3-メチルアデニンDNAグリコシラーゼのX線構造解析

3-甲基腺嘌呤DNA糖基化酶的X射线结构分析

基本信息

  • 批准号:
    06235210
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 1.02万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
  • 财政年份:
    1994
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    1994 至 无数据
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

大腸菌の3-メチルアデニンDNAグリコシラーゼIIは、強力な突然変異、致死作用を有するアルキル化剤によるDNA損傷のうち、主にN-アルキルプリン塩基を除去するDNA修復酵素である。本研究では、X線結晶構造解析法で3次元構造を決定し、本酵素のアルキル化DNA塩基の認識機構を原子レベルで解明するとともに、ラウエ法で酵素反応機構を解明するための基礎的データをえることを目的とし、本年度は以下の研究成果を得た。本年度は、まず、昨年度作成した2.8A分解能の電子密度図(4種の重原子誘導体を用いた多重同型置換法に基づく)をもとに本蛋白質の3次元立体構造モデルを構築した。引き続き、2.3A分解能データを用いてプログラムX-PLORで構造の精密化を行ない、R値20.6%を得た。本グリコシラーゼは、α+β型のドメイン1、allα型のドメイン2と3の3つのドメインから構成されている。枯草菌や酵母の3-メチルアデニンDNAグリコシラーゼのアミノ酸配列と相同性の高い領域すべてが、酸化ピリミジンのグリコシラーゼのアミノ酸配列と相同性の高い領域すべてが、酸化ピリミジンのグリコシラーゼでもある大腸菌のエンドヌクレアーゼIIIと同一構造型であるドメイン2と3の間の溝に面していることから、この溝が活性に重要な部位と推定された。現在、この付近で3者間で保存されている残基の変異遺伝子を作成、アルキル化剤に対する感受性の変化を調べているが、ドメイン2と3の溝深くにあるAsp238が活性残基であることが示唆されている。ドメイン1は、TATAボックス結合蛋白質の対称的な2つのドメインと同一構造なので、DNAとの結合にかかわっている可能性が考えられる。
The main fungus, the fungus, the DNA, the II, the strong, the sudden, the lethal, the main, the main, the DNA, the enzyme, the enzyme. In this study, the three-dimensional analysis method of X-ray crystal analysis and X-ray crystal analysis was used to determine the determination, the enzyme method was used to analyze the DNA gene, and the enzyme anti-enzyme analysis machine was used to analyze the results of the research. The purpose of this year's research is satisfactory. This year, this year, and last year, we made the decomposition of electron density at 2.8A (four heavy atomic complexes are based on the method of multiple isomorphism). This egg white is three-dimensional. In this paper, the decomposition of 2.3A can be used to improve the precision of X-PLOR, and the decomposition of 2.3A can be used to make the precision of the line. This is called "alpha", "alpha" and "alpha". Bacillus subtilis, yeast, DNA, acid, acid. Acidify the bacteria in the same structure. The shape of the III is the same as that of the same structure. There is a presumption of the important parts of the active parts. Now, if you pay more or less, you can save the system, change the sensitivity, improve the sensitivity, and make sure that the active residue of Asp238 is very sensitive. In this paper, we use the same method to make the same gene, which is called by the combination of TATA and protein, and the possibility of combining DNA with DNA.

项目成果

期刊论文数量(12)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Y.Yamagata: "Conformation of 3-Substituted Purine Nucleoside Studied by X-Ray Crystallography and Theoretical Calculations" Nucleosides and Nucleotides. 13. 1327-1335 (1994)
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  • DOI:
  • 发表时间:
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  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
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  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
Y.Yamagata: "Model for a Recognition of 3-Methyadenine by 3-Methyladenine DNA Glycosylase" Chem.Pharm.Bull.42. 2385-2387 (1994)
Y.Yamagata:“3-甲基腺嘌呤 DNA 糖基化酶识别 3-甲基腺嘌呤的模型”Chem.Pharm.Bull.42。
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
S.Fujii: "Novel Molecular Conformation of(R,S)-Hesperetin in Anhydrous Crystal" Chem.Pharm.Bull.42. 1143-1145 (1994)
S.Fujii:“无水晶体中(R,S)-橙皮素的新型分子构象”Chem.Pharm.Bull.42。
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
I.Teranishi: "Demethylation of O -Methylguanine-DNA Methyltransferase:Synthesis and Characterization of O,9-Dimethylguanine Coordinated with cis-Platin at the N7-Position" Chem.Pharm.Bull.42. 903-906 (1994)
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  • 发表时间:
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  • 作者:
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    林 宏典;青木 学;Yedidi Ravikiran;中田 浩智;Debananda Das;中村 照也;長谷川 和也;山縣 ゆり子;Arun K Ghosh;満屋 裕明
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