高等動物ゲノム配列と染色体構造の統合をめざす複製タイミングの高精度地図作成

高精度复制时间图谱旨在整合更高的动物基因组序列和染色体结构

• 批准号: 13202062
• 负责人: 池村 淑道
• 金额: $ 3.84万
• 依托单位: National Institute of Genetics
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13202062/
• 关键词: 染色体バンド; S期内複製時期; GC含量; SNP; がん遺伝子; 遺伝子密度; 病因遺伝子; 複製時期の転換部位

染色体バンドに代表されるようなゲノム上の大規模な不均一性の実体やその機能を分子レベルで解明することは、今後のゲノム解析および医学研究において重要な基礎知見を与える。この目的を遂行するため、ヒト21番染色体長腕(35Mb)および11番染色体長腕(80Mb)の全域を対象に、約450箇所のSTS部位のS期内複製時期を塩基配列レベルで測定し、詳細な複製時期地図を作成した。11qおよび21qの解析から、GC含量の区分境界と複製時期の転換部位との間に密接な関係があることが判明した。S期前半から後半への複製時期の転換部位には腫瘍関連遺伝子や、家族性アルツハイマー病と関係した遺伝子であるAPPや家族性ALSの原因遺伝子のSOD1、てんかん症と関係したGRIK1などの脳神経疾患遺伝子類も存在していた。複製時期の転換領域およびその周辺領域は、SNPの高頻度領域とも関係していた。11qおよび21qについて、マウスゲノムと比較し、染色体レベルで相同性の切り替わる部位を特定したところ、これらの部位は複製時期の転換領域またはその近傍に集中していることが判明した。これらの結果から、複製時期の転換機構は、ヒトの疾患およびゲノム進化の分子機構と密接に関連しており、ゲノムに多様性をもたらす原因のひとつであると推定した。詳細については、Hum.Mol.Genet.(Watanabe et al., Vol.11, 13-21, 2002)に発表した。

Chromosome バ ン ド に representative さ れ る よ う な ゲ ノ ム の large-scale な heterogeneity character の be body や そ の function を molecular レ ベ ル で interpret す る こ と は, future の ゲ ノ ム parsing お よ び medical research に お い て important な foundation knowledge を and え る. こ の purpose を carries out す る た め, ヒ ト 21 times chromosomes long wrist (35 MB) お よ び 11 times chromosomes long wrist (80 MB) global を の に, seaborne の の STS parts by about 450 S period period of replication を salt base with column レ ベ ル で determination し, detailed な copy to 図 を made し た. 11 q お よ び 21 q の parsing か ら, GC content の distinguish boundary と copy の planning in place と の に between contact な masato is が あ る こ と が.at し た. S period in the first half か ら after half へ の copy period の planning in place に は swollen sores masato even heritage 伝 や, familial ア ル ツ ハ イ マ ー disease と masato is し た posthumous son 伝 で あ る APP や cause of familial ALS の survived 伝 の SOD1, て ん か ん disease と masato is し た GRIK1 な ど の 脳 god chose 伝 経 disease subclass も exist し て い た. During the replication period, <s:1> 転 changed domains およびそ と zhou 辺 domain <e:1> and SNP <s:1> high-frequency domains と と related <s:1> て て た た. 11 q お よ び 21 q に つ い て, マ ウ ス ゲ ノ ム と compare し, chromosome レ ベ ル で identity の り cutting for わ る parts を specific し た と こ ろ, こ れ ら の parts は copy period の planning in field ま た は そ の nearly alongside に concentrated し て い る こ と が.at し た. こ れ ら の results か ら, copy の planning in は, ヒ ト の disorders お よ び ゲ ノ ム の molecular evolution institutions と contact に masato even し て お り, ゲ ノ ム に multiple others を も た ら す reason の ひ と つ で あ る と presumption し た. For details, please refer to に, に, て, て, Hum.Mol.Genet.(Watanabe et al., Vol.11, 13-21, 2002)に.

项目成果

T. Fukagawa: "CENP-H, a constitutive centromere component, is required for centromere targeting of CENP-C in vertebrate cells"The EMBO Journal. 20. 4603-4617 (2001)

T. Fukakawa：“CENP-H 是一种组成性着丝粒成分，是脊椎动物细胞中 CENP-C 着丝粒靶向所必需的”EMBO 杂志。

Y. Watanabe: "Chromosome-wide assessment of replication timing for human chromosomes 11q and 21q : disease-related genes in timing-switch regions"Human Molecular Genetics. 11. 13-21 (2002)

Y. Watanabe：“人类染色体 11q 和 21q 复制时序的全染色体评估：时序转换区域中的疾病相关基因”人类分子遗传学。

T. Fukagawa: "Creation and characterization of temperature-sensitive CENP-C mutants in vertebrate cells"Nucleic Acids Research. 29. 3796-3803 (2001)

T. Fukakawa：“脊椎动物细胞中温度敏感的 CENP-C 突变体的创建和表征”核酸研究。

S.Kanaya: "Codon usage and tRNA genes in eukaryotes : correlation of codon usage diversity with translation efficiency and with CG-dinucleotide usage as assessed by multivariate analysis"J. Mol. Evol.. 53. 290-298 (2001)

S.Kanaya：“真核生物中的密码子使用和 tRNA 基因：密码子使用多样性与翻译效率以及通过多变量分析评估的 CG-二核苷酸使用的相关性”J.

T. Shina: "Genomic anatomy of a premier major histocompatibility complex paralogous region on chromosome 1q21-q22"Genome Research. 11. 789-802 (2001)

T. Shina：“染色体 1q21-q22 上首要主要组织相容性复合体旁系同源区域的基因组解剖”基因组研究。