遺伝子ネットワークに基づいた細胞分化マップの構築

基于基因网络的细胞分化图谱构建

• 批准号: 16J10636
• 负责人: 丸山 徹
• 金额: $ 1.09万
• 依托单位: Waseda University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2016
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2016-04-22 至 2018-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-16J10636/
• 关键词: 遺伝子ネットワーク

昨年度は、44種類の細胞・組織種のトランスクリプトームデータから共発現遺伝子ネットワークを推定し、疾患関連遺伝子の情報と統合を試みた。その結果、脳のトランスクリプトームデータから推定した共発現遺伝子ネットワークの複数の領域に、神経変性疾患の疾患関連遺伝子が局在することを見出すなど、疾患に関連する遺伝子ネットワーク領域の存在を示唆する結果が得られた。そこで本年度は、前年度に構築した多様な細胞・組織種の共発現遺伝子ネットワーク情報を用いて、パーソナルゲノムデータから多因子遺伝疾患の層別化を行う新規解析手法の開発に注力した。ポリジェニックリスクスコアとは、ある一人のゲノム上に存在するリスク多形の数から求められるスコアであり、多因子遺伝疾患のリスク予測に広く用いられている。本研究では、このポリジェニックリスクスコアを共発現遺伝子ネットワークの領域ごとに計算することで、「遺伝子ネットワークの領域Aにリスク多形を多く有する患者は、病態Xが現れやすい傾向にある」といった疾患の層別化が可能になるのではないかと考えた。そこで多因子遺伝疾患であるアルツハイマー病をモデルとして、アルツハイマー病患者のゲノムデータを用いて、脳のトランスクリプトームデータから構築した共発現遺伝子ネットワークの領域ごとに本スコアを算出した。このスコアを用いた予測を試みたところ、アルツハイマー病患者の表現系が予測できる可能性が見出された。

Last year, 44 kinds of cell and tissue species were tested for the identification and integration of disease-related genes. The results show that there is a large number of disease related genes in the field of neurology, and the existence of disease related genes in the field of neurology. This year, we have developed a new approach to the development of multifactorial genetic disorders based on the construction of multifactorial genetic disorders and the use of information from multifactorial genetic disorders in previous years. The number of multi-factor genetic disorders in a multi-factor genetic disorder is estimated by the number of multi-factor genetic disorders. In this study, we investigated the possibility of stratification of disease in patients with multiple disease patterns in the domain A of genetic diversity. For multifactorial diseases, the number of patients with multiple factorial diseases should be calculated according to the number of patients with multiple factorial diseases The patient's performance was predicted.

项目成果

Genome-wide association study of Alzheimer's disease endophenotypes at prediagnosis stages.

• DOI: 10.1016/j.jalz.2017.11.006
• 发表时间: 2018-05
• 期刊: Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
• 作者: Chung J;Wang X;Maruyama T;Ma Y;Zhang X;Mez J;Sherva R;Takeyama H;Alzheimer's Disease Neuroimaging Initiative;Lunetta KL;Farrer LA;Jun GR
• 通讯作者: Jun GR

Gene-network-based patient stratification of Alzheimer’s disease

基于基因网络的阿尔茨海默病患者分层

• 发表时间: 2017
• 作者: Toru Maruyama;Xulong Wang;Haruko Takeyama;Gyungah Jun
• 通讯作者: Gyungah Jun