゲノム配列の解読が進んでいる約150種類のゲノム配列の全体に関して、5-8連塩基頻度のSOM解析を行い、各ゲノムにおいて特徴的な頻度で出現する連文字配列を明らかにした。回文型の配列類は生物種の特徴を顕著に反映する傾向にあった。1kb程度のヒトやマウスの断片配列をSOM解析すると、単一のゲノム内についても、UTR、CDS、イントロン領域等で明瞭に分離する傾向を示した。機能と関係するシグナル配列を探索する新規な情報学的な手段を提供できる。シグナルやモチーフ候補群が特定の組み合せで集中するゲノム部位の探索が行え、その組み合せの機能上の意味を解析することが可能になった。マウスのcDNAについては、protein-codingとnoncodingで分離する傾向にあった。2)『Genome Word Dictionary』の構築に関して、SOM結果についての多量な画像や頻度データ、ならびに多数の文献データを、Oracleを用いてデータベース化した。現時点では、4連続塩基の全体について、収録を完了した。関係データベースであるので、生物種や系統ごとにも辞書が作成できる。各連続塩基配列別に文献類が収録されているので、シグナルやモチーフ配列を含む各連続塩基の機能的な意味を効率的に把握できる。3)環境に生育する微生物の大半が実験室での培養が困難であり、未開拓なゲノム資源として残されてきた。培養せずに混合ゲノムDNA試料の配列決定を行う方法が普及してきた。SOMは生物種に関する予備知識なしに、断片配列の大半を生物系統に分類が可能である。10kb程度以上の配列が既知の、約1600の生物種の配列全体で作成したSOM上に、Venterらがバーミューダ沖の海水由来DNAから得た80万本の配列をマップしたところ、明瞭なクラスタリングが見られた。1kb程度の配列について、新規な系統推定法が確立できた。

1) on the whole, 5-8 basic SOM analysis lines are used, and the text configuration of each system is shown in the following text. The palindromic configuration type of biological species reflects the impact on the response. The fragment of 1kb level is equipped with SOM resolution, UTR, CDS, and the field of information, etc. The machine can use the equipment to explore new rules and regulations and provide information on the means of information reporting. The ability to explore the location of the cluster in a specific group of people, and the ability to access the machine means that it is possible to analyze the number of people in the cluster. "cDNA", "protein-coding" and "noncoding" are separated from each other. 2) "Genome Word Dictionary", "SOM" results show that there are a large number of portraits, most of the literature, and Oracle. It will be late in the morning, and it will be over at the end of the day. Please make sure that the words of the biotech system and the biological system are used to make an announcement. Each link is arranged on the basis of different literatures. information on the basis of each link is included in the list of information on the basis of each link, such as in the literature, in the literature, on the basis of each link, there is a list of information on the basis of each link. 3) most of the environmental fertility and microbiological facilities are in trouble in the environmental environment, and the resource resources are not developed. Culture, mix, mix, DNA, determine the row method, popularize it. The SOM bioinformatics system is designed for equipment knowledge and fragments to classify more than half of the biological systems. A total of more than 1600 biological species with a total of 1600 known biological species above the level of 10kb have been assembled into a SOM file, and a total of 1600 biological species have been equipped with a total of more than 1600 biological species to make a full list of the source of seawater in DNA. The 1kb level should be matched with the new specification system deduction method to ensure the accuracy of the standard.