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チンパンジーの遺伝子と染色体に関する比較進化学的研究

黑猩猩基因和染色体的比较进化研究

基本信息

批准号：
13202015
负责人：
平井百樹
金额：
$ 3.84万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
财政年份：
2001
资助国家：
日本
起止时间：
2001 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13202015/
关键词：
チンパンジー遺伝子 cDNA 染色体データベース

项目摘要

本研究では、チンパンジーの遺伝子と染色体に関する比較進化学的立場からの解析を通し、ヒトゲノムの進化ならびに種特異性を探索することを究極の目的とした。そのために、(1)オリゴキャッピング法を用いて、チンパンジーの完全長cDNAライブラリ-を作製し、既存の配列データベースにほとんど登録がなされていないチンパンジーmRNA配列情報の蓄積を行い、(2)ヒトmRNA配列、ゲノム配列と比較を行い、遺伝子の発現や機能に影響を及ぼす遺伝情報の差異を検出し、(3)大規模ゲノムの再編成である染色体構造変化部の特定のために、比較ゲノムハイブリダイゼーション(CGH)法の技術開発を行った。この結果、チンパンジーの皮膚、脳、肝臓由来の質の高い完全長cDNAライブラリーが作製できた。主に脳組織由来の5'側ワンパスシークエンスデータ(ESTs)7,000を得た。新規遺伝子探索と、相同遺伝子の進化解析のため、比較テンプレートとしてヒトのmRNA配列(NCBI RefSeqの約15,000配列)を用いた。その結果、1,652種のヒトと相同な遺伝子の配列を得た。塩基配列レベル(非翻訳領域(UTR)、タンパク質コード領域(CDS))とアミノ酸レベルでの両種間の比較解析を行い、相同性の高さを確認した。これらの配列からチンパンジー20遺伝子を選び、全長配列のシークエンシングを行い、今後の機能解析の基礎データとした。なお、解析結果はデータベースとして公開(http://pri.biol.s.u-tokyo.ac.jp/)している。また、共同研究により、FISH法によるヒト-チンパンジーのゲノム比較マップの作成、カニクイザルやヨザルの遺伝子座に関する比較進化学的解析も行った。一方、CGHの変法を開発し、今後の染色体レベルでの種間差の解析に有用であることを示す結果を得た。

This study is an analysis of comparative evolutionary standpoints of the Chromosomes and Chromosomes.を通し、ヒトゲノムのevolutionならびにSpecificityをExplorationすることをULTIMATEのpurposeとした.そのために, (1) オリゴキャッピング法を用いて, チンパンジーのcomplete length cDNA ライブラリ-をproduced, existing のmatch列データベースにほとんど登録がなされていないチンパンジーmRNA配列情報の蓄積を行い、(2)ヒトmRNA配Column, ゲノムarray and comparison を row い, 伝子の発appears やfunction に Impact を and ぼす伝information の difference を検出し, (3) large-scale ゲノムのre The technical development of the Chromosome Structural Modification Part's Specific and Comparative Chromosome Structural Modification Parts (CGH) method was developed.このRESULTS, チンパンジーの Skin, skin, and liver essence are derived from のquality の高い Complete length cDNA ライブラリーができた. The main organization originates from the 5' side ワンパスシークエンスデータ (ESTs) 7,000をgot. Exploration of new rules, evolutionary analysis of the same legacy, and comparison of mRNA alignments (about 15,000 alignments in NCBI RefSeq).その results, 1,652 kinds of のヒトと identical な伝子のaligned をgetた. Base Arrangement (Untranslated Domain (UTR), Containerized Domain (CDS) )とアミノ草レベルでの両Comparative analysis between species, high similarity, and confirmation.これらの配arrayからチンパンジー20缝子を选び、full length arrayのシークエンシングを行い、FUTURE FUNCTIONAL ANALYSIS BASIC データとした.なお、The analysis results are made public (http://pri.biol.s.u-tokyo.ac.jp/)している.また, joint research により, FISH method によるヒト-チンパンジーのゲノムComparison マップの成, カニクイザルやヨザルの伝子杝に关するanalytical analysis of comparative evolution も行った. On the one hand, CGH's method is used to analyze the differences between species, and the analysis of chromosome differences between species will be useful in the future, and the results will be obtained.