生体分子統合データベースの構築とそれに基づく情報解析

综合生物分子数据库的构建及基于该数据库的信息分析

• 批准号: 15014234
• 负责人: 皿井 明倫
• 金额: $ 4.86万
• 依托单位: Kyushu Institute of Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2003
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2003 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-15014234/
• 关键词: データベース; 生体分子; 統合化; バイオインフォマティクス; 知識抽出

現在、生命現象に関する多様な情報がゲノム配列、分子構造、相互作用、細胞、組織、固体などの各階層から多量に発生しており、これらの情報から知識を体系化するための研究にすすみつつある。しかし,これらの情報の多くはばらばらにデータベース化されており、研究の多様化に対応できる付加価値データベースや知識ベースの開発や知識を抽出するための情報解析技術の開発が切望されている。そこで本研究では、生命現象にかかわるさまざまな情報を分子レベルに集約しお互いの関係を解析できるような統合データベースを構築し、そこから知識を抽出するための技術を開発した。これまでに、配列、構造、機能、物性データを統合したバックボーンデータベース、3DinSight、を開発したが、データの収集・統合を継続するとともに、検索や可視化インターフェイスなどの機能強化を行った。機能情報については、新たに発生した病気に関連するアミノ酸変異情報を収集し、蛋白質3次元構造上にマップした。また、検索機能の改良を行った。蛋白質の熱力学データに関しては、本年度約2,200件を収集し、全体で15,500件余りとなった。蛋白質と核酸の相互作用データに関しては、本年度約500件を収集し、全体で3,500件余りとなった。これらのデータを用いて、構造と熱力学量との相関についての研究を行った。また、配列、相互作用、構造情報を用いた転写因子のターゲット予測法の開発を行った。蛋白質・リガンド相互作用データに関しては、本年度約2,000件を収集し、全体で22,000件余りとなった。これらのデータを用いて構造・活性相関の研究を行った。また、文献からのデータ抽出の効率化、自動化や、データの標準化、オントロジーなどの研究をすすめた。

Now, life phenomena related to a variety of information, molecular structure, interaction, cells, tissues, solids, all levels of production, production, information, knowledge, systematization, research and development. The development of information analysis technology is expected to increase the value of information analysis, knowledge development and knowledge extraction. This study explores the development of technologies for the integration of life phenomena, molecular processes, and interactions. This is the first time that we have been able to improve the quality of our products. We have been able to improve the quality of our products. Functional information, new development, disease correlation, protein aggregation, three-dimensional structure The search function is improved. About 2,200 samples were collected this year, with a total of 15,500 samples collected. About 500 samples were collected this year, with a total of 3,500 samples collected. The study of structural thermodynamic quantities and correlation between them is carried out. The development of prediction methods for the use of matrix, alignment, interaction, and structural information About 2,000 samples were collected this year, with a total of 22,000 samples collected. A study on the structure and activity of the enzyme was carried out. Research on efficiency, automation, standardization and development of information technology

项目成果

A.V.Kochetov et al.: "Interrelations between the "strength" of translation start site and sequence features of yeast mRNAs"Mol.Genetics and Genomic. 270. 442-447 (2003)

A.V.Kochetov 等人：“翻译起始位点的“强度”与酵母 mRNA 序列特征之间的相互关系”Mol.Genetics and Genomic。

M.M.Gromiha et al.: "Intermolecular and Intramolecular Readout Mechanisms in Protein-DNA Recognition"J.Mol.Biol.. 337. 285-294 (2004)

M.M.Gromiha 等人：“蛋白质-DNA 识别中的分子间和分子内读出机制”J.Mol.Biol.. 337. 285-294 (2004)

K.A.Bava et al.: "ProTherm, version 4.0 : Thermodynamic Database for Proteins and Mutants"Nucleic Acids Res.. 32. D120-D121 (2004)

K.A.Bava 等人：“ProTherm，版本 4.0：蛋白质和突变体热力学数据库”Nucleic Acids Res.. 32. D120-D121 (2004)

S.Ahmad et al.: "RVP-net : Online Prediction of Real Valued Accessible Surface Area of Proteins from Single Sequences"Bioinformatics. 19. 1849-1851 (2003)

S.Ahmad 等人：“RVP-net：从单一序列在线预测蛋白质的真实值可及表面积”生物信息学。

S.Ahmad et al.: "Analysis and Prediction of DNA-Binding Proteins and Their Binding Residues Based on Composition, Sequence and Structural Information"Bioinformatics. 20. 477-489 (2004)

S.Ahmad 等人：“基于组成、序列和结构信息的 DNA 结合蛋白及其结合残基的分析和预测”生物信息学。