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バクテリアの挿入因子によるゲノム再編の解析

细菌插入元件的基因组重排分析

基本信息

批准号：
15013213
负责人：
大坪栄一
金额：
$ 3.46万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2003
资助国家：
日本
起止时间：
2003 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

バクテリアの挿入因子ISは、自身のトランスポゼースの働きにより転移し挿入変異を引き起こす能力をもつ。我々はこれまでに、三つの代表的な因子の転移とその制御機構を解析してきた。本申請研究は、大腸菌K-12のゲノムが短い間にいかに変化するか、古細菌でもISが、真性細菌と同様、ゲノム再編に関わっているのかどうか、さらに種々の大腸菌ゲノムの構造の違いから近縁関係のみならず、病原性大腸菌の由来、及び、大腸菌と近縁である赤痢菌との系統関係を明らかにすることを目的としたものであり、得られた結果は次のように要約される。(1)大腸菌K-12のMG1655とW3110株間のISの分布とゲノム動態。W3110株にはISがMG1655株よりも多く存在することを示すと共に、転座したタンデム配列があり、それにISが関わっていることを明らかにした。(2)高熱抗酸古細菌S.tokodaiiがゲノム上のISの同定とゲノム再編への関与。S.tokodaiiゲノムに222個のISを同定した。これらの約40%のIsの隣接領域でゲノム再編成を引き起こしていること明らかにした。(3)ゲノム構造の違いによる種々の大腸菌の系統と近縁関係K-12、及び0157を含む各種大腸菌6株のゲノムの0-10分の領域(約465kb)を、5kbづつの間隔でハイブリダイズするプライマーにより生じる大きさの異なる。PCR産物の塩基配列を決定することによりて、挿入、欠失、置換、重複などの遺伝的再編成による変異が存在する座位を同定した。そこで、他の病原性大腸菌、赤痢菌上のこれらの変異の存在を調べ、有無を0,1でバーコード化し、これを用いて系統樹を作成し、大腸菌、及び赤痢菌の系統関係を明らかにした。

In this case, the IS factor, the ability factor, the ability factor, the input factor, the input factor, We ask that the factors represented by the three-dollar system are changed and analyzed by the imperial authority. This application is to study, Kmur12 bacteria, antifungal IS, mycobacteria, mycobacteria, bacteria, bacteria, bacteria. In the near future, dysentery and dysentery were detected in the system of dysentery and dysentery. The purpose of this study was to determine the results of the test. The main results are as follows: (1) the distribution and dynamics of IS among Kmur12 MG1655 strains W3110. W3110 strain IS MG1655 plant has a large number of samples showing that there is a common line, a seat, a line, an IS, a line, a tree, a tree. (2) the IS gene of S.tokodaii antichaea strain with high concentration of acid-fast bacilli was identified by the same method. The number of IS is the same as that of S.tokodaii. About 40% of the Is will be connected to the field and then the information will be introduced. (3) the production of six strains of bacteria containing all kinds of bacteria in the field of 0-10 minutes (about 465kb), and the production of six strains of bacteria in the field of 0-10 minutes (about 465kb) in the near future of Kmur12 and 0157. The PCR property base column determines that the seat is the same as the number of seats, the input, the loss, the location, and the re-editing of the seat. Spores, other pathogenic bacteria, Shigella dysenteriae, dysentery, dysentery and dysentery.