蛋白質とDNAの分子認識における構造的特性と熱力学的特性の相関

蛋白质和 DNA 分子识别中结构和热力学特性之间的相关性

• 批准号: 07268224
• 负责人: 皿井 明倫
• 金额: $ 1.66万
• 依托单位: The Institute of Physical and Chemical Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1995
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1995 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-07268224/
• 关键词: 蛋白質; DNA; 相互作用; 分子認識; 熱力学; カロリメトリー

DNAとの結合に際しDNAを曲げる蛋白質として知られているIHF及びHUについて、これまでに大腸菌による大量発現及び中圧クロマトグラフィーによる精製システムを確立し、カロリメトリー測定に必要な大量の試料を調製することができた。また、filter binding法およびゲルシフト法を用いてDNA結合活性をアッセイし、蛋白質の活性を確かめた。これらの試料を用いて、恒温滴定型カロリメトリーにより蛋白質ちDNAの相互作用の熱力学的解析を行った。この実験から、蛋白質とDNAの複合体形成における熱力学的要因(自由エネルギー、エントロピー、エンタルピーなどの熱力学量)に関する情報を得ることができた。現在、これらの結果に基づいてDNAとの結合のメカニズムを解析中である。一方、がん遺伝子産物であるMybについて、NMR、走査型カロリメトリー、filter binding法などを用いて、そのDNA結合領域の構造の安定性、柔軟性、DNA結合活性および転写活性を、くわしく解析し、お互いの関係を明らかにすることができた。また、Mybは複数の遺伝子の発現に関わっていると考えられているが、我々は、Mybとその結合DNA配列及び系統的なmutantとの結合アッセイのデータを用いて、Mybの結合サイトを予測することを試みた。これまでに知られている結合配列との比較から、配列認識に関する新しい知見を得ることができた。また、これまでに知られていない結合サイトも予測することができた。このほか、HIV-IのReverse Transcriptase(RT)、植物のエチレンで誘導される遺伝子発現を調節する蛋白質(EREBP)などについても、DNAとの結合のメカニズムを解析した。

DNA binding, DNA binding, protein binding The filter binding method is used to determine DNA binding activity and protein activity. The thermodynamic analysis of protein-DNA interaction was carried out by using isothermal titration method. The thermodynamic factors (thermodynamic quantities of free radical, radical and radical) in the formation of protein-DNA complexes are discussed. Now, the result is that the DNA binding is in the middle of the analysis. The stability, flexibility, DNA binding activity, and writing activity of the structure of the DNA binding domain, the analysis, and the relationship between the two methods are discussed. Myb, Myb This knowledge is related to the comparison of the combination and the recognition of the new knowledge. This is the first time I've ever seen a woman. HIV-A, HIV-I Reverse Transcriptase(RT), EREBP, EREBP, ERBP, EREBP, EREBP, ERBP

项目成果

H. Torigoe: ""The Affinity Maturation of Anti-4-Hydroxy-3-Nitrophenylacetyl Mouse Monoclonal Antibody: A Calorimetric Study of the Antigen-Antibody Interaction"" J. Biol. Chem.270. 22218-22222 (1995)

H. Torigoe：“抗 4-羟基-3-硝基苯乙酰小鼠单克隆抗体的亲和力成熟：抗原-抗体相互作用的量热研究”J. Biol。

S. Morikawa: ""Determination of the Nuclear Magnetic Resonance Solution Structure ofa Specific DNA Complex of the Myb DNA-Binding Domain"" J. Biomol. NMR. in press. (1995)

S. Morikawa：“Myb DNA 结合域的特定 DNA 复合物的核磁共振溶液结构的测定”J. Biomol。

T. Takahashi: ""Human A-myb Gene Encodes a Transcriptional Acitvator Containing the Negutive Regulatory Domains"" FEBS Lett.358. 89-96 (1995)

T. Takahashi：“人类 A-myb 基因编码包含负调控域的转录激活剂””FEBS Lett.358。

K. Ogata: ""High-Resolution Structure of c-Myb DNA-Binding Domain in Solution: Comparison with DNA-Complexed Structure"" Nature Struct. Biol.2. 309-319 (1995)

K. Ogata：“溶液中 c-Myb DNA 结合域的高分辨率结构：与 DNA 复合结构的比较”Nature Struct。

K. Ogata: ""The Cavity in the Hydrophobic Core of c-Myb DNA-Binding Domain is Reserved for DNA Recognition and trans-Activation"" Nature Struct. Biol.3. 178-187 (1996)

K. Ogata：“c-Myb DNA 结合结构域的疏水核心中的空腔保留用于 DNA 识别和反式激活”” Nature Struct。