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ゲノムスケールでの転写制御ネットワークの解析

ゲノムスケールでの転写制御ネットワークの解析
基因组规模的转录调控网络分析
批准号：
20016022
负责人：
皿井 明倫
金额：
$5.06万
依托单位：
Kyushu Institute of Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2008
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
2008 至 2009
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20016022/
关键词：
転写因子遺伝子発現制御蛋白質・DNA認識ゲノムデータベース

项目摘要

项目成果

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転写因子とターゲットの予測では、配列情報、構造情報、相互作用情報などの複数の情報や方法を組み合わせた予測を行うことにより予測精度を上げることを試み、実験との比較により実際に予測精度を上げることができた。また、予測結果と既知データとの比較を行い、その結果を予測法の改良にフィードバックし方法を改良した。特に、予測の基礎となる蛋白質・DNA認識のメカニズムなどについては、さらに詳しい研究を行い、計算機シミュレーションによりDNAの構造的・物理化学的特性などを詳しく調べた。これらの結果は、ゲノム上でのヌクレオソームのポジショニングの予測にも応用し、実験結果との良い一致がみられた。転写制御ネットワークの解析では、ターゲット遺伝子のプロモータ上に結合する転写因子のコンテクストとターゲット遺伝子の発現や機能との関係を解析した。また、転写因子間の共起関係や転写因子問の距離などの情報をもとにクラスタリングを行い、発現遺伝子の組織特異性との関係などについても解析を行った。一方、これらの研究の基盤となるデータベースや解析ツールの開発もすすめた。蛋白質・核酸相互作用熱力学データベース、蛋白質・核酸複合体構造データベース、構造情報に基づいて蛋白質とDNAの直接認識と間接認識の特異性を計算するWebサーバ、ReadOUT、構造空間(ストラクチュローム)における分子相互作用ネットワークを解析するツール、PDBnet、などのデータの更新と機能強化を行った。
期刊论文(41)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
A signature-based method for indexing cell cycle phase distribution from microarray profiles.
DOI： 10.1186/1471-2164-10-137
发表时间： 2009-03-30
期刊： BMC genomics
影响因子： 4.4
作者： [Mizuno H, Nakanishi Y, Ishii N, Sarai A, Kitada K]
通讯作者： Kitada K
未構造タンパク質の機能的進化的特性:生物種特異的解析
非结构蛋白的功能和进化特性：物种特异性分析
DOI： --
发表时间： 2009
期刊：
影响因子： --
作者： [黄鶴, 皿井明倫]
通讯作者： 皿井明倫
Electric moments of RNA-binding proteins
RNA结合蛋白的电矩
DOI： --
发表时间： 2009
期刊：
影响因子： --
作者： [Hibino K., et al., Tsukada Y, S. Ahmad and A. Sarai]
通讯作者： S. Ahmad and A. Sarai
Analysis of environment-dependent conformational transition of DNA by molecular dynamics simulations
通过分子动力学模拟分析 DNA 的环境依赖性构象转变
DOI： --
发表时间： 2008
期刊：
影响因子： --
作者： [S. Fujii, H. Kono, N. Go and A. Sarai]
通讯作者： N. Go and A. Sarai
共 37 条
    転写制御における協同性の網羅的解析
    • 批准号：
      20052021
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
    • 资助金额：
      $4.35万
    • 财政年份：
      2008
    • 负责人：
      皿井 明倫
    • 依托单位：
      Kyushu Institute of Technology
    転写制御における協同性の構造メカニズム
    • 批准号：
      18055026
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
    • 资助金额：
      $4.48万
    • 财政年份：
      2006
    • 负责人：
      皿井 明倫
    • 依托单位：
      Kyushu Institute of Technology
    ゲノムスケールの転写因子とターゲット予測
    • 批准号：
      18016026
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
    • 资助金额：
      $4.29万
    • 财政年份：
      2006
    • 负责人：
      皿井 明倫
    • 依托单位：
      Kyushu Institute of Technology
    転写因子予測に基づく遺伝子発現制御メカニズムの解析
    • 批准号：
      17017030
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
    • 资助金额：
      $2.5万
    • 财政年份：
      2005
    • 负责人：
      皿井 明倫
    • 依托单位：
      Kyushu Institute of Technology
    海外基金