ゲノムスケールでの転写制御ネットワークの解析

基因组规模的转录调控网络分析

基本信息

  • 批准号:
    20016022
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 5.06万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
  • 财政年份:
    2008
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2008 至 2009
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

転写因子とターゲットの予測では、配列情報、構造情報、相互作用情報などの複数の情報や方法を組み合わせた予測を行うことにより予測精度を上げることを試み、実験との比較により実際に予測精度を上げることができた。また、予測結果と既知データとの比較を行い、その結果を予測法の改良にフィードバックし方法を改良した。特に、予測の基礎となる蛋白質・DNA認識のメカニズムなどについては、さらに詳しい研究を行い、計算機シミュレーションによりDNAの構造的・物理化学的特性などを詳しく調べた。これらの結果は、ゲノム上でのヌクレオソームのポジショニングの予測にも応用し、実験結果との良い一致がみられた。転写制御ネットワークの解析では、ターゲット遺伝子のプロモータ上に結合する転写因子のコンテクストとターゲット遺伝子の発現や機能との関係を解析した。また、転写因子間の共起関係や転写因子問の距離などの情報をもとにクラスタリングを行い、発現遺伝子の組織特異性との関係などについても解析を行った。一方、これらの研究の基盤となるデータベースや解析ツールの開発もすすめた。蛋白質・核酸相互作用熱力学データベース、蛋白質・核酸複合体構造データベース、構造情報に基づいて蛋白質とDNAの直接認識と間接認識の特異性を計算するWebサーバ、ReadOUT、構造空間(ストラクチュローム)における分子相互作用ネットワークを解析するツール、PDBnet、などのデータの更新と機能強化を行った。
The prediction factor is composed of the following information: alignment information, structure information, interaction information, and method. The improved method of prediction of results and known results In particular, the basis for prediction and understanding of protein and DNA is discussed in detail in the study of DNA structure and physicochemical properties. The results are consistent with the results of the previous tests. Analysis of the relationship between the expression and the function of the gene in combination with the gene expression of the gene The relationship between the factors and the distance between the factors is analyzed. A party, the research base, the analysis of the development of Thermodynamics of protein-nucleic acid interaction, protein-nucleic acid complex structure, structure information, direct recognition and indirect recognition of protein and DNA, specificity calculation, Web server, ReadOUT, structure space, molecular interaction analysis, PDBnet, update and function enhancement.

项目成果

期刊论文数量(41)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
A signature-based method for indexing cell cycle phase distribution from microarray profiles.
  • DOI:
    10.1186/1471-2164-10-137
  • 发表时间:
    2009-03-30
  • 期刊:
  • 影响因子:
    4.4
  • 作者:
    Mizuno H;Nakanishi Y;Ishii N;Sarai A;Kitada K
  • 通讯作者:
    Kitada K
未構造タンパク質の機能的進化的特性:生物種特異的解析
非结构蛋白的功能和进化特性:物种特异性分析
  • DOI:
  • 发表时间:
    2009
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    黄鶴;皿井明倫
  • 通讯作者:
    皿井明倫
Electric moments of RNA-binding proteins
RNA结合蛋白的电矩
  • DOI:
  • 发表时间:
    2009
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Hibino K.;et al.;Tsukada Y;S. Ahmad and A. Sarai
  • 通讯作者:
    S. Ahmad and A. Sarai
Analysis of environment-dependent conformational transition of DNA by molecular dynamics simulations
通过分子动力学模拟分析 DNA 的环境依赖性构象转变
  • DOI:
  • 发表时间:
    2008
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    S. Fujii;H. Kono;N. Go and A. Sarai
  • 通讯作者:
    N. Go and A. Sarai
Genome-wide prediction of target of transcriptional factor with interaction data
利用相互作用数据对转录因子靶标进行全基因组预测
  • DOI:
  • 发表时间:
    2008
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    H. Ohba;A. Sarai and S. Fujii
  • 通讯作者:
    A. Sarai and S. Fujii
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  • 通讯作者:
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  • 批准号:
    20052021
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    2008
  • 资助金额:
    $ 5.06万
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    $ 5.06万
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    2005
  • 资助金额:
    $ 5.06万
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    2004
  • 资助金额:
    $ 5.06万
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    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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  • 批准号:
    04F04165
  • 财政年份:
    2004
  • 资助金额:
    $ 5.06万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
生体分子統合データベース・解析システムの構築
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  • 批准号:
    16014219
  • 财政年份:
    2004
  • 资助金额:
    $ 5.06万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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  • 批准号:
    15014234
  • 财政年份:
    2003
  • 资助金额:
    $ 5.06万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
生体分子統合データベースの構築
综合生物分子数据库的构建
  • 批准号:
    14015235
  • 财政年份:
    2002
  • 资助金额:
    $ 5.06万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas

相似海外基金

立体的ヒストンコードによる新たな遺伝子発現制御機構
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    2024
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    $ 5.06万
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    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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作者:{{ showInfoDetail.author }}

知道了