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転写制御における協同性の網羅的解析

转录调控协同性综合分析

基本信息

批准号：
20052021
负责人：
皿井明倫
金额：
$ 4.35万
依托单位：
Kyushu Institute of Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2008
资助国家：
日本
起止时间：
2008 至 2009
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20052021/
关键词：
転写因子遺伝子発現制御蛋白質・DNA認識ゲノム協同性

项目摘要

本年度は、以下のような項目について解析をすすめた。(1) 転写因子のターゲットの網羅的予測:昨年度に引き続き、酵母ゲノムについて、蛋白質とDNAの相互作用データ、複合体の構造データや計算機シミュレーション、従来の配列情報に基づく方法などいくつかの予測方法を組み合わせることにより、網羅的な予測を行った。また、ChIP-chipやChIP-seqのデータと組み合わせて予測結果の評価を行った。これらの実験データと予測を組み合わせることにより、より精度良くターゲットを同定することができることがわかった。(2) 転写制御領域のコンテクストの解析:ターゲット遺伝子のプロモータ上に結合する転写因子のコンテクストとターゲット遺伝子の発現や機能との関係を解析した。例として、Mafという転写因子について、ターゲット候補遺伝子群のプロモータに結合する転写因子を網羅的に予測し、Mafと他の転写因子との共起関係や転写因子間の距離などの情報をもとに、これらと遺伝子発現の実験データや機能を比較した。この結果、特定の転写因子との共起関係と遺伝子発現データや機能との間に相関を見いだすことができた。(3) 転写制御ネットワークと協同性の解析:転写制御情報のデータベースを解析することにより、転写因子とターゲット遺伝子の産物からなるネットワークを構築しつつある。また、構造情報に基づいた転写因子複合体構造ネットワークを構築し、実験データに基づくネットワークを統合しつつある。この統合した転写制御ネットワーク用いて、いくつかの転写制御系について構造レベルでの協同性を調べた。これらの例について調べた結果、協同的なDNAへの結合により特異性が上がることがわかった。

This year, the following items are analyzed (1)The prediction of the network of factors: the introduction of the last year, yeast, protein and DNA interaction data, complex structure design, computer system design, sequence information, basic method, prediction method, combination of the two, network prediction. The evaluation of the prediction results was carried out by combining the data of the chip and the chip. The accuracy of the measurement is very high. (2)Analysis of the relationship between the development and function of the control domain: the combination of the control domain and the function of the control domain For example, if the write factor is selected, if the candidate group is selected, the write factor is selected, if the write factor is selected, The results, specific factors and co-occurrence, and the co-occurrence and co-occurrence of gene expression are discussed in detail below. (3)Analysis of the synergy of the control information: the analysis of the control information, the analysis of the factors and the products of the control information, and the construction of the control information. The basic structure information is written in the factor complex structure, and the basic structure is integrated. The integration of the system of control and coordination of the system of control and coordination of the system of control This is the case with the results of the coordination of DNA binding and specificity.