tRNAアンチコドン部位のコンホメーションの人工固定化およびその分子認識能

tRNA反密码子位点构象的人工固定及其分子识别能力

• 批准号: 07250206
• 负责人: 関根 光雄
• 金额: $ 1.54万
• 依托单位: Tokyo Institute of Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1995
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1995 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-07250206/
• 关键词: アンチコドン; コドン; 環状ウリジル酸; ベント構造; 分子力場計算; Uターン構造; rRNA

tRNAはアンチコドンループに鋭く曲がったいわゆる"Uターン"構造と呼ばれるベント構造が存在している。この特異な折れ曲がり構造はコドン-アンチコドンの分子認識機構にも関係する重要な構造的特徴である。今回我々は、このベント構造が実際にコドン認識に関与しているか検証する目的でこのUターン構造を化学的に固定したオリゴリボヌクレオチドを合成しその構造解析をおこなった。まず、すでに合成を完了し、リン酸ジエステル結合のバックボーン構造が^<31>PNMRによってベントしていると示唆された環状ウリジル酸2量体の分子力場計算によるシュミレーションをおこなった。その結果、真空中ではUターン構造に近い構造が最安定構造となったが、水中でのシュミレーションではUターン構造よりもUターン構造が開いたストレッチ構造の方がエネルギー的に安定であることがわかった。このストレッチ構造をとった場合バックボーンの折れ曲がり角度は約30°になった。このことは、この2量体が核酸を人為的に折れ曲げるための最小限のユニットになることも期待でき、核酸とタンパク質との相互作用の際最近報告されているベント核酸の人工的な合成に発展できるものと考えた。また、実際にこのユニットをRNA中に組み込まないと、Uターン構造をとるのかストレッチ構造をとるのか評価できないため、まずモデル化合物としてこのユニットの3'および5'末端にオリゴチミジル酸を付加したオリゴマーを合成することにした。その結果、固相合成法によって環状ウリジル酸を組み込んだ8量体と14量体のオリゴチミジル酸を合成することができた。これらのオリゴマーを^<31>PNMRとCD等の分光学的手法とゲル電気泳動やオリゴデオキシアデニル酸との熱融解曲線により解析したところ、オリゴマーに組み込まれてもリン酸ジエステル周りの折れ曲がりは同様に存在することがわかった。

The tRNA structure exists in the "U" structure and in the "U" structure. The characteristics of important structures related to molecular recognition mechanisms of these unique structures are described. In this paper, the structure of the first phase of the first phase of the second phase of the second phase Now that the synthesis has been completed, the structure of the ring-acid-ester-bonded vakakuten can be implemented by <31>PNMR and the molecular force field calculation of the ring-like ring-acid-2 molecule is performed. As a result, in vacuum, the structure near the middle of the structure is the most stable structure, in water, the structure of the middle of the structure is the most stable structure, and in water, the structure of the middle of the structure is the most stable structure. In this case, the angle of bending is about 30°. A recent report on the development of artificial nucleic acid synthesis has been published. In addition, the structure of the RNA in the middle of the cell is also evaluated. The results show that the solid phase synthesis method is suitable for the synthesis of cyclic acid. PNMR <31>and CD methods of spectroscopy are used to analyze the thermal melting curve of the acid.

项目成果

Mitsuo Sekine et al.: "Studies on Steric and Electronic Control of 2′-3′Phosphoryl Migration in 2′-Phosphorylated Oligouridylates" J. Org. Chem.(印刷中).

Mitsuo Sekine 等人：“2-磷酸化寡尿苷酸中 2-3 磷酰基迁移的空间和电子控制研究”J. Org。

Kohji Seio et al.: "Chemical Synthesis and Conformational Properties of a New Cyclouridylic acid Having an Ethylene Bridge between the Uracil 5-Position and 5′-Phosphate Group" J. Org. Chem.(印刷中).

Kohji Seio 等人：“尿嘧啶 5 位和 5-磷酸基团之间具有乙烯桥的新型环尿苷酸的化学合成和构象性质”J. Org。

Kohji Seio et al.: "Synthesis and Properties of Conformationally Rigid Cyclouridylic Acid Having a Covalent Bonding Linker between the Uracil 6-Position and the 5: -Phosphate Group" Tetrahedron Lett.36. 9515-9518 (1995)

Kohji Seio 等人：“在尿嘧啶 6 位和 5:-磷酸基团之间具有共价键连接基的构象刚性环尿苷酸的合成和性质”Tetrahedron Lett.36。

Keiichi Aritomoet al.: "Alkylation of 6-N-Acylated Adenosine Derivatives by the Use of Phase Transfer Catalysis" J. Chem. Soc., Perkin Trans. 1. 14. 1837-1844 (1995)

Keiichi Aritomoet al.：“通过使用相转移催化对 6-N-酰化腺苷衍生物进行烷基化”J. Chem。

Takeshi Wada et al.: "Regioselective Protection of the 2′-Hydroxyl Group of N-Acyl-3′,5′-O-di(t-butyl)silanediylnucleoside Derivatives by Use of t-BuMgCl and 2-(Trimethylsilyl)ethoxymethyl Chloride" Tetrahedron Lett.36. 1683-1684 (1995)

Takeshi Wada 等人：“使用 t-BuMgCl 和 2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基甲基对 N-酰基-3,5-O-二(叔丁基)硅烷二基核苷衍生物的 2-羟基进行区域选择性保护氯化物”四面体 Lett.36. 1683-1684 (1995)