ヒトゲノムGC含量ドメイン構造の解析と遺伝子高密度領域の探索

人类基因组GC含量域结构分析及基因密集区搜索

• 批准号: 08283106
• 负责人: 池村 淑道
• 金额: $ 1.54万
• 依托单位: National Institute of Genetics
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1996
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1996 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-08283106/
• 关键词: 染色体バンド; バンド境界; GC含量モザイク; MHC領域; AGER遺伝子; PBX2遺伝子; Notch様遺伝子; トリヌクレオチドリピート

ヒトのゲノムDNAはGC含量のMb(メガベース)レベルでの巨大な区分的構造よりなる.その区分構造が染色体バンド領域と関係することを明らかに,バンドの境界と考えられるGC含量モザイク境界の構造解析を行なってきた.ヒト染色体6p21.3領域に位置するMHCクラスIIとIII領域の境界にシャープなGC含量の変移点を見出し,高精度分染バンドの境界である可能性を指摘してきた.GC含量変移点の共通構造を明らかにする目的で,クラスIとII及び周辺の非MHC領域でのGC含量の変化を解析した.YACとコスミドの連続クローンの作製とそのGC含量の測定を行った結果,クラスIとテロメア側非MHC領域との境界,ならびにクラスIIとセントロメア側非MHC領域との境界が,GC含量の変移点であることが判明した.FISH法により,クラスIに隣接する低GC含量側の非MHC領域マーカーが6p21.3と6p22.1の境界に近接することが明らかになり,GC含量の変移点とバンド境界の新たな相関の例が示された.クラスII-III-Iのそれぞれの機能領域とGC含量ドメインとが対応することが判明し,3箇所のGC含量変移点が明らかになったので,共通構造が存在する可能性を知る目的で,各変移点領域の塩基配列の解析を行っている.既に2箇所のGC含量変移点では塩基配列の解析を完了しており,両方のGC含量変移点において,Alu配列の高密度クラスターに隣接してポリプリン/ポリピリミジン配列が存在すること,ならびに共通の特徴的な配列の存在を確認した.GCに富む領域は遺伝子密度が高いことが知られている.MHCのクラスIII領域はヒトゲノム内でも最もGCに富む部位であり,遺伝子密度が高い代表例として知られている.予想通りに,我々のゲノム歩行したGCの高いクラスIII側に4種類の新遺伝子を見いだし,これまでにAGER遺伝子・PBX2遺伝子の完全構造を報告してきた.新規のNotch様遺伝子(NOTCH4)について遺伝子の全構造を決定したところ,遺伝子の先頭部分にはポリロイシンをコードする(CTG)nのトリヌクレオチドリピートが存在していた.

DNA content of Mb() is the most important component of DNA composition. The structure of the chromosome is distinguished from the structure of the region. The GC content shift point in the region of chromosome 6p21.3 was detected, and the possibility of high-precision analysis of the region of chromosome 6p21.3 was evaluated. The common structure of GC content shift point in the region of chromosome 6p21.3 was analyzed, and the GC content shift point in the region of chromosome 6p21.3 was analyzed. FISH method is used to determine the change point of GC content in the non-MHC domain on the side of low GC content.FISH method is used to determine the change point of GC content. For the purpose of identifying the possible existence of common structures, the analysis of the basic arrangement of each shift point domain was carried out. Both GC content shift points of the two groups were analyzed and the GC content shift points of the two groups were analyzed. In the middle of the GC content shift point, the Alu group was analyzed and the Alu group was analyzed. The existence of a common set of features was confirmed.GC was rich in the region with a high carrier density.MHC was rich in the region with a high carrier density. In order to understand, we need to start the process of GC, and we need to report the complete structure of AGER, PBX, and PBX. The new Notch file (NOTCH4) contains the entire structure of the file, and the first part of the file contains the file.

项目成果

安藤麻子: "cDNA cloning of the human homologues of the mouse Ke4 and Ke6 genes at the centromeric end of the human MHC region." Genomics. 35. 600-602 (1996)

Asako Ando：“人类 MHC 区域着丝粒末端的小鼠 Ke4 和 Ke6 基因的 cDNA 克隆。”35. 600-602 (1996)

酒井尚雄: "Tenascin-X expression in tumor cells and fibroblasts : glucocorticoids as negative regulators in fibroblasts." J.Cell Sci. 109. 2069-2077 (1996)

Nao Sakai：“肿瘤细胞和成纤维细胞中的 Tenascin-X 表达：糖皮质激素作为成纤维细胞中的负调节剂。”J.Cell Sci。109。2069-2077（1996）

菅谷公彦: "Gene organization of human NOTCH4 and (CTG)n polymorphism in this human counterpart gene of mouse proto-oncogene Int3." Gene. (in press). (1996)

Kimihiko Sugaya：“小鼠原癌基因 Int3 的人类对应基因中的人类 NOTCH4 和 (CTG)n 多态性的基因组织”（正在出版）。

中村保一: "Codon usage tabulated from the international DNA sequence databases." Nucl.Acids Res.(in press). (1996)

Yasuichi Nakamura：“国际 DNA 序列数据库中的密码子使用列表。”（正在出版）。

笠原正典: "Chromosomal localization of the proteasome Z subunit gene reveals an ancient chromosomal duplication involving the major histocompatibiliy complex." Proc.Natl.Acod.Sci.93. 9096-9101 (1996)

Masanori Kasahara：“蛋白酶体 Z 亚基基因的染色体定位揭示了涉及主要组织相容性复合体的古老染色体重复。”Proc.Natl.Acod.Sci.93 (1996)。