全ゲノム情報に基づいた病原微生物と常在菌の多様性と病原遺伝子に関する情報学的研究

基于全基因组信息的病原微生物及常驻菌多样性及病原基因信息学研究

基本信息

  • 批准号:
    18018015
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 2.5万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
  • 财政年份:
    2006
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2006 至 2007
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

少なくとも10kb以上の断片ゲノム配列がテータベースに存在する2000種を超える既知原核生物種に加えて、約1100種類のウイルス、配列解析の進んでいる約50種類の真核生物、約700種類のオルガネラ配列の全体を5kbに断片化し、地球シミュレータを用いて、4連塩基頻度に関するBLSOM解析を行った。真核と原核生物については96%の高精度で分離していた。オルガネラとウイルス相互や、これらと核ゲノムとの分離も80%レベルと高い。2000種を超える既知原核生物種に関して、25の系統群への分離の度合いを調べると、85%レベルで正しい系統群を反映して分離していた。体内環境や共生生物系を含む環境由来の大半のゲノム断片の系統推定を可能にできた。原核生物で系統群を間違えて分離した15%の配列上には、水平伝播をした外来性的な配列が多く見出され、病原性と関係する遺伝子群が濃縮されている可能性が高い。これらのカタログ化を行った。ヒトやマウスの腸内試料を対象にしたメタゲノム解析が進行しており、データベースに登録された配列は1Gb分に達している。これらの大量断片配列についてのBLSOM解析を行なっているが、ヒトやマウスの腸内試料で見出された生物多様性は、サルガッソ海を代表とする海洋試料やミネソタの土壌試料に比べれば遥かに低かったが、個体差とその特徴が特定できた。BLSOMを用いると比較的少量しか存在しない生物種由来のゲノム配列についてもゲノム別での再集合が可能になる。機能未知タンパク質類の機能推定法を確立する目的で、機能が特定された2853種類のCOGカテゴリーへ分類がなされている、微生物ゲノム由来の約11万個のタンパク質類のアミノ酸配列をテストデータとして用いた。2〜4連アミノ酸頻度を対象に地球シミュレータを用いて大規模BLSOMを作成し、精度高くCOGへの分類を再現する計算条件を見出した。
There are more than 1100 known prokaryotes in 10kb, about 1100 in eukaryotes, more than 50 in eukaryotes, about 700 in 5kb fragments, 4 in BLSOM analysis, and more than 50 in eukaryotes. Eukaryotes, prokaryotes, ninety-six percent, high-precision separation and isolation. Do not tell each other, do not tell each other, do not separate 80% of each other. In 2000, it is known that prokaryotes are isolated, 25-year-old systems are separated, and 85% are positive. The symbiotic biological system of the in vivo environment contains the origin of the environment. Most of the fragments are presumed to be affected by the system. In the system of prokaryotes, there is a high probability of outgrowth and pathogenicity in the sub-group of prokaryotes, and the possibility is high. I don't know how to change the line. The information in the system is similar to that of the 1Gb sub-system. A large number of fragments are allocated to each other, and the BLSOM analysis is performed in a row that shows that the biological multiplicity, the ocean material, the soil material, the material. The existence of a small number of biological species in BLSOM makes it possible to assemble a variety of biological species. The method of presumption of unknown mechanism can determine the purpose of the target, the mechanism of 2853, the classification of COG, the origin of microbiology, and the origin of microbiology. in addition, there are about 110000 health care providers in this field. 2. 4. The acidity of the system is similar to that of the earth system, which is made by using the large-scale model BLSOM, and the precision is high. The COG is classified and then the calculation conditions are calculated.

项目成果

期刊论文数量(21)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
自己組織化マップ(SOM)によるゲノムとタンパク質配列からの効率的な知識発見
使用自组织图谱 (SOM) 从基因组和蛋白质序列中高效发现知识
  • DOI:
  • 发表时间:
    2007
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Tanahashi;K.;Uehara;H.;Abe;T.;Ikemura;T.;阿部 貴志
  • 通讯作者:
    阿部 貴志
データベースに蓄積の著しい機能未知のタンパク質類の機能推定のための自己組織化マップの開発
开发自组织图谱,用于估计数据库中大量积累的未知功能蛋白质的功能
  • DOI:
  • 发表时间:
    2007
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    阿部 貴志;金谷 重彦;池村 淑道
  • 通讯作者:
    池村 淑道
超大型スーパーコンピュータで可能になるゲノム情報に基づく生物の俯瞰的把握と環境ゲノム資源活用のための情報学的手法確立
基于超大型超级计算机提供的基因组信息,建立全面了解生物体和利用环境基因组资源的信息学方法
  • DOI:
  • 发表时间:
    2007
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    阿部 貴志;金谷 重彦;池村 淑道
  • 通讯作者:
    池村 淑道
Characterization of Genetic Signal Sequences with Batch-Learning SOM
使用批量学习 SOM 表征遗传信号序列
  • DOI:
  • 发表时间:
    2007
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    T.;Abe;S.;Ikeda;S.;Kanaya;K.;Wada and T.;Ikemura
  • 通讯作者:
    Ikemura
The genome of Pelotomaculum thermopropionicum reveals niche-associated evolution in anaerobic microbiota
  • DOI:
    10.1101/gr.7136508
  • 发表时间:
    2008-03-01
  • 期刊:
  • 影响因子:
    7
  • 作者:
    Kosaka, Tomoyuki;Kato, Souichiro;Watanabe, Kazuya
  • 通讯作者:
    Watanabe, Kazuya
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オリゴヌクレオチド頻度のSOM解析による真核生物ゲノム配列に潜む生物種による個性の解明
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  • 发表时间:
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  • 通讯作者:
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ゲノムに潜むシグナル・モチーフ部品の網羅的探索のための自己組織化地図
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高等動物ゲノム配列と染色体構造の統合をめざす複製タイミングの高精度地図作成
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    2001
  • 资助金额:
    $ 2.5万
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高等動物ゲノム配列と染色体構造の統合をめざす複製タイミングの高精度地図作成
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  • 批准号:
    12202049
  • 财政年份:
    2000
  • 资助金额:
    $ 2.5万
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    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
ヒトゲノム広領域のGC含量分布とS期内複製時期の測定
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  • 批准号:
    12024226
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    2000
  • 资助金额:
    $ 2.5万
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    11874110
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    1999
  • 资助金额:
    $ 2.5万
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子宮内病原微生物の高感度PCR検査による早産児の重症化予防方法の確立
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    2024
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    22KJ0123
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    2023
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    $ 2.5万
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    2022
  • 资助金额:
    $ 2.5万
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    Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
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  • 批准号:
    20K20616
  • 财政年份:
    2020
  • 资助金额:
    $ 2.5万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Challenging Research (Pioneering)
風邪症候群の病原微生物における特徴と臨床的診断法の探索
探讨寒证病原微生物特点及临床诊断方法
  • 批准号:
    16K19305
  • 财政年份:
    2016
  • 资助金额:
    $ 2.5万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
Epithelial interactions with indigenous and pathogenic microbes
上皮与本土微生物和病原微生物的相互作用
  • 批准号:
    8855061
  • 财政年份:
    2015
  • 资助金额:
    $ 2.5万
  • 项目类别:
植物のかたちを変える病原微生物群の共通分子基盤
改变植物形状的病原微生物的共同分子基础
  • 批准号:
    13J06903
  • 财政年份:
    2013
  • 资助金额:
    $ 2.5万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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