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ペプチドライブラリーを用いたCTLエピトープの解析

使用肽库分析 CTL 表位

基本信息

批准号：
08281208
负责人：
宇高恵子
金额：
$ 1.28万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
1996
资助国家：
日本
起止时间：
1996 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-08281208/
关键词：
MHC ペプチドライブラリー T細胞エピトープマラリア

项目摘要

1)MHC結合に対するペプチド上の各アミノ酸の貢献度の測定9アミノ酸長のランダムライブラリーを用いてマウスKb、Db、Ldについてポジショナルスキャニングを行った結果、各MHC分子に特徴的なアミノ酸の結合貢献度の違いが観察された。2)ライブラリーの結合実験値を用いた既知のT細胞エピトープの予測上記結合実験値を加算的に扱い、任意のペプチドについてその結合度を予測した。その結果、300〜500アミノ酸長程度の親蛋白質中に存在するペプチドのうち既知のT細胞エピトープのほとんどは上位1〜7番目にランクされ、Ldのように自然エピトープがすべて1位にあげられたものもあった。しかし、MUT1腫瘍ペプチドにように低く予想されたものもあった。このペプチドは実測でも結合能は測定限界以下であった。3)未知のペプチドに対するMHC結合性の予測上記の予想法を自動化するプログラムを作製した。任意の蛋白質由来のペプチド約60種について結合能を実測し、予想値と比較した。両者の間には正の相関がみられたが、一桁程度のふれのある分布をみせた。これは、各アミノ酸の貢献が完全に独立には扱いきれないことを反映するものであろう。4)既知のマラリア蛋白質中にT細胞エピトープを予想する試み遺伝子配列のわかっているマラリア蛋白質のうち肝細胞期に発現されている可能性のあるものについて高いMHC結合能をもつペプチドを予想した。しかし、今回ライブラリーによる解析が可能となったペプチドトランスポーター欠損株の得られているMHC分子については細胞障害性T細胞に認識されるエピトープの報告がなく、予想と実際のエピトープの比較はできなかった。今後は、ヒトのMHCについてマラリア蛋白質中で提示されるペプチドを予測し、既知の報告と比較し、可能性のあるペプチドについて免疫効果をみたい。

1) Measurement of the contribution of each amino acid to the MHC-binding protein Set 9 アミノ acid long のランダムライブラリーを Use いてマウスKb, D b. The results of Ldについてポジショナルスキャニングを行った, each M The specificity of the HC molecule is the binding contribution of the なアミノ acid. 2) Predictive prediction of the combination of ライブラリーの実験夤を using the known T-cell system The combination of the combined value and the calculation of the combined value, and the combined degree of any combination is predicted. As a result, the presence of 300 to 500 アミノ acidic acid-length proteins in the known するペプチドのうち known T cell エピトープのほとんどは上级1~7号にランクされ、Ldのように自Ran エピトープがすべて1 bit にあげられたものもあった.しかし, MUT1 swelling ペプチドにようにlow く yu want to されたものもあった. The binding energy is determined by measuring the binding energy below the measurement limit. 3) Unknown MHC binding properties are estimated based on the ideas and automated manufacturing methods. About 60 kinds of protein origins can be determined, and the binding energy can be measured and compared. The relationship between the two is the correlation between the two, and the distribution of the degree is the distribution.これは, each アミノ acid のcontribution is completely independent には扱いきれないことを reflects するものであろう. 4) It is known that the T-cell protein in the known protein is the same as the protein in the T-cell system.のうちHepatocyte stage に発appears されているpossibility のあるものについてHigh いMHC binding energy をもつペプチドを yu think した.しかし、Now the ライブラリーによるanalysisがpossibleとなったペプチドトランスポーター owed damage strain の得られているMHC molecule については Cytotoxic T cell recognition されるエピトープの report がなく, と実记のエピトープの comparison はできなかった. In the future, the protein content of the MHC protein will be predictedし, known report and comparison, possibility of immunity effect.