cDNAマイクロアレイによる甲状腺癌関連遺伝子の検索

利用cDNA微阵列寻找甲状腺癌相关基因

• 批准号: 13770639
• 负责人: 原田 晴仁
• 金额: $ 1.34万
• 依托单位: Nippon Medical School
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 2002
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13770639/
• 关键词: 甲状腺乳頭癌; cDNAマイクロアレイ; 遺伝子発現

[目的]癌研究における遺伝子解析はさまざまな方面からなされている。そのなかで、c-DNAマイクロアレイ解析は多数の遺伝子発現を同時に解析できる極めて有効な方法である。甲状腺癌の研究においては、未だマイクロアレイを用いた広範囲の遺伝子発現スクリーニングの報告はない。我々は、高密度cDNAマイクロアレイを用いて、26例の甲状腺乳頭癌に対して体系的遺伝子発現解析を行っている。[方法]手術時に癌部および非癌部より一部組織を切除し-80℃で凍結保存した検体を用いた。凍結組織よりtotal RNAを抽出し100〜10000倍に増幅後、正常部にはCy-3で、癌部にはCy-5でそれぞれ蛍光標識したcDNAプローブを合成し、スライド上にあらかじめスポットしておいた9216遺伝子に競合的ハイブリダイゼーションさせ遺伝子の発現状況を見た。蛍光信号の読み込みの際には、"GenePix"ソフトを用いて、蛍光強度の読み込みと同時に、スポット周囲のバックグラウンドレベルにより信号強度を補正した。また、"ScoreCard"ソフトを用いてシグナルの信頼限界ラインを特定し、ハウスキーピングジーンをコントロールにして信号強度を正規化した。そうして得られたデータをもとに、"GeneSpring"解析ソフトを用いてGeneListを作成した。Cy-3・Cy-5の信号強度がともに信頼限界レベル未満のデータは切り捨て、蛍光強度比が2.0以上のものを「発現上昇」、0.5以下のものを「発現低下」、その間のものを「発現に変化なし」と判定した。[結果・考察]50%(13例)以上の症例で発現上昇が認められた遺伝子は337、発現低下が認められた遺伝子は1134であった。それらの遺伝子に対してクラスター解析を行い、サンプル間で発現状況の似通ったものをグループ化したが、それらのグループを規定する特定の遺伝子の同定には至っていない。今後、腫瘍の大きさ・転移再発の有無・術前のサイログロブリン値などでグループ分けし、各因子に関係した遺伝子の解明を目指す。

[Purpose] Analysis of the remaining aspects of cancer research.そのなかで, c-DNAマイクロアレイanalyticsはmost of the remaining 伝子発appearsをsimultaneouslyにanalyticsできる extremely effectiveなmethodである. Research on Thyroid Cancer by においては, 无だマイクロアレイを用いた広风囲の缝子発行スクリーニングのreport by はない. We have analyzed the results of high-density cDNA DNA analysis system and 26 cases of papillary thyroid cancer system. [Method] During the operation, part of the tissue from the cancerous part and the non-cancerous part was removed and frozen and preserved at -80°C. Freeze organization よりtotal After the RNA was extracted and amplified 100 to 10,000 times, the normal part was Cy-3 and the cancer part was Cy-5 and the cDNA was optically labeled.を合し、スライド上にあらかじめスポットしておいた9216 legacy The current situation of the ハイブリダイゼーションさせ弝子の発 in the competition of 伝子に合 をゼーションさせ弝子の発. "GenePix" signal, "GenePix" signal, "GenePix" signal intensity, "GenePix" intensity signal込みとsimultaneous,スポットweek囲のバックグラウンドレベルによりsignal strengthをcorrectionした.また、"ScoreCard"ソフトを用いてシグナルの信頼 limit ラインを特Set the signal strength and normalize the signal strength.そうして got られたデータをもとに, "GeneSpring" analyzed ソフトを and used いてGeneListを to create した. The signal strength of Cy-3・Cy-5 is limited and the light intensity ratio is 2.0 or moreのものを「発appears to rise」, のものを below 0.5のものを「発appears to fall」, その间のものを「発appearに変化なし」とdeterminationした. [Results and Investigations] More than 50% (13 cases) of the symptoms showed an increase in symptoms and a decrease in symptoms.それらの缝子に対してクラスターanalytic を行い、サンプル间で発existing situationの思通ったものをグループ化したが、それらのグループを Regulationsするspecificの伝子の同定には～っていない. From now on, whether the swelling is large, whether it has moved or recurred, and whether it has been treated before surgeryなどでグループ分けし, the relationship between each factor, the explanation of the relationship between each factor, and the purpose of the explanation.

项目成果

Hirano A., Harada H. et al.: "Two novel single-nucleotide polymorphisms of the Caspase-9(CASP9)gene in the Japanese population"Genes Immun.. 2(2). 117-118 (2001)

Hirano A.、Harada H. 等人：“日本人群中 Caspase-9 (CASP9) 基因的两种新的单核苷酸多态性”Genes Immun.. 2(2)。

Harada H., Nagai H. et al.: "Molecular cloning, tissue expression, and chromosomal assignment of a novel gene encoding a subunit of the human signal-recognition particle"J. Hum. Genet.. 46(2). 70-75 (2001)

Harada H.、Nagai H. 等：“编码人类信号识别颗粒亚基的新基因的分子克隆、组织表达和染色体分配”J.