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RNAの高速構造変化と機能の関係

RNAの高速構造変化と機能の関係
RNA快速结构变化与功能的关系
批准号：
04226216
负责人：
杉本 直己
金额：
$1.41万
依托单位：
Konan University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
1992
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
1992 至 --
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-04226216/
关键词：
核酸の二次構造核酸の安定化エネルギー高速反応最近接塩基対モデル核酸の高次構造予測融解曲線

项目摘要

项目成果

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英文摘要
1.本年度は、RNAの構造研究に先立ち、DNAの二次構造の安定性を考察した。まず、各種の塩基配列をもつDNAオリゴヌクレオチドをホスホロアミダイト法によって固相化学合成した。次にこれらのオリゴマーの二次構造をUV融解曲線によって定量的に検討した。その結果、DNAの二次構造の安定性が隣接塩基対の総和によって予測できることを発見した。例えば、d(GCATATGC)の自己相補的二重らせんの安定性(25℃における自由エネルギー)はGC,CA,AT,TA,TGの各ジヌクレオチド塩基対形成のエネルギーから予測される値と±3%以内で一致した。これらの方法によって,逆に最良の塩基対形成エネルギー・パラメータを求め、それらの値を使って、任意の一次塩基配列に対応するDNAの安定化二次構造を決定し得るようなシステムの開発を行なった。現在のところ、約100塩基程度のDNAの溶液中の安定化及び準安定化構造の予測に成功している。2.各種のDNAの二次構造の融解及び形成の反応を、温度ジャンプ装置を用いて追跡した。その結果、どの塩基配列のDNAにおいてる、これらの反応は数十ミリ秒以内で終了することが示された。例えば、20℃においてd(TAGATCTA)及びd(TCTATAGA)の反応は、各々40ms,50ms以内で終了した。また,DNAの二重らせん形成の活性化エネルギーが、d(GAATATTC)では-3.7kcalmol^<-1>,d(TAGATCTA)では-2.9kcalmom^<-1>,d(CCATATGG)では-1.8kcalmol^<-1>と負の値を示した。これらの結果及び安定化エネルギーの結果より、DNA二重らせん形成の核形成には少くとも二つ以上の塩基対形成が必要であることが認められた。
期刊论文(8)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
Naoki Sugimoto: "Melting behavior and stability of (dA)_8・(dT)_8 double helix" Nucleosides & Nucleotides. 11. 515-520 (1992)
Naoki Sugimoto：“(dA)_8・(dT)_8 双螺旋的熔化行为和稳定性”《核苷与核苷酸》11. 515-520 (1992)。
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
Naoki Sugimoto: "Temperature and pressure effects on equilibrium of double-helix to single-strands by octamers of deoxyriboadenylic and deoxyribothymidylic acids" Chemistry Express. 7. 273-276 (1992)
Naoki Sugimoto：“温度和压力对脱氧核糖腺苷酸和脱氧核糖胸苷酸八聚体双螺旋至单链平衡的影响”化学快报。
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
Naoki Sugimoto: "Double-helix formation of self-complementary chimeric oligonucleotides r(CG)_nd(CG)_<3-n>(n=0,1,2,3)" Nucleic Acids Reserch Symposium Series. 25. 139-140 (1992)
Naoki Sugimoto：“自互补嵌合寡核苷酸 r(CG)_nd(CG)_<3-n>(n=0,1,2,3) 的双螺旋形成”核酸研究研讨会系列。
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
Naoki Sugimoto: "Stability of double-helix by octamers of deoxyribooligonucleotides containing 5-trifluoromethyluracil and 5-cyanouracil" Chemistry Express. 7. 405-408 (1992)
Naoki Sugimoto：“含有 5-三氟甲基尿嘧啶和 5-氰尿嘧啶的脱氧核糖寡核苷酸八聚体的双螺旋稳定性”，Chemistry Express。
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
共 6 条
    Quantitative prediction of nucleic acid structures and functions affected by spaciotemporal environmental factors in cells
    • 批准号：
      22H04975
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research (S)
    • 资助金额：
      $126.3万
    • 财政年份：
      2022
    • 负责人：
      杉本 直己
    • 依托单位：
      Konan University
    Quantitative analysis of rRNA foding triggered by specific molecular crowding in nucleolus
    • 批准号：
      19F19337
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for JSPS Fellows
    • 资助金额：
      $1.41万
    • 财政年份：
      2019
    • 负责人：
      杉本 直己
    • 依托单位：
      Konan University
    Analysis and regulation of non-canonical nucleic acids under intracellular conditions
    • 批准号：
      18KK0164
    • 项目类别：
      Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (B))
    • 资助金额：
      $11.4万
    • 财政年份：
      2018
    • 负责人：
      杉本 直己
    • 依托单位：
      Konan University
    Development of tunable aptamers derived from natural riboswitches for making genetic control devices
    • 批准号：
      15F15345
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for JSPS Fellows
    • 资助金额：
      $1.47万
    • 财政年份：
      2015
    • 负责人：
      杉本 直己
    • 依托单位：
      Konan University