权益分类	功能权益	普通用户	{{item.name}}会员
{{category.name}}	{{benefitItem.name}}

ゲノムスケールの転写因子とターゲット予測

基因组规模的转录因子和目标预测

基本信息

批准号：
18016026
负责人：
皿井明倫
金额：
$ 4.29万
依托单位：
Kyushu Institute of Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2006
资助国家：
日本
起止时间：
2006 至 2007
项目状态：
已结题

项目摘要

本年度は、次の課題に関して以下のような成果を得た。(1)転写因子の予測:蛋白質がDNAに結合するかどうかを予測するため、本年度はまず、DNA結合蛋白質のデータセットの追加を行った。この新しいデータを用いて、これまでに開発した配列情報、進化情報、および構造情報を利用した予測方法に基づき、DNA結合蛋白質全体、DNA結合ドメイン、および、非DNA結合蛋白質について計算を行った。その結果、蛋白質の全領域の配列よりも、DNA結合ドメインのみを用いたほうが予測確率が高いという傾向が得られた。また、構造情報がある場合は、構造モデルを構築した上でDNA結合蛋白質の予測も行い、予測精度が上がることが確かめられた。また、これらの方法を酵母ゲノムのORFで機能未知の遺伝子の機能解析に応用した。(2)転写因子のターゲット予測:これまでに開発した蛋白質・DNA複合体の構造情報に基づく予測法を用いて、アミノ酸と塩基に直接相互作用による直接認識とDNAの構造や物性をとおして配列を認識する間接認識のそれぞれについて、蛋白質・DNA認識の特異性の計算やターゲットの予測を行った。直接認識と間接認識の組み合わせ、および、配列に基づく予測法との組み合わせで予測を行うことにより特異性が上昇し予測精度が上がることが示された。間接認識については、DNAの配列に依存したコンフォメーションエネルギーを評価するためにDNAの計算機シミュレーションも行った。(3)データベース・ツールの開発と公開:蛋白質・核酸相互作用熱力学データベース、複合体構造データベースなどのデータ更新、蛋白質・DNA認識の特異性を計算するWebサーバ、ReadOUT、の更新、ストラクチュロームにおける分子相互作用ネットワークのツール、PDBnet、のデータの更新、転写制御ポータルサイトの更新などを行った。

This year, the following achievements have been made on the topic of the second time. (1)Prediction of DNA binding factors: protein, DNA binding protein, DNA binding protein, protein, These new technologies are used to develop alignment information, evolution information, and structural information. They are used to predict basic information, DNA-binding proteins as a whole, DNA-binding proteins, and non-DNA-binding proteins. The results showed that the protein alignment in the whole domain, DNA binding, and the prediction accuracy tended to be high. In the case of structural information, the prediction of DNA-binding proteins is accurate. This method is used to analyze the ORF and the function of the unknown gene. (2)The prediction of the structural information of the protein and DNA complex is carried out by the method of basic prediction, direct recognition of the structure and physical properties of DNA, indirect recognition of the structural information of DNA and the calculation of the specificity of protein and DNA. Direct knowledge, indirect knowledge, combination, alignment, basic prediction, combination, prediction, specificity, improvement, prediction accuracy, etc. indirect knowledge of DNA alignment and DNA processing (3)The development of protein and nucleic acid interaction thermodynamics, complex structure, update of information, calculation of specificity of protein and DNA knowledge, Web server, ReadOUT, update of information, molecular interaction, PDBnet, update of information, update of information, and calculation of information of writing control are disclosed.