癌抑制遺伝子座のゲノム構造解析:ゲノムシークエンシングによる発癌機構の解明

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RDA法により検出された染色体ホモ欠失領域を手がかりとして、癌抑制遺伝子座の構造解析を進めた。スキルス胃癌細胞株2Mおよび2MD3を材料に癌細胞染色体中でホモ欠失を示すゲノム領域について90-150kbのBACクローンとしてゲノムクローニングに成功した。1p22-23、3p24、16q22-23の3つのホモ欠失領域内の転写産物の同定を試みた。1.ホモ欠失領域からの候補遺伝子の同定ゲノムシークエンシングとエクソン配列の予測 ショットガン法によるその全シークエンシングを進め、GRAILあるいはGeneFinderなどのプログラムによりコンピューター上でエクソン配列の予測を行った。cDNAセレクション法及びエクソントラッピング法も併用して転写産物の同定に当たった結果、ノーザン解析にて陽性なクローンが、1p由来が1つ、16q由来が3クローン得られており、現在cDNA全長を得るべく解析を進めている。2.候補遺伝子座の変異解析癌細胞DNAにおける染色体変異の探索 得られた染色体ホモ欠失領域の評価のため、癌細胞株パネルによるホモ欠失の頻度および、手術により得られた癌DNAにおけるヘテロ接合性の消失(LOH,Loss of heterozygosity)を検討した。ホモ欠失領域について乳癌検体でLOHを検討すると16q22-23では70%、,3pでは40%、1pでは41%と高頻度な欠失が認められ、癌抑制遺伝子が存在する可能性が高いと考えられた。最小共通欠失領域(SRO)については、16qはD16S515-S516、3pはD3S3473-S2338、1pはD1S1673-S2766であった。