酵母ゲノムにおいてクロマチン構造を介した転写制御機構の解明

阐明酵母基因组染色质结构介导的转录控制机制

• 批准号: 09263213
• 负责人: 清水 光弘
• 金额: $ 1.15万
• 依托单位: Tokyo University of Pharmacy and Life Science
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1997
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1997 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-09263213/
• 关键词: クロマチン; ヌクレオソーム; 転写制御; リプレッサー; 出芽酵母; 蛋白質-DNA相互作用; DNAの高次構造; ゲノム

1.Distal repressor Rme1pによる転写抑制とクロマチンの構造まず,Rme1pの機能ドメインを明らかにする目的で,Rme1pの欠失変異体を作成した.そして,in vitroにおいても,Rme1pが,in vivo footprintingで同定された2つの部位に,ほぼ同じ親和性で結合することを実証した.これらの結果に基づいて,酵母repressorを作用機構の観点から,proximalとdistal repressorsに概念化して,distal repressorとして分類されたRme1pによる転写抑制の特徴について考察した(Nucleic Acids Res.,revised).一方,これまでに,Rme1pによる転写機構として,Rme1pが転写抑制クロマチンドメインを構築する,というモデルを提唱した.これを検証するために,Rme1pの結合部位を挿入したCYC1-lacZミニ染色体のクロマチン構造を解析して,Rme1pに依存したクロマチン構造の変化を明らかにした.2.in vivoでのヌクレオソームの不安定化に関与するDNAの構造因子昨年度までに,ポジショニングしたヌクレオソームを有する酵母ミニ染色体をベクターとして,特殊なDNA配列のヌクレオソーム形成を評価できる実験系を構築した.そして,比較的長いホモポリマー配列(dA_n・dT_n・dG_n・dC_n)とZ-DNA配列であるd(CG)_nは,in vivoでヌクレオソームを排除することを示した.次に,この機構を解明するために,dA_n・dT_n配列をin vivo UV-photo footprintingで解析した.その結果,dA_n・dT_n配列は,細胞内でnon-B型構造をとっており,それがヌクレオソームを排除する要因であると結論され,DNAの高次構造がクロマチン構築の重要な要因の一つであることが実証された.

1. Remote repressor Rme1 p is constructed for the purpose of providing a functional solution to the problem. For example,in vitro,Rme1p,in vivo footprinting, the affinity of the two sites is demonstrated. The results of this study are as follows: (Nucleic Acids Res., revised). On the other hand,Rme1p is a writing mechanism, Rme 1 p is a writing suppression mechanism, and Rme1p is a writing suppression mechanism. The binding site of Rme1p was inserted into CYC1-lacZ chromosome structure analysis, Rme1p dependence on CYC1-lacZ chromosome structure transformation was clarified. 2. In vivo, the binding site of Rme1p was inserted into CYC1-lacZ chromosome structure analysis, Rme1p dependence on CYC1-lacZ chromosome structure transformation was clarified. 2. In vivo, the binding site of Rme1p was inserted into CYC1-lacZ chromosome structure analysis, Rme1p dependence on CYC1-lacZ chromosome structure transformation was clarified. 3. In vivo, the binding site of Rme1p was inserted into CYC1-lacZ chromosome structure analysis, Rme1p dependence on CYC1-lacZ chromosome structure transformation was clarified. 2. In vivo, the binding site of Rme1p was clarified. 3. Evaluation of the formation of special DNA sequences The longer the DNA alignment (dA_n·dT_n·dG_n·dC_n), the shorter the DNA alignment (dA_n·dG_n·dC_n), the shorter the DNA alignment (dA_n·dT_n·dG_n·dC_n). Second, the mechanism of this analysis,dA_n·dT_n arrangement in vivo UV-photo footprinting analysis. The results show that dA_n·dT_n alignment is the most important factor in the construction of DNA high-order structure.

项目成果

Heisaburo Shindo: "Dynamics in the isomerization of intramolecular DNA triplexes in supercoiled plasmids." Nucleic Acids Res.25. 4786-4791 (1997)

Heisaburo Shindo：“超螺旋质粒中分子内 DNA 三链体异构化的动力学。”

Takashi Kinebuchi: "Functional domains of E.coli single-stranded DNA binding protein as assessed by analyses of the deletion mutants." Biochemistry. 36. 6732-6738 (1997)

Takashi Kinebuchi：“通过分析缺失突变体评估大肠杆菌单链 DNA 结合蛋白的功能域。”

Mitsuhiro Shimizu: "Dissection of the DNA binding domain of yeast Zn-finger protein Rmelp,a repressor of meiotic activator IMEI." Nucleic Acids Symp.Ser.37. 175-176 (1997)

Mitsuhiro Shimizu：“酵母锌指蛋白 Rmelp 的 DNA 结合域的剖析，它是减数分裂激活剂 IMEI 的阻遏物。”