ペプチドライブラリーを用いたMHC‐ペプチド複合体の相補的安定化要因の解析

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1)ライブラリーの結合実験値を用いた任意のペプチドに対するMHC結合能の予測9アミノ酸長のランダムライブラリーを用いてマウスKb、Db、Ldについてポジショナルスキャニングを行った。これらの結合実験値を加算的に扱い、任意のペプチドについてその結合度を予測した。その結果、300〜500アミノ酸長程度の親蛋白質中に存在するペプチドのうち既知のT細胞エピトープのほとんどは上位1〜7番目にランクされ、Ldのように自然エピトープがすべて1位にあげられたものもあった。しかし、MUT1腫瘍ペプチドのように低く予想されたものもあった。このペプチドは実測でも結合能は測定限界以下であった。2)未知のペプチドに対するMHC結合性の予測上記の予測法を自動化するプログラムを作製した。任意のペプチド約60種について結合能を実測し、予想値と比較した。両者の間には正の相関がみられたが、一桁程度のふれのある分布をみせた。これは、各アミノ酸の貢献が完全に独立には扱いきれないことを反映するものであろう。4)異なるMHCクラスI分子間でのペプチドレパートリーの比較任意の蛋白質中に存在するペプチドのうち、自然エピトープにみられるような高い結合能が予測されるものについては、MHCの対立遺伝子産物の二つ以上に同時に結合するものはまれであった。5)Ld+LSPFPFDL,Kb+SIYRYYGLの結晶構造解析同一のT細胞レセプターに認識されるこれら2種のMHC‐ペプチド複合体の構造解析に供するため、Ld,KbのcDNAの細胞外ドメインのみを発現する遺伝子を酵母日導入し、Alcohol Oxidaseのプロモーターの下流の遺伝子座に組み入れを起こしたクローンを得た。