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ゲノムワイドのMHC class I結合性ペプチド探索自動化データベース

全基因组 MHC I 类结合肽搜索自动化数据库

基本信息

批准号：
14015215
负责人：
宇高恵子
金额：
$ 1.92万
依托单位：
Kochi Medical School
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2002
资助国家：
日本
起止时间：
2002 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

1)マウスMHC class I分子、Dbについて、隠れマルコフアルゴリズムを基盤とする質問学習法を活用した、MHC結合性ペプチド解析法を開拓し、論文にまとめ発表した。2)ヒトMHC分子であるHLA-A^*0201とA^*2402について、もっとも定量性のよいペプチド結合実験の方法を検討した。その結果、従来使われていた低温インキュベーションにより、空のMHC分子を蓄積する方法はヒト細胞では、あまり有効でないことがわかった。検討を重ねた結果、ClRtransfectant細胞を用いたacid-strip、reconstitution法を使うことにした。現在、質問学習法と隠れマルコフモデルを活用して、ペプチド合成、結合実験とデータ解析を進めている。また、懸案であったモデルの改善も、サイクリックモデルから6本の独立した平行モデルに変えることができた。3)ペプチドライブラリー法を用いたマウスMHCの特異性解析結果をもとに作成した、MHC結合ペプチドの自動予測プログラムをDDBJの協力をいただき、公開した。下記発表論文にある隠れマルコフアルゴリズムを用いた自動予測については、NEC(日本電気株式会社)の協力が得られた。そこで、NEC研究部門のコンピューターを使ってマウスDb分子について自動予測のできるサイトを、今春、公開できるはこびとなった。4)胎児胸腺細胞系で、MHCクラスII分子の脂質修飾性をキャンセルするような処理をすると、胸腺細胞のキラー、ヘルパーT細胞への分化決定を転換することができることがわかった。論文準備中である。アミノ酸置換体を使ったデータが出次第、投稿する予定である。

1)MassuMHC class I molecule, Dbについて, 隠れれマルコフアルゴリズムを本とするquestioning learning methodした、MHC binding analytical method をDevelopment、Thesis にまとめ発 table した. 2) The HLA-A^*0201 and A^*2402 HLA-A^*0201とA^*2402について、もっともquantitative HLA-A^*0201とA^*2402のよいペプチド combined with the ミのmethod are used.そのRESULT, 従来使われていたlow temperature インキュベーションにより, 空のMHC Molecular を accumulation する method はヒトcell では, あまりeffective でないことがわかった.検Research on the results of heavy research, the use of ClRtransfectant cells with acid-strip, and the use of reconstitution method. Now, the question-and-answer learning method uses して, ペプチド synthesis, and combines the と験とデータ analytic をめている. Unexpected case improvementルから6本のしたparallelモデルに変えることができた. 3) The ペプチドライブラリー method is produced using the specific analysis results of いたマウスMHC , MHC combined with automatic prediction of DDBJ's automatic prediction of cooperation をいただき, open to the public. The following is a list of papers on automatic forecasting using automatic forecasting and NEC (Nihon Electric Corporation). NEC Research Department's Db moleculeついてAutomatic prediction of のできるサイトを, this spring, open できるはこびとなった. 4) Fetal thymocyte line, MHC クラスII molecule and lipid modified をキャンセルするような processed をするThe differentiation of thymocytes and T cells determines the differentiation of thymocytes and T cells. Thesis is being prepared. The order of the Amin acid-substituted body is released, and the submission is scheduled to be submitted.