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Systematic analysis on RNA recognition mechanism of PPR protein for plant organelle gene expression

PPR蛋白对植物细胞器基因表达RNA识别机制的系统分析

基本信息

批准号：
22681028
负责人：
NAKAMURA Takahiro
金额：
$ 16.14万
依托单位：
Kyushu University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (A)
财政年份：
2010
资助国家：
日本
起止时间：
2010-04-01 至 2013-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22681028/
关键词：
オルガネラゲノム PPR RNA 葉緑体ミトコンドリア PRP蛋白質 PPR蛋白質

项目摘要

Pentatricopeptide repeat (PPR) proteins are eukaryotic RNA-binding proteins that are commonly found in plants. Organelle transcript processing and stability are mediated by PPR proteins in a gene-specific manner through recognition by tandem arrays of degenerate 35-amino-acid repeating units, the PPR motifs. Here, we showed the principle underlying RNA recognition for PPR proteins involved in RNA editing. Amino acid variation at 3 particular positions within the motif determined recognition of a specific RNA in a programmable manner, with a 1-motif to 1-nucleotide correspondence,. Data from the decoded nucleotide frequencies for these 3 amino acids were used to assign accurate interacting sites to several PPR proteins for RNA editing and to predict the target sites for an uncharacterized PPR proteins. In another view, PPR proteins appear to provide an extremely promising opportunity to create custom RNA binding proteins with tailored specificity.

五肽重复序列（PPR）蛋白是一类常见于植物中的真核RNA结合蛋白。细胞器转录物的加工和稳定性是由PPR蛋白以基因特异性的方式介导的，通过由简并的35个氨基酸重复单元（PPR基序）的串联阵列识别。在这里，我们展示了参与RNA编辑的PPR蛋白的RNA识别原理。基序内3个特定位置处的氨基酸变异以可编程方式确定特异性RNA的识别，其中1-基序与1-核苷酸对应。来自这3个氨基酸的解码核苷酸频率的数据用于将准确的相互作用位点分配给用于RNA编辑的几种PPR蛋白，并预测未表征的PPR蛋白的靶位点。在另一种观点中，PPR蛋白似乎提供了一个非常有希望的机会来创建具有定制特异性的定制RNA结合蛋白。

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

九州大学　農学研究院　植物分子機能学

九州大学农学部植物分子功能

DOI：
发表时间：
期刊：
影响因子：
0
作者：
通讯作者：

Isolation of Arabidopsis ahg11, a weak ABA hypersensitive mutant defective in nad4 RNA editing.

DOI：
10.1093/jxb/ers188
发表时间：
2012-09
期刊：
Journal of experimental botany
影响因子：
6.9
作者：
Murayama M;Hayashi S;Nishimura N;Ishide M;Kobayashi K;Yagi Y;Asami T;Nakamura T;Shinozaki K;Hirayama T
通讯作者：
Hirayama T

PPRモチーフを利用したRNA結合蛋白質の改変方法

使用 PPR 基序修饰 RNA 结合蛋白的方法