脊椎動物ゲノムにおけるパラロガス領域の総合的解析

脊椎动物基因组中旁系同源区域的综合分析

• 批准号: 15011217
• 负责人: 笠原 正典
• 金额: $ 3.26万
• 依托单位: The Graduate University for Advanced Studies
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2003
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2003 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-15011217/
• 关键词: パラロガス領域; ゲノム重複; MHC; 無顎類

われわれは、HLA (MHC)領域とパラロガスな領域がヒトゲノムに3箇所存在することを発見し、これらのパラロガス領域とHLA領域の原型が脊椎動物進化の初期におきたと想定される2回の大規模な染色体重複(おそらくはゲノム重複)によって形成された可能性が高いことを示してきた。今日では、本パラロガス群はヒトゲノムで同定された数多くのパラロガス領域のプロトタイプとしての地位を確立しつつある。しかしながら、パラロガス領域を生み出した重複の性質、回数、時期に関しては十分な理解が得られていないのが現状である。そこで、本研究では、系統発生的に2度の重複の直前、直後に位置すると考えられる無顎類(特に、ヌタヌナギ)に焦点を当てて研究を進め、以下の成果を得た。1)哺乳類とほぼ同じゲノムサイズをもつと推定されるヌタウナギのゲノムを3倍カバーするBACライブラリー(平均インサート長約100kb)を作製した。2)上記BACライブラリー(3倍ゲノムカバレッジ分)のスクリーニングを行い、7個のMHC前駆領域をカバーするBACクローンを同定し、その塩基配列を決定した。3)ヌタウナギ白血球由来cDNAライブラリーのランダム・シークエンスを行い、約12,000クローンの5'-end,3'-endの塩基配列を決定した。4)MHCパラロガス群に属するホヤ遺伝子を体系的に同定し、染色体重複後に生じたゲノム構造の変化を解析した。5)免疫グロブリンやT細胞抗原レセプターの祖先と推測される遺伝子群をヌタヌナギで同定し、AAR (ancestral antigen receptor)と命名した。

われわれは、HLA (MHC) The field of the field of the field of the field of the field of the field 3箇existence of The とを発见し, the これらのパラロガス domain and the prototype of the HLA domain が vertebrate In the early stages of evolution, the large-scale duplication of chromosomes in the scenario of される2 (おそらくはゲノム Repeat) によって forms されたpossibility が高いことをshows してきた. Today's では, this パラロガス群 はヒトゲノムで同定された多多くのThe status of the field of パラロガスのプロトタイプとしての is established.しかしながら, パラロガス区を生み出した Repeat the nature, number, and period of time に关しては十なUnderstand the current situation である.そこで、This study is a では、The 2 degrees of repetition of the system のThe straight front and straight back position するとtestえらThe focus of the research on jawless jaws (special, ヌタヌナギ) has been ongoing, and the following results have been obtained. 1) Mammalian とほぼ Same as じゲノムサイズをもつと presumed されるヌタウナギのゲノムを 3カバーするBACライブラリー(average インサートlength is about 100kb) is made by した. 2) The above mentioned BACライブラリー(3xゲノムカバレッジ分)のスクリーニングを行い, 7 The individual MHC front-end fields are determined by the same BAC control and the base alignment is determined. 3) White blood cell origin cDNA ライブラリーのランダム・シークエンスを行い, about 12,000 クローンの5'-end, 3'-endの塩组arrayをdeterminationした. 4) Analysis of the identification of the MHC パパラロガス group belonging to the するホヤ伝子を system and the analysis of the chromosomal duplication of the じたゲノム structure. 5) Immune T-cell antigen T cell antigen ancestral presumed ancestry, AAR (ancestral antigen receptor) and named.

项目成果

Takahashi, T. et al.: "Natural killer cell receptors in the horse : evidence for the existence of multiple transcribed Ly49 genes."Eur.J.Immunol.. 34. 773-784 (2004)

Takahashi, T. 等人：“马中的自然杀伤细胞受体：存在多个转录 Ly49 基因的证据。”Eur.J.Immunol.. 34. 773-784 (2004)

Kasahara, M. et al.: "On the origins of the adaptive immune system : novel insights from protochordates and cold-blooded vertebrates."Trends Immunol.. 25. 105-111 (2004)

Kasahara, M. 等人：“关于适应性免疫系统的起源：来自原索动物和冷血脊椎动物的新见解。”趋势免疫学.. 25. 105-111 (2004)

Watanabe, Y. et al.: "Comparative genomics of the Mill family : a rapidly evolving MHC class I gene family."Eur.J.Immunol.. 34(印刷中). (2004)

Watanabe, Y. 等人：“Mill 家族的比较基因组学：快速进化的 MHC I 类基因家族。”Eur.J.Immunol.. 34（印刷中）。

Kasahara, M.: "MHC genomics : from the proteasome to genome evolution. In : H. -G. Rammensee and R. Dawkins (eds.) : Antigen Processing - Mechanisms, Genomics and Evolution"Wiley-VCH(印刷中). (2004)

Kasahara, M.：“MHC 基因组学：从蛋白酶体到基因组进化。见：H. -G. Rammensee 和 R. Dawkins（编辑）：抗原加工 - 机制、基因组学和进化”Wiley-VCH（出版中）。 (2004)

Kasahara, M.: "Polyploid origin of the human genome. In : D.N.Cooper (ed.): Nature Encyclopedia of the Human Genome, Vol. 4"Nature Publishing Group, Macmillan Publishers Ltd.. 614-618 (2003)

Kasahara, M.：“人类基因组的多倍体起源。见：D.N.Cooper（编辑）：人类基因组自然百科全书，第 4 卷”自然出版集团，麦克米伦出版有限公司。614-618（2003）