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膵島機能に関連するマイクロ分子の同定と機能解析

胰岛功能相关小分子的鉴定及功能分析

基本信息

批准号：
20659145
负责人：
武田純
金额：
$ 2.05万
依托单位：
Gifu University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
财政年份：
2008
资助国家：
日本
起止时间：
2008 至 2009
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究にはヒトおよびラットのEST(expressed sequence tag)データを供した。先ず解析対象として、ヒト4,481種類、ラット3,403種類の未知のESTを用いてそれぞれの生物種のゲノムに対して相同性検索し、相同率90%以上である配列のゲノム上の位置を特定した後、5'側のゲノム位置から転写方向側の上流2kbを含む配列を取得した。そして既知miRNAデータベース(miRNA DB)(ヒト474種類、ラット234種類)や予測miRNA DB(ヒト743種類、ラット236種類)に対して相同性探索施行した。その結果、既知のmiRNA DBからヒト3種類、ラット3種類、予測miRNA DBからヒト15種類、ラット1種類を獲得した。次に既知のヒト3,134種類、ラット3,950種類のESTを用いてそれぞれのゲノム位置をUCSCのデータベースから取得後、上記と同様の既知および予測miRNA DBに対して探索を行った。その結果、既知のmiRNA DBからヒト54種類、ラット8種類、予測miRNA DBからヒト112種類、ラット17種類を獲得した。in silicoで同定されたmiRNAのうち、ヒト57種類、ラット10種類が実際に発現しているか各種臓器でTaqmanシステムを用いて定量したところ、ヒトで15種類、ラットで4種類のものの発現が確認された。そのうちhsa-mir-7-1は膵島と下垂体のみで発現が認められており興味深い。既に同発現ベクターを作成しインスリン分泌産生株で発現させることに成功した。現在、種々のブドウ糖濃度におけるインスリン分泌への影響を検定しているところであり、miRNAの新たな役割が開発される可能性がある。

In this study, the EST(expressed sequence tag) was used to detect the presence of the virus. First, the analysis of the target image, the use of 4,481 species, 3,403 species of unknown EST, the identification of the biological species, the identification rate of more than 90%, the allocation of the upper position, the 5'side of the target position, the upstream of the writing direction, including the allocation of 2 kb. The identity of known miRNA database (miRNA DB)(474 species, 234 species) and predicted miRNA DB(743 species, 236 species) was explored. Results: 3 types of known miRNA DB, 3 types of predicted miRNA DB, 15 types of predicted miRNA DB, 1 type of predicted miRNA DB Next, 3,134 known miRNA species and 3,950 ESTs were used in the search for the same known miRNA database as described above. The results showed that there were 54 types of known miRNA DB, 8 types of predicted miRNA DB, 112 types of predicted miRNA DB, and 17 types of predicted miRNA DB. The discovery of 57 miRNA species, 10 miRNA species and 15 miRNA species in silico was confirmed.そのうちhsa-mir-7-1は膵岛と下垂体のみで発现が认められており兴味深い。The production of the same protein is successful. Now, the concentration of miRNA is very high, and the possibility of miRNA production is very high.