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転写因子予測に基づく遺伝子発現制御メカニズムの解析

基于转录因子预测的基因表达调控机制分析

基本信息

批准号：
17017030
负责人：
皿井明倫
金额：
$ 2.5万
依托单位：
Kyushu Institute of Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2005
资助国家：
日本
起止时间：
2005 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

遺伝子発現の制御は膨大な転写因子とそのターゲット遺伝子の複雑なネットワークで実現される。本研究では、転写因子とターゲット予測に基づく機能解析を行い、以下のような成果を得た。(1)転写因子の予測:ゲノム解析からもたらされる多くの機能未知遺伝子から転写因子かどうかを予測するため、まず蛋白質がDNAに結合するかどうかを、配列情報、アラインメントを用いた進化的な情報、構造情報を用いる3種類の方法を組み合わせて予測した。配列アラインメントを用いる方法では、配列情報のみを用いる場合よりも予測精度が大幅に改善されることを示した。また、これらの方法を用いて酵母ゲノムについてゲノムスケールで網羅的に予測を行った。(2)転写因子のターゲット予測:蛋白質・DNA複合体の構造情報に基づくターゲット予測法をさらに改良するため、蛋白質・DNA複合体の構造データベースを更新し、塩基とアミノ酸の相互作用および配列依存のDNA構造に関する統計ポテンシャルを更新した。この統計ポテンシャルを用いて、蛋白質・DNA相互作用のエネルギー、蛋白質・DNA認識の特異性の計算などを行った。一方、DNAの構造や物性をとおして配列を認識する間接認識のメカニズムをさらに詳しく解析するため、さまざまなDNAの計算機シミュレーションを行った。転写因子のターゲット予測をゲノムスケールで行うため、酵母についてターゲットの予測を開始した。(3)データベース・ツールの開発と公開蛋白質・核酸認識や転写因子予測に関係したデータベース・解析技術を開発しインターネットで公開した。蛋白質・核酸相互作用熱力学データベースと翻訳シグナルデータベースのデータの追加と更新を行った。また、酵母の転写因子データベースの開発を行い、転写因子と転写因子のターゲットを予測するサーバもいくつか公開した。

The development of the gene is controlled by the expansion factor. In this study, we obtained the basic function analysis and the following results. (1)Prediction of writing factors: three kinds of methods for combining analysis, analysis, function, unknown gene, writing factor, protein, DNA binding, alignment information, application, evolution information and construction information. The accuracy of the prediction is greatly improved when the allocation information is used. This method is used to predict the future of the project. (2)The prediction of the structure of the protein/DNA complex is based on the improvement of the prediction method. The structure of the protein/DNA complex is updated. The interaction of the protein/DNA complex with the acid is updated. The statistical analysis of the structure of the DNA is updated. Statistical analysis, protein/DNA interaction analysis, protein/DNA recognition and specificity analysis The structure and properties of DNA are recognized indirectly. Write a factor and start the prediction process. (3)The development of protein and nucleic acid recognition and gene prediction is open to the public. Protein/Nucleic Acid Interaction Thermodynamics For example, the development of the yeast's writing factor and the prediction of the writing factor are open to the public.