脊椎動物ゲノムにおけるパラロガス領域の総合的解析

脊椎动物基因组中旁系同源区域的综合分析

• 批准号: 14011219
• 负责人: 笠原 正典
• 金额: $ 3.71万
• 依托单位: The Graduate University for Advanced Studies
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2002
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2002 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-14011219/
• 关键词: パラロガス領域; ゲノム重複; MHC; 無顎類

われわれは、HLA(MHC)領域とパラロガスな領域がヒトゲノムに3箇所存在することを発見し、これらのパラロガス領域とHLA領域の原型が脊椎動物進化の初期におきたと想定される2回の大規模な染色体重複(おそらくはゲノム重複)によって形成された可能性が高いことを示してきた。今日では、本パラロガス群はヒトゲノムで同定された数多くのパラロガス領域のプロトタイプとしての地位を確立しつつある。しかしながら、1)パラロガス領域を生み出した重複の性質、回数、時期、2)重複ののちにゲノムに生じた変化、に関しては十分な理解が得られていないのが現状である。そこで、本研究では、1)系統発生的に2度の重複の直前、直後に位置すると考えられる無顎類(特に、ヌタヌナギ)に焦点を当てて、MHCパラロガス群のBACクローンを用いた解析を行うとともに、2)ゲノム解析が終了しつつあるヒトおよびマウスを対象として、重複後に生じたゲノム構造の変化を明らかにすることを目的として研究を遂行し、以下の成果を得た。1)哺乳類とほぼ同じゲノムサイズをもっと推定されるヌタウナギのゲノムを3倍カバーするBACライブラリー(平均インサート長約100kb)を作製した。2)上記BACライブラリー(3倍ゲノムカバレッジ分)のスクリーニングを行い、7個のMHC前駆領域をカバーするBACクローンを同定し、その塩基配列を決定した。3)ヌタウナギ白血球由来cDNAライブラリーのランダム・シークエンスを行い、約12,000クローンの5'-end,3'-endの塩基配列を決定した。4)MHCパラロガス群に属するホヤ遺伝子を体系的に同定し、染色体重複後に生じたゲノム構造の変化を解析した。

In the early stages of vertebrate evolution, the HLA(MHC) domain and the HLA domain prototype are thought to be two cycles of large-scale chromosome duplication, which is highly probable. Today, the number of people in the field of education is increasing, and the status of education is increasing. 1) The nature, number, and period of repetition of the domain; 2) The nature, number, and period of repetition; 3) The present situation of the domain is well understood. 1) The position of the system's origin is 2 degrees and the repetition is straight forward and backward.(Special,) Focus, MHC, BAC, B 1)Mammals are expected to have a three-fold increase in BAC size (average size about 100kb). 2)Note that BAC classification (3-fold classification) is carried out in the same way, 7 MHC pre-domain BAC classification is determined, and all base arrangements are determined. 3) About 12,000 copies of the cDNA sequence of 5'-end and 3'-end of the leukocyte origin were determined. 4)MHC chromosome group belongs to the same gene system, chromosome duplication occurs after the structure analysis

项目成果

Welch, A.Y.et al.: "Identification of the mouse killer immunoglobulin-like receptor-like (Kin) gene family mapping to chromosome X."Immunogenetics. 54. 782-790 (2003)

Welch, A.Y.等人：“定位到 X 染色体的小鼠杀伤性免疫球蛋白样受体样 (Kin) 基因家族的鉴定。”免疫遗传学。

Nagata, T., et al.: "The leukocyte common antigen (CD45) of the Pacific hagfish, Eptatretus stoutii : implications for the primordial function of CD45"Immunogenetics. 54. 286-291 (2002)

Nagata, T. 等人：“太平洋盲鳗 Eptatretus stoutii 的白细胞共同抗原 (CD45)：对 CD45 原始功能的影响”免疫遗传学。

Kasahara, M.: "Polyploid origin of the human genome. In : D.N.Cooper(ed.) : Encyclopedia of the Human Genome"Nature Publishing Group(印刷中). (2003)

Kasahara, M.：“人类基因组的多倍体起源。见：D.N.Cooper（编辑）：人类基因组百科全书”自然出版集团（2003 年）。

Liu, Y., et al.: "Xenopus class II A genes : studies of genetics, polymorphism, and expression"Dev. Comp. Immunol. 26. 735-750 (2002)

Liu, Y., et al.：“爪蟾 II A 类基因：遗传学、多态性和表达的研究”Dev.

Kasahara, M. et al.: "A family of MHC class I-like genes located in the vicinity of the mouse leukocyte receptor complex"Proc.Natl.Acad.Sci. USA. 99. 13687-13692 (2002)

Kasahara, M. 等人：“位于小鼠白细胞受体复合体附近的 MHC I 类基因家族”Proc.Natl.Acad.Sci。