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脊椎動物ゲノムにおけるパラロガス領域の総合的解析

脊椎动物基因组中旁系同源区域的综合分析

基本信息

批准号：
16011220
负责人：
笠原正典
金额：
$ 3.52万
依托单位：
Hokkaido University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2004
资助国家：
日本
起止时间：
2004 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16011220/
关键词：
ヌタウナギ BACライブラリーペア型免疫グロブリン受容体 EST解析

项目摘要

われわれは、HLA(MHC)領域とパラロガスな領域がヒトゲノムに3箇所存在することを発見し、これらのパラロガス領域とHLA領域の原型が脊椎動物進化の初期におきたと想定される2回の大規模な染色体重複(おそらくはゲノム重複)によって形成された可能性が高いことを示してきた。しかしながら、パラロガス領域を生み出した重複の性質、回数、時期に関しては十分な理解が得られていないのが現状である。そこで、本研究では、系統発生的に2度の重複の直前、直後に位置すると考えられる無顎類(特に、ヌタヌナギ)に焦点を当てて研究を進め、以下の成果を得た。1)哺乳類とほぼ同じゲノムサイズをもつと推定されるヌタウナギのゲノムを3倍カバーするBACライブラリー(平均インサート長約100kb)を作製した。2)上記BACライブラリー(3倍ゲノムカバレッジ分)のスクリーニングを行い、7個のMHC前駆領域をカバーするBACクローンを同定し、その塩基配列を決定した。3)ヌタウナギ白血球由来cDNAライブラリーのランダム・シークエンスを行い、約12,000クローンの5'-end,3'-endの塩基配列を決定した。4)免疫グロブリンやT細胞抗原レセプターの祖先と推測されるVドメインを有するpaired Ig-like receptor遺伝子群をヌタヌナギで同定し、APAR(agnathan paired receptors resembling antigen receptors)と命名、その構造解析をおこなった。5)ヌタウナギで、VLR(variable lymphocyte receptor)を同定し、その構造解析をおこなった。

In the early stages of vertebrate evolution, the HLA(MHC) domain and the HLA domain prototype are thought to be two cycles of large-scale chromosome duplication, which is highly probable. The nature, number and period of repetition of the field are closely related to the understanding of the present situation. This study is based on the following results: (1) the position of the first and second degree of repetition of the system,(2) the position of the second degree of repetition of the system,(3) the position of the third degree of repetition of the system,(4) the position of the fourth degree of repetition of the system,(5) the position of the fourth degree of repetition of the system,(6) the position of the fourth degree of repetition of the system,(7) the position of the fourth degree of repetition of the system,(8) the position of the fourth degree of repetition of the system,(9) the position of the fourth degree of repetition of the system,(9) the position of the system,(9) the position of the fourth degree of repetition of the system,(9) the position 1)Mammals are expected to have a three-fold increase in BAC size (average size about 100kb). 2)Note that BAC classification (3-fold classification) is carried out in the same way, 7 MHC pre-domain BAC classification is determined, and all base arrangements are determined. 3) About 12,000 copies of the cDNA sequence of 5'-end and 3'-end of the leukocyte origin were determined. 4)The ancestry of T cell antigens in immune cells is presumed to be related to the existence of paired Ig-like receptor gene subgroups. APAR(agnathan paired receptors assembling antigen receptors) is named and its structure is analyzed. 5)