生体分子統合データベースの構築

综合生物分子数据库的构建

• 批准号: 14015235
• 负责人: 皿井 明倫
• 金额: $ 3.07万
• 依托单位: The Institute of Physical and Chemical Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2002
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2002 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-14015235/
• 关键词: データベース; 生体分子; 統合化; 付加価値; バイオインフォマティクス

現在、生命現象に関する多様な情報がゲノム配列、分子構造から固体までの各階層から多量に発生しており、これらの情報から知識を体系化するための研究にすすみつつある。しかし、これらの情報の多くはばらばらにデータベース化されており、研究の多様化に対応できる付加価値データベースや知識ベースの開発が切望されている。そこで本研究では、生命現象にかかわるさまざまな情報を分子レベルに集約しお互いの関係を解析できるような統合データベースの開発をすすめた。これまでに開発した生体分子の配列、構造、機能、物性に関する統合データベースバックボーン、3DinSight、を基礎に、データ生成の増大が予測される機能情報とデータベース化の遅れている物性情報や相互作用情報に焦点を絞った。機能情報では、病気と関連するアミノ酸変異情報を配列・構造情報と統合し、変異部位を蛋白質3次元構造上にマップした。物性情報は構造とともに生体分子の機能を理解するために重要であり、これまでに蛋白質の熱力学データを収集し、3DinSight上で配列や構造データなどと統合した。一方、生体分子の相互作用情報は機能の理解に重要であり、これまでに蛋白質と核酸の相互作用データベースの開発を開始した。文献から多くの実験データを収集し、やはり3DinSight上で配列や構造データと統合した。これらのデータベースはインターネット上で公開した。また、蛋白質・リガンド相互作用データベースの開発もすすめており、創薬のターゲットとして重要なkinaseとproteaseについて2万件近い相互作用データを文献から収集した。これらのデータを検索するシステムの開発を行い、他のデータと統合化をすすめた。そのほか、翻訳効率を制御するmRNAのシグナル配列と機能活性データを集めたデータベースなどの開発もすすめ、インターネット上で公開した。

Now, life phenomenon に masato す る many others な intelligence が ゲ ノ ム column, molecular structure か ら solid ま で の all levels か ら more quantity に 発 raw し て お り, こ れ ら の intelligence か ら systematic knowledge を す る た め の research に す す み つ つ あ る. し か し, こ れ ら の intelligence more than の く は ば ら ば ら に デ ー タ ベ ー ス change さ れ て お り, research の others more に 応 seaborne で き る plus 価 numerical デ ー タ ベ ー ス や knowledge ベ ー ス の open 発 が eager さ れ て い る. そ こ で this study で は, life phenomenon に か か わ る さ ま ざ ま な intelligence を molecular レ ベ ル に intensive し お mutual い の masato is を parsing で き る よ う な integration デ ー タ ベ ー ス の open 発 を す す め た. こ れ ま で に open 発 し た raw body molecular の arrangement, structure, function, physical に masato す る integration デ ー タ ベ ー ス バ ッ ク ボ ー ン, 3 dinsight, を に, デ ー タ generated の raised large が be さ れ る function intelligence と デ ー タ ベ ー ス change の 遅 れ て い る content disposition to や interaction intelligence に focus を ground っ た. Function of intelligence で は, illness 気 と masato even す る ア ミ ノ acid - different intelligence を, column structure, information integration と し, を protein - different parts on the three dimensional structure に マ ッ プ し た. Content disposition to は tectonic と と も に raw body function of molecular の を understand す る た め に important で あ り, こ れ ま で に protein の thermodynamics デ ー タ を 収 し, 3 dinsight で や structure with column デ ー タ な ど と integration し た. One party, the raw body molecular の interaction function of intelligence は の understand important で に あ り, こ れ ま で に と の nucleic acid protein interaction デ ー タ ベ ー ス の open 発 を start し た. Literature か ら more く の be 験 デ ー タ を 収 し, や は り 3 dinsight で や structure with column デ ー タ と integration し た. Youdaoplaceholder6 れら れら デ デ タベ タベ ス ス ネット ネット ネット タ タ ネット ネット ネット made public on で た. ま た, protein リ ガ ン ド interaction デ ー タ ベ ー ス の open 発 も す す め て お り, gen 薬 の タ ー ゲ ッ ト と し て important な kinase と protease に つ い て nearly 20000 い interaction デ ー タ を literature か ら 収 set し た. Youdaoplaceholder2 れら デ デ タを検 タを検 タを検 so するシステム するシステム develop を business タと, he <s:1> デ タと タと integrate をすすめた. そ の ほ か, double 訳 sharper rate を suppression す る mRNA の シ グ ナ ル go と function active デ ー タ を set め た デ ー タ ベ ー ス な ど の open 発 も す す め, イ ン タ ー ネ ッ ト で on public し た.

项目成果

A.Sarai et al.: "Thermodynamic Databases for Proteins and Protein-Nucleic Acid Interactions"Biopolymers. 61. 121-126 (2002)

A.Sarai 等人：“蛋白质和蛋白质-核酸相互作用的热力学数据库”生物聚合物。

M.Gromiha et al.: "Pro Therm, Thermodynamic Database for Proteins and Mutants : Developments in Version 3.0"Nucleic Acids Res.. 31. 301-302 (2002)

M.Gromiha 等人：“Pro Therm，蛋白质和突变体热力学数据库：3.0 版的发展”Nucleic Acids Res.. 31. 301-302 (2002)

皿井明倫 他: "ProNIT:蛋白質・核酸相互作用データベース"生物物理. 42. 279-281 (2002)

Akinori Sarai 等人：“ProNIT：蛋白质-核酸相互作用数据库”生物物理学 42. 279-281 (2002)

皿井明倫 他: "3DinSight:生体分子統合データベース"生物物理. 42. 273-275 (2002)

Akinori Sarai 等人：“3DinSight：生物分子综合数据库”生物物理学 42. 273-275 (2002)

上平初穂 他: "TroTherm:蛋白質と変異体の熱力データベース"生物物理. 42. 276-278 (2002)

Hatsuho Kamihira 等人：“TroTherm：蛋白质和突变体的热力学数据库”生物物理学 42. 276-278 (2002)