癌抑制遺伝子座のゲノム構造解析:ゲノムシークエンシングによる発癌機構の解明

抑癌基因座的基因组结构分析：通过基因组测序阐明致癌机制

• 批准号: 09272205
• 负责人: 油谷 浩幸
• 金额: $ 2.05万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1997
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1997 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-09272205/
• 关键词: 染色体欠失; RDA法; ゲノムシークエンシング; cDNAセレクション; LOH; 癌抑制遺伝子

RDA法により検出された染色体ホモ欠失領域を手がかりとして、癌抑制遺伝子座の構造解析を進めた。スキルス胃癌細胞株2Mおよび2MD3を材料に癌細胞染色体中でホモ欠失を示すゲノム領域について90-150kbのBACクローンとしてゲノムクローニングに成功した。1p22-23、3p24、16q22-23の3つのホモ欠失領域内の転写産物の同定を試みた。1.ホモ欠失領域からの候補遺伝子の同定ゲノムシークエンシングとエクソン配列の予測 ショットガン法によるその全シークエンシングを進め、GRAILあるいはGeneFinderなどのプログラムによりコンピューター上でエクソン配列の予測を行った。cDNAセレクション法及びエクソントラッピング法も併用して転写産物の同定に当たった結果、ノーザン解析にて陽性なクローンが、1p由来が1つ、16q由来が3クローン得られており、現在cDNA全長を得るべく解析を進めている。2.候補遺伝子座の変異解析癌細胞DNAにおける染色体変異の探索 得られた染色体ホモ欠失領域の評価のため、癌細胞株パネルによるホモ欠失の頻度および、手術により得られた癌DNAにおけるヘテロ接合性の消失(LOH,Loss of heterozygosity)を検討した。ホモ欠失領域について乳癌検体でLOHを検討すると16q22-23では70%、,3pでは40%、1pでは41%と高頻度な欠失が認められ、癌抑制遺伝子が存在する可能性が高いと考えられた。最小共通欠失領域(SRO)については、16qはD16S515-S516、3pはD3S3473-S2338、1pはD1S1673-S2766であった。

RDA method was used to detect the loss of the field of chromosomal DNA and the analysis of cancer suppressor constellation. The cancer cell line 2m

项目成果

Suzuki H,Kurihara Y,Aburatani H,Kodama T, et al.: "A role for macrophage scavenger receptors in atherosclerosis and sudceptibility to infection." Nature. 386(6622). 292-296 (1997)

Suzuki H、Kurihara Y、Aburatani H、Kodama T 等人：“巨噬细胞清道夫受体在动脉粥样硬化和感染易感性中的作用。”

Aburatani H, HIPPO.Y, Ishida T, et al.: "Cloning and characterization of mammalian 8-hydroxyguanine-specific DNA glycosylate lapurinic,apykimidinic lyase,a functional mut M homologue" Cancer Res.57(11). 2151-2156 (1997)

Aburatani H、HIPPO.Y、Ishida T 等人：“哺乳动物 8-羟基鸟嘌呤特异性 DNA 糖基化 lapurinic、apykimidinic 裂合酶、功能性 mut M 同源物的克隆和表征”Cancer Res.57(11)。

Hallstensson K,Thylin S,Aburatani H, et al.: "Representational Difference Analysis and Loss of Heterozygosity Studies Detect 3p Deletions in Neuroblastoma." Eur.J.Cancer. 33(12). 1966-1970 (1997)

Hallstensson K、Thylin S、Aburatani H 等人：“代表性差异分析和杂合性丢失研究检测神经母细胞瘤中的 3p 缺失。”

Doi T,Minami T,Itoh M,Aburatani H, et al.: "An alternative form of nucleolysin binds to a T-cluster DNA in the silencer element of platelet factor 4 gene." Biochem.Biophys.Res.Commun.235(3). 625-630 (1997)

Doi T、Minami T、Itoh M、Aburatani H 等人：“另一种形式的溶核素与血小板因子 4 基因沉默元件中的 T 簇 DNA 结合。”

Ejeskar K,Aburatani H,Abrahamsson J, et al.: "Loss of heterozygosity of 3p markers in neuroblastoma tumors implicate a tumor-suppressor locus distal to the FHIT gene." Br.J.Cancer. 印刷中. (1998)

Ejeskar K、Aburatani H、Abrahamsson J 等人：“神经母细胞瘤中 3p 标记杂合性的丢失暗示着 FHIT 基因远端的肿瘤抑制位点。”（1998 年出版）。