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ペプチドライブラリーを用いたCTLエピトープの解析

使用肽库分析 CTL 表位

基本信息

批准号：
08282216
负责人：
宇高恵子
金额：
$ 1.92万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
1996
资助国家：
日本
起止时间：
1996 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-08282216/
关键词：
MHC ペプチドライブラリー T細胞エピトープ

项目摘要

1)MHC結合に対するペプチド上の各アミノ酸の貢献度の測定9アミノ酸長のランダムライブラリーを用いマウスKb、Db、Ldについてポジショナルスキャニングを行った。その結果、各MHC分子に特徴的なアミノ酸の結合貢献度のちがいが観察された。プールシークエンス法による主要アンカー位(P2またはP5とP9)においては好まれるアミノ酸とそうでないアミノ酸の結合に対するエネルギー貢献度に大きな差がみられたが、P4、P6では差が少なかった。その他の位置ではアンカー位ほどではないが、アミノ酸の選択度に違いがみられ、サブアンカーとして結合に貢献していることが予想された。2)ライブラリーの結合実験値を用いた既知のT細胞エピトープの予測上記結合実験値を加算的に扱い、任意のペプチドについてその結合度を予測した。その結果、300〜500アミノ酸長程度の親蛋白質中の存在するペプチドのうち既知のT細胞エピトープのほとんどは上位1〜7番目にランクされ、Ldのように自然エピトープがすべて1位にあげられたものもあった。しかし、MUT1腫瘍ペプチドのように低く予想されたものもあった。このペプチドは実測でも結合はみられなかった。3)未知のペプチドに対するMHC結合性の予測上記の予想法を自動化するプログラムを作製した。任意の蛋白質由来のペプチド約60種について結合能を実測し、予想値と比較した。両者の間には正の相関がみられたが、一桁程度のふれのある分布をみせた。これは、各アミノ酸の貢献が完全に独立には扱いきれないことを反映するものであろう。4)異なるMHCクラスI分子間でのペプチドレパートリーの比較任意の蛋白質中に存在するペプチドのうち、自然エピトープにみられるような高い結合能が予測されるものについては、MHCの対立遺伝子産物の二つ以上に同時に結合するものはまれであった。

1) Determination of the contribution of each acid on the MHC binding site 9) Determination of the contribution of The results show that the binding contribution of each MHC molecule is completely different. The main function of the method is to increase the contribution of the acid to the production of the product. The difference between P2 and P5 and between P4 and P6 is small. The position of each other is different from that of the other. The position of each other is different from that of the other. 2) The combination value of the class is used in the prediction of the combination value of the known T cells, and the combination value is added in the prediction of the combination value of the arbitrary selection. As a result, 300 ~ 500 amino acid levels of pro-protein exist in the presence of the first and second amino acid levels of known T cells, and the first and second amino acid levels of Ld are naturally present in the first amino acid level.しかし、MUT1肿疡ペプチドのように低く予想されたものもあった。This is the first time I've ever seen a woman. 3)MHC binding prediction and prediction for unknown sites is automated and controlled. About 60 kinds of proteins are selected from the list of origin, and their binding energies are measured and compared. The relationship between the two groups is very close, and the relationship between them is very close. The contribution of each acid is completely independent. 4)Comparison between different MHC molecules in the presence of any protein, natural protein, high binding energy to predict the presence of MHC molecules in the presence of MHC molecules, and simultaneous binding of MHC molecules in the presence of MHC molecules.