Effect of modified bases on the three-dimensional structure and physiological activities of yeast tyrosine tRNA.
碱基修饰对酵母酪氨酸tRNA三维结构及生理活性的影响
基本信息
- 批准号:22550148
- 负责人:
- 金额:$ 3万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
- 财政年份:2010
- 资助国家:日本
- 起止时间:2010 至 2012
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
Originally, it was planned that two types of chimeric tRNA (T5N3, N5T3) were synthesized by exchanged re-union of 5’-and 3’-half fragments obtained through limited digestion of yeast tRNA^Tyr and tRNA^Tyr transcript and used for the analyses on the relationship between the modified base-content and the stability of three-dimensional structure of tRNA. However, it was turned out to be difficult by technical reasons. Therefore, similar experiments were performed by using the anticodon nuclease VapC which was recently developed in our laboratory and E. colitRNA^Leu. The result of Tm-measurement showed that the heat-stability of tRNAs increased in the order of tRNA^Leu transcript<T5N3<N5T3<native tRNA^Leu, indicating that the modified bases, especially those contained in the 5’-half fragment (N5) have the effectof stabilizing three-dimensional structure of tRNA. However, unexpected result was also obtained that the native form of tRNA^Leu is less stable than the transcript tRNA in the absence of Mg2+. It is interesting in a sense that the modified bases can contribute to both of the stability and instability of the higher-order structure of tRNA depending on the state of interaction with Mg2+.
最初计划通过有限消化酵母tRNA^Tyr和tRNA^Tyr转录本获得的5 ‘和3 ’半片段交换重联,合成两种嵌合tRNA (T5N3, N5T3),用于分析修饰后的碱基含量与tRNA三维结构稳定性的关系。然而,由于技术原因,它被证明是困难的。因此,我们利用本实验室新开发的反密码子核酸酶VapC和大肠杆菌(E. colitRNA^Leu)进行了类似的实验。tm测量结果显示,tRNA的热稳定性依次为tRNA^Leu转录本<T5N3<N5T3<天然tRNA^Leu,说明修饰后的碱基,尤其是5′-半片段(N5)中所含的碱基具有稳定tRNA三维结构的作用。然而,也得到了意想不到的结果,在没有Mg2+的情况下,tRNA^Leu的天然形式比转录体tRNA更不稳定。从某种意义上说,有趣的是,根据与Mg2+的相互作用状态,修饰的碱基可以促进tRNA高阶结构的稳定性和不稳定性。
项目成果
期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Functional replacement of the endogenous tyrosyl-tRNA synthetase-tRNATyr pair by the archaeal tyrosine pair in Escherichia coli for genetic code expansion.
- DOI:10.1093/nar/gkq080
- 发表时间:2010-06
- 期刊:
- 影响因子:14.9
- 作者:Iraha F;Oki K;Kobayashi T;Ohno S;Yokogawa T;Nishikawa K;Yokoyama S;Sakamoto K
- 通讯作者:Sakamoto K
Cell-Free Protein Production-Methods and protocols-, Chapter 19
无细胞蛋白质生产-方法和方案-,第 19 章
- DOI:
- 发表时间:2010
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Takashi Yokogawa;et al.
- 通讯作者:et al.
Chapter 19, Incorporation of 3-azidotyrosine into proteins through engineering yeast tyrosyl-tRNA synthetase and its application to site-selective protein modification, in "Cell-Free Protein Production" (Y. Endo et al. eds.)
第 19 章,通过工程化酵母酪氨酰-tRNA 合成酶将 3-叠氮基酪氨酸掺入蛋白质及其在位点选择性蛋白质修饰中的应用,载于“无细胞蛋白质生产”(Y. Endo 等编辑)
- DOI:
- 发表时间:2010
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:T. Yokogawa;S. Ohno and K. Nishikawa
- 通讯作者:S. Ohno and K. Nishikawa
好酸好熱古細菌 Sulfolobus tokodaii 由来トキシン-アンチトキシンVapBCの tRNA切断活性
源自嗜酸古菌 Sulfolobus tokodaii 的毒素-抗毒素 VapBC 的 tRNA 裂解活性
- DOI:
- 发表时间:2012
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:肥田野康行;大津智彦;小池崇喜;大山俊之;日高久夫;関本文音,松浦由佳,大野敏,西川一八,(代表者:横川隆志)
- 通讯作者:関本文音,松浦由佳,大野敏,西川一八,(代表者:横川隆志)
Functional replacement of the endogenous tyrosyl-tRNA synthetase-tRN A^<Tyr> pair by the archaeal tyrosine pair in Escherichia coil for genetic code expansion
大肠杆菌中古菌酪氨酸对对内源酪氨酰-tRNA 合成酶-tRNA^<Tyr> 对的功能替换,用于遗传密码扩展
- DOI:
- 发表时间:2010
- 期刊:
- 影响因子:14.9
- 作者:Fumie Iraha;et al.
- 通讯作者:et al.
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