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転写制御における協同性の構造メカニズム

转录调控协同的结构机制

基本信息

批准号：
18055026
负责人：
皿井明倫
金额：
$ 4.48万
依托单位：
Kyushu Institute of Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2006
资助国家：
日本
起止时间：
2006 至 2007
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-18055026/
关键词：
転写因子遺伝子発現制御蛋白質・DNA認識ゲノム協同性

项目摘要

本年度は以下の項目について解析を行った。(1)蛋白質・DNA認識の特異性の定量化:蛋白質・DNA複合体の構造データを更新し、蛋白質・DNA認識における直接認識と間接認識に対応する統計ポテンシャルを更新した。また、更新した統計ポテンシャル用いて、直接認識と間接認識の特異性を計算した。(2)転写因子構造ネットワークの解析:これまでに開発した構造データに基づく分子相互作用ネットワークのデータベース/検索ツール、PDBnet、のデータを更新するとともに、構造中に含まれるドメインの相互作用を解析し、ドメインレベルでのネットワークが解析できるように機能を強化した。また、相互作用領域での構造特性、物理化学的特性、ネットワーク特性の間の関係について解析を行った。(3)転写因子の協同性の解析:転写因子・DNA複合体構造を解析し、転写因子によるDNA配列認識の協同性が認識の特異性を高め予測精度を上げることがわかった。(4)酵母ゲノムの転写制御情報のデータベース構築:これまでに開発をすすめてきた酵母の転写制御に関するさまざまな情報を集めたデータベースのデータ更新を行うとともに、転写因子やそのターゲットの予測結果もデータベースに統合した。(5)転写制御ロジックの解析:プロモータ上での転写因子の既知および予測された結合サイトを解析し、転写因子のコンテクスト(文脈)と遺伝子発現データなどとの比較を行い、転写制御ロジックの解析をすすめる。(6)転写制御ポータルの整備:転写制御に関係するデータベースや解析ツールのポータルサイトの更新と機能強化を行った。

This year, the following projects were analyzed. (1)Quantification of specificity of protein/DNA recognition: update of structural model of protein/DNA complex, update of statistical model of protein/DNA recognition Statistics are updated and used for direct recognition and indirect recognition. (2)The analysis of the structure of the writing factor: the development of the structure of the basic molecular interaction of the structure of the basic molecular interaction of the structure of the PDBnet, the update of the structure of the PDBnet, the interaction of the structure of the basic molecular interaction of the analysis of the structure of the basic molecular interaction of the function of the enhancement. Analysis of the relationship between structural characteristics, physicochemical characteristics, and biological characteristics of the interaction domain (3)Analysis of Synergy of Writing Factors: Analysis of Writing Factors and DNA Complexes, Analysis of Writing Factors and Synergy of DNA Alignment Knowledge, High Prediction Accuracy (4)Yeast must write the control information of the device construction: this is the development of the yeast, the control of the yeast, the information set, the update of the device, the write factor and the prediction results of the device integration. (5)The analysis of the writing control information: the analysis of the known and predicted writing factors on the top of the page, the analysis of the writing factors, the comparison of the writing control information, and the analysis of the writing control information. (6)The maintenance of the control system: the maintenance of the control system, the analysis of the control system, the updating of the control system and the enhancement of the function