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バクテリアの挿入因子によるゲノム再編の解析

细菌插入元件的基因组重排分析

基本信息

批准号：
16013211
负责人：
大坪栄一
金额：
$ 4.03万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2004
资助国家：
日本
起止时间：
2004 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

近年の各種ゲノムの全塩基配列の決定は、遺伝子の同定と機能解析を促したが、遺伝子以外の領域の解析はなされていないという状況下で、本研究は、種々の大腸菌と近縁とされる赤痢菌ゲノムの再編による変異を同定し、これらの変異の有無をパターン化し系統の近縁関係を解析し、病原性大腸菌の由来、及び、赤痢菌との系統関係を明らかにすることを目的としたものである。これまでに、大腸菌K-12 MG1655株を基にして、O157:H7を含むいくつかの標準大腸菌ゲノムの0-10分に相当する領域(約465kb)を、各株全ゲノムDNAを鋳型に5kbの間隔でPCRで解析し、大きさの異なるPCR産物の塩基配列を決定し、挿入、欠失、置換などのゲノム再編成による変異を同定した。また、菌株間に共通の変異を多数検出し、系統の分類と関係を知る上での有用な多数のマーカーを同定した。さらに我々は、感染研から分与された合計68種のEnterohemorragic, Shiga-toxigenic, Enteroinvasive, Enterotoxigenic, Enteropathogenic, Uropathogenic大腸菌と赤痢菌(S.flexineri, S.sonnei)のゲノム上の有用マーカー変異の有無を解析し、この結果に基づいて系統樹を作成することによって、大腸菌が異なるいくつかのクラスターを成すこと、その中でO157数株は1つのクラスターに、しかし、Shiga-toxigenic大腸菌は少なくとも3つのクラスターに分かれることを示唆する結果を得た。このことは、医学的分類が必ずしも生物学的分類とは一致しないことを示すが、病原のShiga毒素がファージ等によって水平移動することを考えれば驚くことではなく、本方法で生物学的に真の分類と系統の関係が解明できたことを意味する。また、S.fliexneri3系統が大腸菌の種々のクラスター内の特異的な1群であることを示すことができた。

In recent years, all kinds of drugs have been arranged on a complete basis to determine the determination, the same determination machine can be used to analyze and analyze the current situation in the field outside the laboratory, in this study, in this study, all kinds of bacteria, bacteria, dysentery, dysentery, dysentery, The origin of pathogenic Shigella, and the etiology of dysentery and dysentery in the system of dysentery. The results showed that there was a significant difference in the field (465kb) between 0 and 10 of the standard strain of Kmur12 MG1655, and that of the standard strain of Kmur12 PCR, and that of the standard strain of Kmur12 PCR. Each strain was separated by PCR analysis, and the base column was determined, entered, lost, and then edited into the same column. Most of the common strains and strains are exported, and the systems are classified into different categories. Most of them are known to be useful. The total score of Enterohemorragic, Shiga-toxigenic, Enteroinvasive, Enterotoxigenic, Enteropathogenic, Uropathogenic, Shigella dysenteriae (S.flexineri) was 68%. S.sonnei) there are some useful information on the computer, and the results show that the system system has not been analyzed, and that several strains of O157 have not been detected. The results of the Shiga-toxigenic test showed that the results of the test were satisfactory. The classification of medicine and medicine must be carried out according to the classification of biology. The classification of biology is consistent with the classification of biology. The pathogen, Shiga toxin, and so on, can be transferred horizontally. In this method, the true classification system of biology will explain what it means. Group 1 of the special strains of bacteria in the S.fliexneri3 system and the bacteria in the system are displayed in the laboratory.