tRNAに存在する特異な構造モチーフの分子固定と構造解析

tRNA 中独特结构基序的分子固定和结构分析

• 批准号: 09278209
• 负责人: 関根 光雄
• 金额: $ 1.28万
• 依托单位: Tokyo Institute of Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1997
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1997 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-09278209/
• 关键词: ベント構造; コンホメーション; 3'-endo; シクロウリジル酸; 立体異性体; tRNA; 固相合成; リン酸トリエステル

本研究は人工的に分子設計した立体的に固定化されたベント構造をもつtRNAや塩基部位と糖部位を完全にA型らせんのコンホメーションに固定した剛直構造をもつRNAの最小単位であるモチーフを活用し、これらをRNAに組み込み、これまでにない、三次元構造が固定されたRNAを構築することを目的とする。まず、tRNAのアンチコドンル-部位に存在する鋭いベント機構として知られているUターン構造を科学的に固定化するため、tRNAX線構造解析のデータと最新のアンチコドンの第一字目の装飾ヌクレオシドとUターン構造との残基間相互作用を参考に、UpUの上流側のUの2'水酸基と下流のUの塩基部位の5位から-CH_2C(0)NHCH_2-と-C(O)NHCH_2-の2種類のリンカーを介して連結させたウリジル酸2量体の合成を行い、NMR、CD、分子力場計算、MD計算などをおこない、Uターン構造が安定化されるか、調べた。その結果、NMRからは-CH_2C(O)NHCH_2-をリンア-として用いる場合には、ベントした構造とストレッチ構造の2つの構造の平衡にあることがわかった。一方、-C(O)NHCH_2-をリンカーとして用いる場合、アミド結合のcis-transの回転異性体の混合物として存在することがわかった。また、ベント構造も取りかえることもわかった。そこで、このベント構造をtRNAに組み込むため、その合成に必要なこれらのリンカーで連結されたウリジル酸2量体のホスホロアミダイト合成ユニットの合成をおこない、収率よく合成することができた。現在、これら-CH_2C(O)NHCH_2-と-C(O)NHCH_2-のリンカーをもつベント核酸を個相合成法で合成する詳細な条件について検討している。

This study は に molecular design of artificial し た stereo に immobilized さ れ た ベ ン ト tectonic を も つ tRNA や salt base A と sugar part を completely に type A ら せ ん の コ ン ホ メ ー シ ョ ン に fixed し た upright and outspoken tectonic を も つ RNA の 単 A smallest で あ る モ チ ー フ を appropriate し, こ れ ら を RNA に group み 込 み, こ れ ま で に な い, three dimensional structure To construct が to fix されたRNAを to construct する とを とを objective とする. ま ず, tRNA の ア ン チ コ ド ン ル - part に exist す る sharp い ベ ン ト institutions と し て know ら れ て い る U タ ー ン tectonic を scientific に immobilized す る た め, tRNAX line structure の デ ー タ と latest の ア ン チ コ ド ン の first word orders の decoration ヌ ク レ オ シ ド と U タ ー ン tectonic と の interactions between residues に, UpU を reference の upper side の U の 2 'water acid radical と obscene の U の salt base a の five か ら - CH_2C (0) NHCH_2 と - C (O) NHCH_2 - の 2 kinds の リ ン カ ー を interface し て link さ せ た ウ リ ジ ル acid 2 quantity body line の synthetic を い, NMR, CD, MD, molecular force field to calculate the な ど を お こ な い, U タ ー ン structure Build が to stabilize される される, tune べた. そ の results, NMR か ら は - CH_2C (O) NHCH_2 - を リ ン ア - と し て in い る occasions に は, ベ ン ト し た tectonic と ス ト レ ッ チ tectonic の 2 つ の tectonic の balance に あ る こ と が わ か っ た. Side, - C (O) NHCH_2 - を リ ン カ ー と し て in い る occasions, ア ミ ド combining の cis - trans の planning back straight body の mixture と し て exist す る こ と が わ か っ た. The また and ベ ト ト are used to construct the える える と わ わ わ った. そ こ で, こ の ベ ン ト tectonic を tRNA に group み 込 む た め, そ の synthetic に necessary な こ れ ら の リ ン カ ー で link さ れ た ウ リ ジ ル acid 2 quantity body の ホ ス ホ ロ ア ミ ダ イ ト synthetic ユ ニ ッ ト の synthetic を お こ な い, 収 よ く synthetic す る こ と が で き た. Now, こ れ ら - CH_2C NHCH_2 - と - C (O) (O) NHCH_2 - の リ ン カ ー を も つ ベ ン ト nucleic acid in を a diagnosis で す synthesis る な conditions detailed に つ い て beg し 検 て い る.

项目成果

K.Seio, O.Kurasawa, T.Wada, M.Sekine, et al: "Synthesis and Properties of Conformationally Rigid Cyclouridylic Acids Having Covalent Bond Between the Uracil 5-Position and the 5'-Phosphate Group" Nucleoside Nucleotides. 16・7-9. 1023-1032 (1997)

K.Seio、O.Kurasawa、T.Wada、M.Sekine 等人：“尿嘧啶 5 位和 5-磷酸基团之间具有共价键的构象刚性环尿苷酸的合成和性质”核苷核苷酸 16・。 7-9。1023-1032（1997）

H.Tsuruoka, K.Shohda, T.Wada, M.Sekine: "Kinetics and Mechanism of Facile and Selective Dephosphorylation of 2'-Phosphorylated and 2'-Thiophosphorylated Dinucleotides" Journal of Organlc Chemistry. 62・9. 2813-2822 (1997)

H.Tsuruoka、K.Shohda、T.Wada、M.Sekine：“2-磷酸化和 2-硫代磷酸化二核苷酸的轻松和选择性去磷酸化的动力学和机制”有机化学杂志 62・9。 1997)

T.Wada, Y.Sato, F.Honda, S.Kawahara, M.Sekine: "Chemical Synthesis of Oligodeoxyribonucleotides Using N-Unprotected H-Phosphonate Monomers and Carbonium and Phosphoniun Condensing Reagents" Journal of American Chemlcal Soclety. 119・52. 12710-12721 (1997)

T.Wada、Y.Sato、F.Honda、S.Kawahara、M.Sekine：“使用 N-未保护的 H-磷酸单体和碳和磷鎓缩合试剂化学合成寡脱氧核糖核苷酸”美国化学会杂志 119・52。 12710-12721 (1997)

M.Kadokura, T.Wada, C.Urashima, M.Sekine: "Effective Synthesis of r-Methyl-Capped Guanosine 5'-Triphosphate as a 5'-Terminal Unique Structure of U6 RNA via New Triphosphate Bond Formation" Tetrahedron Letters. 38・48. 8359-8362 (1997)

M.Kadokura、T.Wada、C.Urashima、M.Sekine：“通过新三磷酸键形成，有效合成 r-甲基封端鸟苷 5-三磷酸作为 U6 RNA 的 5 末端独特结构”四面体字母。 38・48。8359-8362（1997）

K.Seio, T.Wada, K.Sakamoto, S.Yokoyama, M.Sekine: "Chemical Synthesis and Properties of Conformationally Fixed Diuridine Monophosphates as Building Blocks of RNA Tum Motif" Journal of Organic Chemistry. 印刷中

K.Seio、T.Wada、K.Sakamoto、S.Yokoyama、M.Sekine：“作为 RNA Tum 基序构建模块的构象固定二尿苷单磷酸的化学合成和特性”有机化学杂志正在出版。