Quantitative proteomics using novel trifunctionalized metal coded affintiy tags

使用新型三功能金属编码亲和标签的定量蛋白质组学

• 批准号: 5414444
• 负责人: Professor Dr. Michael Linscheid
• 金额: --
• 依托单位: Institut für Chemie
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: Research Grants
• 财政年份: 2003
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 2002-12-31 至 2007-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/5414444?language=en
• 关键词: Quantitative; proteomics; using; novel; trifunctionalized

Im Projekt wird ein Konzept vorgestellt, dass eine differenzielle quantitative und qualitative Proteomcharakterisierung mit Hilfe von neuartigen metallcodierten Markern und massenspektrometrischen Methoden (ESI-MS/MS) sowie neuen Entwicklungen in der Bioinformatik beinhaltet. Der Metallcode ist ein makrocyclischer Metallchelatkomplex, der mit einer aminosäurespezifischen funktionellen Gruppe und einer weiteren Molekülkomponente zur chromatographischen Trennung der markierten Peptide ausgestattet ist. Es muss sich durch gute Wasserlöslichkeit und hohe kinetische Stabilität über einen möglichst großen pH-Bereich auszeichnen. Verbindungen mit verschiedenen Metallionen dürfen sich hinsichtlich ihrer chemischen Reaktivität und physikalischen Eigenschaften nicht signifikant unterscheiden. Die metallcodierten Marker werden site-spezifisch kovalent an die Proteine von Zelllysaten gebunden. Im Anschluss an die Proteolyse der Proteine werden die metallmarkierten Peptide isoliert und chromatographisch weiter aufgetrennt, um dann massenspektrometrisch quantifiziert und im zweiten Schritt sequenziert zu werden. In Verbindung mit einer Datenbanksuche ist es möglich, anhand nur weniger Peptide die gesuchten Stammproteine zu identifizieren. Die metallcodierten Marker werden hinsichtlich ihrer Struktur, ihrer thermodynamischen Eigenschaften in wässriger Lösung, ihres Reaktionsverhaltens gegenüber Proteinen/Peptiden und ihrer Detektierbarkeit mit massenspektrometrischen Methoden charakterisiert. Ihre reproduzierbare Anwendbarkeit in der Proteomanalyse muss an Modellversuchen und Realproben in Verbindung mit mehrdimensionaler Chromatographie, MS/MS und Datenbankanalyse getestet werden.

本课题旨在通过一种新的生物信息学方法--电喷雾质谱法（ESI-MS/MS），对蛋白质组进行定量和定性的差异分析。Der Metallcode is ein makrocyclischer Metallchelatkomplex，der mit einer aminosäurespezifischen funktionellen Gruppe and einer weiteren Molekülkomponente zur chromatographischen Trennung der markierten Peptide ausgestattet ist ist.这必须通过良好的水循环和高动力学稳定性来实现。Verbindungen mit verbedenen Metallionen dürfen sich hinsichtlich ihrer chemischen Reaktivität und physikalischen Eigenschaften nicht signifikant unterscheiden.金属编码标记物韦尔登位点特异性与Zelllysaten蛋白质一致。本文对蛋白质水解的方法进行了探讨，并对金属标记的肽进行了分离和色谱分析，然后进行了质谱定量和两次Schritt测序。在与一个数据库的连接中，只有一个小肽被识别。金属标记物韦尔登显示其结构，其在wässriger Lösung中的特征，其反应物为蛋白质/肽，其检测器为具有质谱特征的方法。蛋白质组分析中的重复性分析必须用多维色谱、MS/MS和数据库分析进行验证。