高等動物ゲノム配列と染色体構造の統合をめざす複製タイミングの高精度地図作成

高精度复制时间图谱旨在整合更高的动物基因组序列和染色体结构

基本信息

  • 批准号:
    13202062
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 3.84万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
  • 财政年份:
    2001
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2001 至 无数据
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

染色体バンドに代表されるようなゲノム上の大規模な不均一性の実体やその機能を分子レベルで解明することは、今後のゲノム解析および医学研究において重要な基礎知見を与える。この目的を遂行するため、ヒト21番染色体長腕(35Mb)および11番染色体長腕(80Mb)の全域を対象に、約450箇所のSTS部位のS期内複製時期を塩基配列レベルで測定し、詳細な複製時期地図を作成した。11qおよび21qの解析から、GC含量の区分境界と複製時期の転換部位との間に密接な関係があることが判明した。S期前半から後半への複製時期の転換部位には腫瘍関連遺伝子や、家族性アルツハイマー病と関係した遺伝子であるAPPや家族性ALSの原因遺伝子のSOD1、てんかん症と関係したGRIK1などの脳神経疾患遺伝子類も存在していた。複製時期の転換領域およびその周辺領域は、SNPの高頻度領域とも関係していた。11qおよび21qについて、マウスゲノムと比較し、染色体レベルで相同性の切り替わる部位を特定したところ、これらの部位は複製時期の転換領域またはその近傍に集中していることが判明した。これらの結果から、複製時期の転換機構は、ヒトの疾患およびゲノム進化の分子機構と密接に関連しており、ゲノムに多様性をもたらす原因のひとつであると推定した。詳細については、Hum.Mol.Genet.(Watanabe et al., Vol.11, 13-21, 2002)に発表した。
Chromosome バ ン ド に representative さ れ る よ う な ゲ ノ ム の large-scale な heterogeneity character の be body や そ の function を molecular レ ベ ル で interpret す る こ と は, future の ゲ ノ ム parsing お よ び medical research に お い て important な foundation knowledge を and え る. こ の purpose を carries out す る た め, ヒ ト 21 times chromosomes long wrist (35 MB) お よ び 11 times chromosomes long wrist (80 MB) global を の に, seaborne の の STS parts by about 450 S period period of replication を salt base with column レ ベ ル で determination し, detailed な copy to 図 を made し た. 11 q お よ び 21 q の parsing か ら, GC content の distinguish boundary と copy の planning in place と の に between contact な masato is が あ る こ と が.at し た. S period in the first half か ら after half へ の copy period の planning in place に は swollen sores masato even heritage 伝 や, familial ア ル ツ ハ イ マ ー disease と masato is し た posthumous son 伝 で あ る APP や cause of familial ALS の survived 伝 の SOD1, て ん か ん disease と masato is し た GRIK1 な ど の 脳 god chose 伝 経 disease subclass も exist し て い た. During the replication period, <s:1> 転 changed domains およびそ と zhou 辺 domain <e:1> and SNP <s:1> high-frequency domains と と related <s:1> て て た た. 11 q お よ び 21 q に つ い て, マ ウ ス ゲ ノ ム と compare し, chromosome レ ベ ル で identity の り cutting for わ る parts を specific し た と こ ろ, こ れ ら の parts は copy period の planning in field ま た は そ の nearly alongside に concentrated し て い る こ と が.at し た. こ れ ら の results か ら, copy の planning in は, ヒ ト の disorders お よ び ゲ ノ ム の molecular evolution institutions と contact に masato even し て お り, ゲ ノ ム に multiple others を も た ら す reason の ひ と つ で あ る と presumption し た. For details, please refer to に, に, て, て, Hum.Mol.Genet.(Watanabe et al., Vol.11, 13-21, 2002)に.

项目成果

期刊论文数量(6)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
T. Fukagawa: "CENP-H, a constitutive centromere component, is required for centromere targeting of CENP-C in vertebrate cells"The EMBO Journal. 20. 4603-4617 (2001)
T. Fukakawa:“CENP-H 是一种组成性着丝粒成分,是脊椎动物细胞中 CENP-C 着丝粒靶向所必需的”EMBO 杂志。
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
Y. Watanabe: "Chromosome-wide assessment of replication timing for human chromosomes 11q and 21q : disease-related genes in timing-switch regions"Human Molecular Genetics. 11. 13-21 (2002)
Y. Watanabe:“人类染色体 11q 和 21q 复制时序的全染色体评估:时序转换区域中的疾病相关基因”人类分子遗传学。
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
T. Fukagawa: "Creation and characterization of temperature-sensitive CENP-C mutants in vertebrate cells"Nucleic Acids Research. 29. 3796-3803 (2001)
T. Fukakawa:“脊椎动物细胞中温度敏感的 CENP-C 突变体的创建和表征”核酸研究。
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
S.Kanaya: "Codon usage and tRNA genes in eukaryotes : correlation of codon usage diversity with translation efficiency and with CG-dinucleotide usage as assessed by multivariate analysis"J. Mol. Evol.. 53. 290-298 (2001)
S.Kanaya:“真核生物中的密码子使用和 tRNA 基因:密码子使用多样性与翻译效率以及通过多变量分析评估的 CG-二核苷酸使用的相关性”J.
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
T. Shina: "Genomic anatomy of a premier major histocompatibility complex paralogous region on chromosome 1q21-q22"Genome Research. 11. 789-802 (2001)
T. Shina:“染色体 1q21-q22 上首要主要组织相容性复合体旁系同源区域的基因组解剖”基因组研究。
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  • 发表时间:
  • 期刊:
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池村 淑道其他文献

持続可能型社会への貢献遺伝子データベースの構築
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  • DOI:
  • 发表时间:
    2007
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  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    棚橋 佳世;上原 啓史;阿部 貴志;池村 淑道
  • 通讯作者:
    池村 淑道
オリゴヌクレオチド頻度のSOM解析による真核生物ゲノム配列に潜む生物種による個性の解明
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  • 发表时间:
    2007
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  • 作者:
    濱野 祐太;池村 淑道;金谷 重彦
  • 通讯作者:
    金谷 重彦
データベースに蓄積の著しい機能未知のタンパク質類の機能推定のための自己組織化マップ法の開発
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  • 发表时间:
    2007
  • 期刊:
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  • 作者:
    阿部 貴志;金谷 重彦;池村 淑道
  • 通讯作者:
    池村 淑道
自己組織化マップ法・その発展-生物学から社会学まで
自组织映射方法及其发展——从生物学到社会学
  • DOI:
  • 发表时间:
    2007
  • 期刊:
  • 影响因子:
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  • 作者:
    阿部 貴志;池村 淑道;木ノ内 誠;中村 由紀子;前野 聖;金谷 重彦
  • 通讯作者:
    金谷 重彦
超大型スーパーコンピュータで可能になるゲノム情報に基づく生物の俯瞰的把握と環境ゲノム資源活用のための情報学的手法確立
基于超大型超级计算机提供的基因组信息,建立全面了解生物体和利用环境基因组资源的信息学方法
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    2007
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    0
  • 作者:
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  • 通讯作者:
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    2006
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    $ 3.84万
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    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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    14011249
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    2002
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    $ 3.84万
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染色体バンド境界がハイリスク・ハイリターン領域である可能性の検証
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    13874101
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    2001
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    12202049
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    11874110
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    Grant-in-Aid for Exploratory Research
セントロメア機能における特殊DNA高次構造とCENP-Cの役割
特殊DNA构象和CENP-C在着丝粒功能中的作用
  • 批准号:
    11143212
  • 财政年份:
    1999
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    $ 3.84万
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    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)

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    $ 3.84万
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    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
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作者:{{ showInfoDetail.author }}

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