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ゲノム解析のための情報ツールの開発

基因组分析信息工具的开发

基本信息

批准号：
04F04656
负责人：
近藤寿人
金额：
$ 0.77万
依托单位：
Osaka University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2004
资助国家：
日本
起止时间：
2004 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

小型魚で効率良く得られる、発生に異常を生ずる突然変異体、ヒトの疾患モデルともなりうる突然変異体は、その原因遺伝子の同定によってその生物学的な価値を高める。変異遺伝子同定の第1歩は、その突然変異体を染色体上の座標に位置づけることである。さまざまの突然変異体座とマーカー遺伝子座との遺伝的組換え頻度は、染色体上の距離を反映せず、遺伝的データから直接、遺伝子のpositional cloningに向かうことは大きな危険を伴う。そのため、一度Radiation hybridをもとに構築された物理地図データを併用して、実際の遺伝子座間の距離を予測することが望まれた。メダカのRadiation hybrid dataを例として用いて、遺伝子座間の物理的距離と順序を高精度で予想することによって遺伝的組換えデータを補う、モデルシステムを検討した。迅速近似計算に汎用されるsoftware packageであるCONCORDEを活用して、メダカの各radiation hybrid cellがもつメダカのPCRマーカーの保持状況から、まずおおまかな染色体ごとの分別を行った。いくつかのPCR反応の不確定性、あるいは雑種細胞におけるメダカ染色体領域の断片化の効果から、遺伝子組換えによる地図との矛盾を生ずるケースがあった。これは、ゼブラフィッシュの過去の例でも経験されており、計算値の補正に必要な経験則を導入する必要を生じた。実際のBACの配列データがある程度利用できるメダカ染色体21番と22番を具体例として、補正則を検討した。

The efficiency of small fish is good, the disease is abnormal, the disease is abnormal, the body is suddenly mutated, and the fish is diseased.なりうるSudden change of body, そのcause of death 伝子の同定によってそのbiological な価値を高める. The 1st step and the coordinate position on the chromosome are the same as the 1st step and the 1st step of the divergence.さまざまの suddenly changed the heterogeneous constellation とマーカー伝子恨の伝's replacement えfrequency は, the distance on the chromosome をreflect せず, 伝's データから direct, 伝子のpositional cloningに向かうことは大きなrisk険を accompanying う.そのため, once Radiation hybrid をもとにconstructed されたphysical ground 図データを and used して, 実记の缝子蝝の区の综合することが看まれた.メダカのRadiation hybrid The data is used as an example, the physical distance between the seats and the sequence are expected to be high-precision. The combination of the することによって伝 is replaced by the えデータをBUう and the モデルシステムを検した. Rapid approximate calculation and general use software package, CONCORDE, and various radiation hybrids cellがもつメダカのPCRマーカーのmaintenance conditionから、まずおおまかなchromosomeごとの respectivelyを行った.いくつかのPCR reaction uncertainty, あるいは雑seed cells and chromosomal field The effect of fragmentation is the same as the original one, and the remaining pieces are replaced by the original one.これは、ゼブラフィッシュの Pastの Exampleでも経験されており、Calculation valueのcorrectionにNecessaryな経験ruleをImportするNecessaryを生じた. The degree of alignment of the BAC is determined by using the specific example of chromosome 21 and 22, and the correction rule.