脊推動物ゲノムにおけるパラロガス領域の総合的解析

脊椎动物基因组中旁系同源区域的综合分析

• 批准号: 13202022
• 负责人: 笠原 正典
• 金额: $ 5.12万
• 依托单位: The Graduate University for Advanced Studies
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13202022/
• 关键词: パラロガス領域; 無顎類; BACライブラリー; MHC; ゲノム重複

われわれは、HLA(MHC)領域とパラロガスな領域がヒトゲノムに3箇所存在することを発見し、これらのパラロガス領域とHLA領域の原型が脊椎動物進化の初期におきたと想定される2回の大規模な染色体重複(おそらくはゲノム重複)によって形成された可能性が高いことを示してきた。今日では、本パラロガス群はヒトゲノムで同定された数多くのパラロガス領域のプロトタイプとしての地位を確立しつつある。しかしながら、1)パラロガス領域を生み出した重複の性質、回数、時期、2)重複ののちにゲノムに生じた変化、に関しては十分な理解が得られていないのが現状である。そこで、本研究では、1)系統発生的に2度の重複の直前、直後に位置すると考えられる無顎類(特に、ヌタヌナギ)に焦点を当てて、MHCパラロガス群のBACクローンを用いた解析を行うとともに、2)ゲノム解析が終了しつつあるヒトおよびマウスを対象として、重複後に生じたゲノム構造の変化を明らかにすることを目的として研究を遂行し、以下の成果を得た。1)哺乳類とほぼ同じゲノムサイズをもつと推定されるヌタウナギのゲノムを3倍カバーするBACライブラリー(平均インサート長約100kb)の作製に成功した。現在、ゲノムカバレッジを5倍まで増加させるべく、作製作業(3Dプール作製を含む)を継続中である。2)上記BACライブラリー(1倍ゲノムカバレッジ分)のスクリーニングを行い、少なくとも6個のMHC前駆領域をカバーするBACクローンを同定した。3)ヌタウナギ白血球由来cDNAライブラリーのランダム・シークエンスを行い、約5,000クローンの5'-end,3'-endの塩基配列を決定した。4)MHCパラロガス群に属するヒト遺伝子を体系的に同定し、染色体重複後に生じたゲノム構造の変化を解析した。

わ れ わ れ は, HLA (MHC) と パ ラ ロ ガ ス な field が ヒ ト ゲ ノ ム に three existing す る こ と を 発 し, こ れ ら の パ ラ ロ ガ ス areas と HLA の prototype が early vertebrate evolution の に お き た と scenarios さ れ る 2 back の large-scale な duplication (お そ ら く は ゲ ノ ム repeated) に よ っ て form さ れ た can The energy が high た とを とを indicates that the <s:1> て た た. Today で は, this パ ラ ロ ガ ス group は ヒ ト ゲ ノ ム で with fixed さ れ た more く の パ ラ ロ ガ ス field の プ ロ ト タ イ プ と し て の role を し つ つ あ る. し か し な が ら, 1) パ ラ ロ ガ ス field を raw み out し た repeat の properties, back number, time, 2) repeat の の ち に ゲ ノ ム に raw じ た variations, に masato し て は very な understand が too ら れ て い な い の が status quo で あ る. そ こ で, this study で 発 は, 1) system of two degrees に の after repeated の ahead, straight に position す る と exam え ら れ る no jaw class (に, ヌ タ ヌ ナ ギ) に focus を when て て, MHC パ ラ ロ ガ ス group の BAC ク ロ ー ン を with い た parsing line を う と と も に, 2) ゲ ノ ム parsing が end し つ つ あ る ヒ ト お よ び マ ウ ス を like と seaborne し て, after repeated に じ た ゲ ノ の ム structure - the を Ming ら か に す る こ と を purpose と し を carries out し て study, the following の を た. 1) mammals と ほ ぼ with じ ゲ ノ ム サ イ ズ を も つ と presumption さ れ る ヌ タ ウ ナ ギ の ゲ ノ ム を 3 times カ バ ー す る BAC ラ イ ブ ラ リ ー (average イ ン サ ー ト 100 KB) の cropping に successful し た. Now, ゲノムカバレッジを5 times まで is increasing させるべく in the manufacturing business (3Dプ ゲノムカバレッジを manufacturing を including む)を継続 である. 2) written BAC ラ イ ブ ラ リ ー (1 times ゲ ノ ム カ バ レ ッ ジ) の ス ク リ ー ニ ン グ を い, less な く と も six の MHC before 駆 field を カ バ ー す る BAC ク ロ ー ン を with fixed し た. 3) ヌ タ ウ ナ ギ white blood cell origin cDNA ラ イ ブ ラ リ ー の ラ ン ダ ム · シ ー ク エ ン ス を い, about 5000 ク ロ ー ン の 5 '- end, 3' - end の salt base with column を decided し た. 4) MHC パ ラ ロ ガ ス group に genus す る ヒ ト heritage 伝 を system with fixed し に, born after the duplication に じ た ゲ ノ の ム structure - the を parsing し た.

项目成果

笠原正典:(分担執筆): "主要組織適合遺伝子複合体,ほか15項目.伊藤正男, 井村裕夫, 高久史麿編:医学大辞典"医学書院,東京(印刷中). (2002)

Masanori Kasahara：（特约作者）：“主要组织相容性复合物，以及其他 15 项。Masao Ito、Hiroo Imura 和 Fumimaro Takahisa：医学词典”Igaku Shoin，东京（2002 年出版）。

笠原正典:(分担執筆): "免疫,ほか12項目.北川高嗣, 須藤 修, 西垣 通, 濱田純一, 吉見俊哉, 米本昌平編:情報学事典"弘文堂,東京(印刷中). (2002)

Masanori Kasahara：（撰稿人）：“免疫和其他 12 个项目。Takatsugu Kitakawa、Osamu Sudo、Toru Nishigaki、Junichi Hamada、Toshiya Yoshimi 和 Shohei Yonemoto（编辑）：信息研究百科全书”，Kobundo，东京（印刷中） ）（2002））。

笠原正典:(分担執筆): "MHCクラスI分子.南山堂医学大辞典 改訂19版"南山堂,東京(印刷中). (2002)

Masanori Kasahara：（贡献者）：“MHC I 类分子。Nanzando 医学词典，第 19 版”Nanzando，东京（目前正在印刷）（2002 年）。

Cohen, D.J.: "Evidence that human epididymal protein ARP plays a role in gamete fusion through complementary sites on the surface of the human egg"Biol.Reprod. 65. 1000-1005 (2001)

Cohen, D.J.：“有证据表明人类附睾蛋白 ARP 通过人类卵子表面的互补位点在配子融合中发挥作用”Biol.Reprod。

笠原正典: "主要組織適合遺伝子複合体のゲノム構造の謎を解く"ゲノムが語る自己非自己識別システムの歴史.医学のあゆみ198. 6 (2001)

Masanori Kasahara：“解开主要组织相容性复合体的基因组结构之谜”基因组讲述的自我非自我识别系统的历史 198. 6 (2001)。