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ペプチドライブラリーを用いたMHC‐ペプチド複合体の相補的安定化要因の解析

使用肽库分析 MHC-肽复合物的互补稳定因子

基本信息

批准号：
08272212
负责人：
宇高恵子
金额：
$ 1.22万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
1996
资助国家：
日本
起止时间：
1996 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-08272212/
关键词：
MHC ペプチドライブラリー T細胞エピトープレパートリー

项目摘要

1)ライブラリーの結合実験値を用いた任意のペプチドに対するMHC結合能の予測9アミノ酸長のランダムライブラリーを用いてマウスKb、Db、Ldについてポジショナルスキャニングを行った。これらの結合実験値を加算的に扱い、任意のペプチドについてその結合度を予測した。その結果、300〜500アミノ酸長程度の親蛋白質中に存在するペプチドのうち既知のT細胞エピトープのほとんどは上位1〜7番目にランクされ、Ldのように自然エピトープがすべて1位にあげられたものもあった。しかし、MUT1腫瘍ペプチドのように低く予想されたものもあった。このペプチドは実測でも結合能は測定限界以下であった。2)未知のペプチドに対するMHC結合性の予測上記の予測法を自動化するプログラムを作製した。任意のペプチド約60種について結合能を実測し、予想値と比較した。両者の間には正の相関がみられたが、一桁程度のふれのある分布をみせた。これは、各アミノ酸の貢献が完全に独立には扱いきれないことを反映するものであろう。4)異なるMHCクラスI分子間でのペプチドレパートリーの比較任意の蛋白質中に存在するペプチドのうち、自然エピトープにみられるような高い結合能が予測されるものについては、MHCの対立遺伝子産物の二つ以上に同時に結合するものはまれであった。5)Ld+LSPFPFDL,Kb+SIYRYYGLの結晶構造解析同一のT細胞レセプターに認識されるこれら2種のMHC‐ペプチド複合体の構造解析に供するため、Ld,KbのcDNAの細胞外ドメインのみを発現する遺伝子を酵母日導入し、Alcohol Oxidaseのプロモーターの下流の遺伝子座に組み入れを起こしたクローンを得た。

1) Prediction of MHC binding energy for any of the following combinations: 9) Determination of MHC binding energy for any of the following combinations: Kb, Db, Ld. The combination value is calculated in the middle of the calculation, and the combination degree is estimated in the middle of the selection. As a result, 300 ~ 500 amino acids are present in pro-protein, which is known as T cell protein, and the upper position 1 ~ 7 amino acids are present in Ld protein.しかし、MUT1肿疡ペプチドのように低く予想されたものもあった。The combination of these two methods can be used to determine the following parameters: 2)Prediction of MHC binding to unknown sites is automated and controlled. About 60 kinds of combinations can be measured and compared. The relationship between the two groups is very close, and the relationship between them is very close. The contribution of each acid is completely independent. 4)Comparison of the binding energy between different MHC molecules If a molecule exists in any protein, the binding energy of the natural molecule can be predicted to be high, and more than two MHC molecular products can bind at the same time. 5) Crystal structure analysis of Ld+LSPFPFDL,Kb+SIYRYYGL for recognition of the same T cell structure analysis of two kinds of MHC-1 protein complexes for the development of extracellular domain of cDNA of Ld,Kb for gene expression in yeast and for the formation of downstream domain of Alcohol Oxidase.